劇情簡介
少年偵探團、小蘭和毛利小五郎等人一道參加鈴木列車推理題活動。由于之前吃藥變大的灰原在群馬救人時的視頻被波本看到，并發現其手上戴有神秘列車的戒指，于是黑衣組織将在神秘列車上對灰原實施抓捕。在車上，灰原感受到黑衣組織一步步向她逼近的氣氛。另一方面，世良在走道裡，看到了傷疤赤井，之後叫了他幾聲“秀哥”後就被他給電暈了。黑衣組織的人知道雪莉（宮野志保，即灰原哀）在這輛列車上，就給她發了一條恐吓短信，想要把她引出來殺死。哀的命運究竟會如何？
角色介紹
江戶川柯南：真實身份為日本的高中生名偵探工藤新一。因為目擊黑衣組織（後稱組織）的交易被發現而遭毒手，被灌下APTX4869（組織研發的藥物）後導緻身體縮小至7歲。擔心自己的事會危急周圍人的安全，而隐藏真實身份，成為帝丹小學一年級B班一名學生。
目錄動畫目錄
漫畫目錄
分集劇情701漆黑的特快列車（發車）
對應漫畫：Vol.78 File.1 《神秘列車（發車）》~File.2 《神秘列車（隧道）》
播映時間：2013年7月13日
簡介：柯南和少年偵探隊、還有小蘭等人一道參加了鈴木特快号活動。在車裡，還出現了暗中接近灰原的黑影。随後，車上舉行的推理題環節。轉眼間，少年偵探隊在7号車廂裡目擊了室橋先生被一個蒙面人槍殺而倒在椅子上，剛開始大家都一緻認為那是推理活動題都沒怎麼在意。後來，從這輛特快列車的服務員裡得知推理活動題還沒開始。
柯南便認為剛才目擊的那一切是真正的密室殺人案，大家就馬上趕回到剛才那個車廂前，但是沒有想到在剛才車廂裡的是小蘭等人，據小蘭等人說這個是8号車廂，可是，少年偵探隊們認為這就是7号車廂。7号車廂消失不見了，這到底是怎麼一回事？
702漆黑的特快列車（隧道）
對應漫畫：Vol.78 File.3《神秘列車（一等）》~File.4《神秘列車（交叉）》
播映時間：2013年7月20日
簡介：不久，柯南識破了蘭等人玩的推理遊戲，找到了7号車廂裡那個被槍擊而死的室橋先生。随後，少年偵探隊和小蘭在走廊裡遇到安室透，忽然一位傷疤赤井從灰原旁邊與她擦身而過。柯南、小五郎等人認為彙集在8号所以車廂裡的乘客都有殺人嫌疑。然後，他們就詢問了服務員和8号車廂所有乘客他們的不在場證明。據服務員所說他自己在案發當時正在和安東先生、出波女士等幾位乘客正在交談，但是他卻沒有看見任何人從死者的車廂裡出來。
而此時，黑衣組織的身影正在一步步的向灰原逼近。柯南等人據服務員說5年前，這趟列車在資産家人的生日宴會裡還發生過一次大火災，燒死了不少人。就在這時候，灰原收到貝爾摩得發來的：“準備受死了嗎？”的短信。灰原害怕極了，離開8号車廂，來到外面走道的一個角落裡，突然，沖矢昴從對面的車廂裡走了出來，讓灰原到他的領地去。然而，灰原害怕地逃走了……
703漆黑的特快列車（交叉）
對應漫畫：Vol.78 File.4《神秘列車（交叉）》~File.6《神秘列車（冒煙）》
播映時間：2013年7月27日
簡介：柯南、小五郎、世良等人詢問了乘客們的不在場證明後，就讓8号車廂的所有乘客在走道上跑一下，然後用這個方法來尋找兇手。他們在門縫裡詢問出波女士的不在場證明時，柯南突然發現從這個門縫外看裡面和之前在死者車廂的門縫外看東西有很多相同的地方，就覺得很可疑。之後，柯南看到列車的車窗就仿佛知道了一切真相。
另一方面，在走道裡，傷疤赤井與有希子擦身而過，之後，世良就來到了傷疤赤井的面前，叫他幾聲“秀哥”，然後對他說了一句：“怎麼會，秀哥明明死了？”不料，傷疤赤井就馬上用電擊棒把她給電暈了。就在這時候，柯南開始進行推理秀，指出了安東先生就是兇手，就在另個地方，有希子正在誘惑傷疤赤井，而這個傷疤赤井原來就是貝爾摩德所喬裝的.，另一方面，沖矢昴将世良放在一個車廂的沙發上，世良嘴裡還叫了幾聲：“秀哥。”沖矢昴看後臉上便露出了微笑。
704漆黑的特快列車（終點）
對應漫畫：Vol.78 File.6《神秘列車（冒煙）》~File.7《神秘列車（終點）》
播映時間：2013年8月3日
簡介：柯南成功破案後，黑衣組織的人立刻放出煙霧來，想要引誘雪莉出來，并把她給殺掉。一團團的煙霧四處飄遊着，大家都以為是發生了火災，立刻全都迅速的跑去前面的車廂裡避難。接着，雪莉跑到死者室橋先生車廂外面的走道後，而這時，安室透也出現在她的面前并對她說出了自己的代号：波本（Bourbon）。另一方面，柯南給有希子打來了電話，詢問灰原的去處，并讓她好好執行作戰計劃，但是接電話的竟然是貝爾摩德。接着，貝爾摩德接到了同伴在八号車廂前發現雪莉的消息。
此時，波本也對灰原說自己曾經見過她的家人，在組織裡，他和諸星大是競争對手，相看兩厭，他也不相信秀一已經被黑衣組織的人給幹掉，相信隻有自己才能幹掉他。之前，他也假扮成秀一在他的相關人員面前徘徊，試探秀一是不是真的已經死了。他也确定秀一的确是死掉了。接着，波本舉着槍威脅雪莉，最後再放出炸彈來準備迷昏雪莉，将她活捉。不一會兒，灰原就逃進了車廂裡，把門給關上。
就在這時候，無傷疤的秀一從後面的車廂裡走了出來，放出了一個手榴彈。接着，秀一逃走後，波本所在的這個車廂，立刻爆炸，接着，列車斷為兩段。剛開始，貝爾摩德和波本以為雪莉是被炸彈給炸死了。忽然，貝爾摩德看見雪莉由阿笠博士背着和柯南他們一起從列車裡走了出來，便産生了懷疑。後來，貝爾摩德知道剛才那個雪莉是怪盜基德假扮的。出了列車後，小蘭還将在列車的走廊裡撿到了世良的帽子，然後交給她。這次多虧了有希子、基德、無傷疤秀一等人才成功的保護了灰原。波本看見了無傷疤的秀一，決定重新調查赤井死亡前後的詳細資料。最終在列車前，沖矢昴睜眼露出和秀一相同的眼神。
歌曲片頭曲
片頭曲（OP 36）：《Q&A》（問與答）
演唱：B'z
作詞：稻葉浩志
作曲：松本孝弘
片尾曲
片尾曲（ED44）：《瞳のメロディ》（眼睛的旋律）
演唱：BOYFRIEND
作詞：La Terre
作曲：K Factor2y
編曲：宗像仁志
