背景设定
世界观
《宝可梦绿宝石》的故事设定在与前作关都地区和城都地区有一定距离的丰缘地区，其设计基于日本的九州岛和九州地方，然而相比其原型旋转了90°，因为增田顺一感到此举会带来更好的游戏平衡。丰缘地区包含了九座城市、六座城镇和多个景点，彼此之间以道路互相连接。增田顺一声明地名来自汉字“豊縁”，意为丰缘地区是个有“丰富缘分”的场所，表示人与宝可梦关系的主题。
游戏剧情
因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在未白镇与小田卷博士的孩子一同踏上了旅行。冒险途中，主角遇到了想要扩大陆地的熔岩队和想要扩大海洋的海洋队。熔岩队老大赤焰松用朱红色宝珠释放了固拉多，但却未能成功控制。为了控制固拉多并满足自己扩大陆地的野心，熔岩队尝试抢夺绿岭宇宙中心的火箭燃料，并利用它们让烟囱山喷发。然而一波未平，一波又起。在主角和大吾一同成功控制了绿岭宇宙中心的局面后，海洋队老大水梧桐在海底洞窟用靛蓝色宝珠唤醒了盖欧卡。固拉多和盖欧卡的争斗引起了丰缘地区东部海洋天气陷入异常，时而烈焰当空，时而狂风暴雨。为了平息固拉多和盖欧卡的争斗，主角需要前往天空之柱唤醒烈空坐并寻求它的帮助。主角力挽狂澜、平息超古代宝可梦所带来的灾难后，将到达彩幽市的宝可梦联盟，挑战四天王和冠军。
角色设定
玩家角色
游戏开始时，玩家能够选择主角的性别。玩家选择的主角为男性时会以“小悠”开始游戏，选择女性时会以“小遥”开始游戏。
小悠和小遥
主要角色
初始宝可梦
主角最初的伙伴会从草属性的木守宫、火属性的火稚鸡和水属性的水跃鱼这3只宝可梦中选择。其中草属性克制水属性、水属性克制火属性、火属性克制草属性。
物品道具
装备
- 宝可梦图鉴：当玩家救下小田卷博士后，对方将送给玩家一个名为“宝可梦图鉴”的方便道具，玩家可以通过它看到冒险途中发现或捕捉到的宝可梦的模样和特征、栖息地等信息。宝可梦导航器：简称“宝可领航员”，能够为玩家的冒险提供大量帮助。玩家在红蓝宝石版中能够通过它查看丰缘地区的地图、确认旅途中遇到的宝可梦训练家的信息、进行宝可梦华丽大赛的宝可梦条件检查等内容。而在绿宝石版中，宝可梦导航器加入了呼叫功能，在导航器上登录过的人物都可以进行远距离呼叫。呼叫功能可以用于联络与再战。它还记录了训练家的近况和冒险的提示。音速自行车：重视速度的自行车。一旦加速，玩家便可走冲上斜坡。 越野自行车：重视技术的自行车。运用技术，玩家可以跳过独木桥或有高低差的踏石。
消耗品
- 精灵球：当玩家在冒险的途中遇到野生的宝可梦时，玩家可以使用精灵球来捕捉宝可梦并完成图鉴。宝可方块：以2～4个树果为材料制作的宝可梦糖果。依选择的树果的颜色和种类，宝可方块的种类会随之改变。通过将它喂给宝可梦，可提升宝可梦对应的状态。
场景地图
故事背景设置在以日本九州为原型的丰缘地区
游戏机制
对战系统
双打对战
双打对战是对战双方的宝可梦训练家各自派出2只宝可梦进行的对战。某些招式可以同时影响敌人的两只宝可梦。借助通信数据线，玩家可以与其他玩家进行4人参加的双打对战。与单打对战不同，玩家在双打对战中更需要考虑好战斗策略。
在红蓝宝石版中，进行双打对战的训练家是并排站立的。在绿宝石版中，在不同位置站立的两个训练家如果同时发现主角，同样会开始双打对战。其中不乏躲在暗处的训练家。
战斗动画
在游戏中，当宝可梦从草丛中出现和飞出宝可梦球的时候，它们会有表情丰富的动作。每个宝可梦的动作都不同，有的宝可梦会发出强而有力的呐喊，有的会心情舒畅地振翅。
华丽大赛
宝可梦华丽大赛考察“帅气”“美丽”等与宝可梦对战无关的宝可梦的华丽大赛状态。玩家需要尽可能的展示出自己的宝可梦的魅力。大赛分为两次审查，第1次的审查会让观众参考宝可梦的华丽大赛状态来评分，第2次的审查则考察宝可梦的技能。如果获得优胜，玩家将可以进入更高级别的比赛。
游戏评测
尽管《宝可梦绿宝石》的大部分内容来源于《宝可梦红宝石·蓝宝石》，但它还是足够有趣，游玩它仍然是一段愉快的RPG体验。与原版相比，《宝可梦绿宝石》提高了游戏的画面质量，使得游戏成熟了不少，游戏的各种城镇音乐和对战音乐仍然引人入胜。如果玩家已经游玩过原版，那么他们会发现《宝可梦绿宝石》虽然只是做了一些细微的改动，却依然能精准地抓住玩家的心。不过，游戏的建模还是略显过时。（GameSpot 评）
总而言之，如果玩家等待了很久才决定游玩《宝可梦》系列第三世代的游戏，那么《宝可梦绿宝石》无疑是最佳的选择。但如果玩家对《宝可梦红宝石·蓝宝石》没有兴趣，那么绿宝石也可能不适合进行游玩。虽然游戏的剧情会让玩家觉得是重新游玩了原版，但它新增的对战开拓区是个非常有趣的内容，玩家可以体验到真正的4对4对战。（Nintendo World Report 评）
