历史沿革
1999年12月12日，北京城市轻轨铁路（北京地铁13号线的前身）破土动工。
2000年9月26日，北京城市轻轨铁路全面开工建设，其中，一期工程从西直门站到回龙观东站，二期工程从回龙观东站到东直门站。
2001年1月9日，中国进出口银行向北京地下铁道总公司协议转贷141.11亿日元，约合10月8亿元人民币，解决北京轻轨铁路建设资金问题。
2001年6月7日，北京城市轻轨铁路首座车站上地车站主体主体结构完工。
2001年7月4日，北京城市轻轨铁路西线车站（西直门至回龙观）的装修设计全部完成。
2001年10月1日，北京城市轻轨铁路全线开始铺轨。
2001年10月24日，北京城市轻轨铁路成功地实施了跨越四环的钢箱梁吊装。
2002年6月15日，北京城市轻轨铁路西线（西直门至霍营）完成铺轨 。
2002年8月28日，北京城市轻轨铁路第一批用车全部到位。
2002年9月28日，北京城市轻轨铁路西线（西直门至霍营）开通试运营。线路采用人工售检票，实行单一票制：仅可搭乘城铁的票为单程每人次3元；可搭乘城铁、地铁的联程票为单程每人次5元。
2002年12月下旬，北京地铁运营公司正式接管北京城市轻轨铁路东线（霍营至东直门）。
2003年1月28日，北京城市轻轨铁路东西线实现正式贯通试运营。
2003年12月31日，北京地铁13号线自动收费系统投入试运行，该系统是北京地铁投入使用的第一套AFC系统。
2005年12.19日，北京地铁13号线首次公布列车运行间隔表。
2007年9月5日，2号线新型客车在13号线上进行空载试运行试验，列车在13号线中途站通过不停车。
2007年10月7日，北京地铁13号线小磁卡停止使用，使用纸制车票，新装POS机72台。
2008年7.20日，北京地铁13号线首列6节编组列车上线运营。
2009年3.16日，北京地铁13号线加装站台安全门系统的可研报告基本完成。
2009年3.20日，北京地铁13号线列车“四改六”扩编改造工程完成，56组列车由4节编组增至6节编组。其中3、4车为加车。
2010年12月20日，北京地铁13号线知春路站南站厅外挂楼梯正式启用。
2010年12月25日，由于原有西二旗站设计规模过小，为满足与昌平线换乘需求新建的西二旗站投入使用。
2011年9月24日，西直门站新换乘通道开通，13号线换乘2号线、4号线将走新换乘通道直接站内换乘。
2012年8月10日，北京地铁13号线加装屏蔽门工程正式动工。
2012月9月17日，北京地铁13号线北苑站完成15道滑动门和固定门的安装。
2017年10月，北京地铁启动13号线建材城东路站和清华东站的建设工作。
2018年10月23日，据中铁六局发布招标13号线拆分工程招标文件，北京地铁13号线东段从西二旗站后路基拨线向东敷设至回龙观、天通苑，称为13A线，线路全长30月2千米，车站共18座，采用8B编组列车；西段从回龙观站西侧路基段拨线向西至软件园，称为13B线，线路全长32.2千米，车站共15座，采用6B编组列车。
2019年2月10日至16日，北京地铁13号线改线拨接进入清河综合交通枢纽工程开工建设，既有13号线上地站至西二旗站区间新增设清河站，与京张高速铁路并场设置。
2019年6月，北京地铁13号线A、B线拆分工程开工，预计2022年底前开通试运营。8月5日，北京地铁13号线正式实行冷暖车厢。
2019年12月，国家发改委正式批复《北京市轨道交通第二期建设规划调整方案》，按照批复的方案，是将13号线西二旗至龙泽站区间进行重新组合，形成城市北部交叉的2条“L”型线路，分成A、B两线。其中13A线南部在大钟寺站后拨线延伸至车公庄，北部由西二旗北侧向东延伸至天通苑东，线路全长30.2公里（含新建线路19.1公里），同时结合既有线改造将线路由6B扩能至8B编组；13B线由马连洼至东直门，线路全长32.2公里（含新建线路8.8公里）。13号线扩能提升后后，13A线能够进入到回龙观及天通苑区域内部，同时通过13A线直达中关村。12月30日，地铁13号线清河站投入使用，并实现与京张高铁清河站的换乘。
线路站点
车站列表
线路走向
北京地铁13号线起点为西直门站，从西直门站向北经学院南路、大钟寺、知春路、清华园、五道口、上地至西二旗，然后转向东，经八达岭高速路、回龙观、回龙观东、建材城东路、立水桥、北苑，再向南，经望京开发区、太阳宫、和平里货场、和平里煤场，最后以地下线形式至东直门。
运营情况
运营时刻
注：东直门站往西直门站的全程末班车发车后，由东直门站发出列车的终点站为回龙观站。
西直门站往东直门站的全程末班车发车后，由西直门站发出列车的终点站为霍营站。
遇特殊情况需临时调整时，以北京市地铁运营有限公司公告为准。
客运流量
2003年1月1日，北京地铁13号线（西段）完成客运量41608人次。
2003年2月1-2003年2月7日，北京地铁13号线7天共运送乘客31.87万人次，最高日初二为4.89万人次。
2005年10月1日，北京地铁13号线日客运量突破23万人次。
建设规划
北京地铁13号线扩能提升工程方案在西二旗至龙泽站区间将既有北京地铁13号线拆分，结合部分车站改造以及新建段线北京地铁13号线拆分，最终以审定命名为准路形成北京地铁13A线、北京地铁13B线两条位于城市北部交叉的“L”型线路。北京地铁13A线南段由既有北京地铁13号线大钟寺站以南拨线向南延伸至车公庄，与北京地铁6号线换乘，实现30对折返能力，北段由既有北京地铁13号线西二旗站以北拨线向东敷设至回龙观、天通苑，与北京地铁17号线换乘。线路全长30千米，其中新建工程16.8千米，全线设车站18座（含清华东站及清河站），换乘站11座。
13B线由既有北京地铁13号线东直门至回龙观站西侧拨线向西延伸至上地软件园，与北京地铁16号线换乘。线路全长32千米，其中新建工程5.8千米，共设车站15座（含建材城东站），其中换乘站9座。项目力争2019年底开工，2022年底前开通试运营。北京地铁13号线扩能提升工程建成后，13A线列车将由6B编组改造为8B编组(按照相关标准，6B列车约承载1300人，8B列车约承载1700人、较6B多承载400人)，最小发车间隔可由2分30秒提升至2分钟，运能提升七成。同时，西直门站的部分换乘量将分担至车公庄站，并增设新龙泽同台换乘站，同时旧龙泽站将停止运营并搁置。
价值意义
北京地铁13号线一方面可将北京市北部三大边缘集团与中心区连接起来，为其发展提供良好的条件，将会增加三大边缘集团的吸引力，有利于市中心区人口向外疏通；另一方面由于该线路连接西直门和东直门两大交通换乘枢纽，可有力地改善北京市的城市交通和城市环境。（新浪网评）
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中新网12月20日电据北京地铁公司官方微博消息，21:58地铁13号线望京西站下行(开往东直门方向)一名乘客翻越站台门进入运营轨道正线，列车紧急制动，车站工作人员采取接触轨停电措施进行处理，影响后续列车晚点。
2010年晚9点多，城铁13号线北苑站至望京西站下行区间，一名女子在地铁轨道上被一辆列车撞亡。昨天，据地铁方面表示，经过警方调查，确认死者为一名拾荒女子。
据一名乘客介绍，当晚他乘坐13号线从立水桥赶往东直门，在列车开过北苑站、向望京西站行驶时，列车突然紧急刹车，“后来才听说是撞人了”。列车停了一段时间后，才继续行驶。
事发后，地铁方面迅速找来急救人员及市公共交通安全保卫总队民警。急救人员赶到后，确认被撞者已经身亡。前晚10点半左右，记者赶到事发现场，被撞者的尸体已被运走。记者注意到，从北苑站至望京西的这段轨道，均为地面轨道，两侧均有防护网遮蔽。
昨天，北京地铁运营有限公司相关人士表示，根据警方调查，确认死者是一名拾荒女子，身上未携带任何证件。事发时，司机发现封闭的区间内有人突然冲上线路，随即采取紧急制动措施，但还是撞了人。经过地铁工作人员检查，该区段护网无任何破损现象，初步断定该女子是翻越护网进入轨道区间。
该人士还强调，国家有相关规定，禁止行人擅自翻越护网进入地铁运行区间，再次提醒大家注意安全。
