成長經曆
首征甲A
2002年11月17日中國足球甲A聯賽第二十八輪山東魯能對陣深圳平安比賽中，主場作戰的山東魯能泰山隊以1比1戰平深圳平安隊。山東隊宋黎輝攻入扳平一球。
上半場盡管雙方均獲得了數次破門良機，但臨門一腳欠佳，零比零的比分一直保持到上半場比賽結束。下半場比賽進行到第七十分鐘時，深圳隊劉健接鄭智開出的角球，小禁區内頭球攻門得手，率先打破場上僵局。一球落後的山東隊在随後的比賽中大舉進攻，并在終場前五分鐘，由中場大将宋黎輝勁射得分，将最終的比分鎖定為一比一。
本場比賽時鄧小飛第一次在中國的頂級聯賽中亮相，雖在比賽中沒有什麼亮點，但發揮正常沒有出現失誤，丢失一球收獲平局，這樣的結果對19歲的鄧小飛來說還算不錯。
效力魯能
失誤受挫
2003年甲A聯賽第九輪陝西國力對陣山東魯能隊中，主場作戰的陝西國力以三比三與魯能泰山戰成平局。全場比賽一波三折，西安落後兩球後連進三球，鄧小飛的失誤讓魯能隊險些敗走西安。下半場第18分鐘時，陝西國力隊的任意球，雷納多金超遠距離的一次攻門，鄧小飛撲球脫手，朱永勝快速插上，得球後巧射将球打進。當比賽進行到65分鐘時，國力組織反擊，雷納多金快速突破，鄧小飛貿然出擊，巴西人面對空門，輕松将球打進。陝西國力隊将比分反超為3：2。比分落後後，魯能隊的主教練涅波用傷勢未愈的張蓬生替換表現失常的鄧小飛。最後時刻尼古拉斯的入球讓魯能以3：3與陝西國力隊戰平。
身負一張黃牌，撲球脫手，下半場25分鐘下場時，鄧小飛的心中應該滿是怅然。從上賽季至本場比賽，鄧小飛共擔當主力守門員打了六場比賽，而結果是2勝4平。對于一個20歲的新人來說，這是一個不錯的成績，不可否認，他的兩次失誤令全隊失去了或許本能拿到的3分，但這種經驗教訓對曾經在守門員環節上倚重外援、以至于人才匮乏的泰山隊來說卻絕對是成長所必須付出的代價。隊長李小鵬坦言培養一個年輕守門員不容易，這個過程中的一切都是可以接受的。本場比賽陝西隊的兩個入球都與鄧小飛的發揮失常有關，但是涅波把鄧小飛換下，這樣等于把泰山隊的失誤全部推給了鄧小飛。
鄧小飛是一個很有潛質的小兵，涅波把鄧小飛換下，對這位小兵來說，對他的打擊比在場上的失誤大得多。依“毀人不倦”的涅波先生以往的表現，鄧小飛将“失寵”被無限期打入“冷宮”。如果腦子裡的壓力過大，這位20歲的孩子可能精神“失常”。的确，小飛是有諸多不足的，需要更多的磨難。技術上的幼稚也有很多是緻命的，比如對來球時間、趨向、旋轉、出擊、選位的判斷與把握，動作的不規範，這是導緻失誤的“原罪”。不過想想才20歲的鄧小飛，就可以完全理解他了，這樣的一次失誤對年輕的鄧小飛的考驗才剛剛開始。
運動生涯
坐穩主力
2003年10月19日2003年甲A聯賽泰山對陣八一隊中，門将鄧小飛發揮穩定。從上半時第13分鐘鄧小飛首次接球到比賽結束，鄧小飛幾次将八一隊反擊時的傳中球直接沒收。除去丢的那個球外，鄧小飛在比賽中隻有一次明顯的失誤。當時比賽進行到上半時第40分鐘，範學偉回傳，鄧小飛看到對方球員已經撲了上來，急切間将球破壞出邊線。
雖然這使泰山隊喪失了一次球權，不過處理球的幹脆利落卻讓人放心。鄧小飛也曾坐上過主力位置，但客戰陝西時曾因連續的失誤被涅波打入“冷宮”，不過複出後的鄧小飛更加成熟了。涅波顯然也看到了鄧小飛的特點，他認為：鄧小飛的出擊很及時，尤其是接高空球的能力相當好，随着經驗的豐富，他的表現會越來越穩定。對陣八一，泰山隊的優勢明顯，這也使得門将鄧小飛在大部分時間裡無事可做，高接低擋的表演更是少見，但在這樣近乎一邊倒的比賽裡，卻更能考驗作為主力門将所必須具備的“穩定”發揮，而鄧小飛在比賽中也正是借此繼續征服着涅波，穩穩地坐着主力位置。
雪恥
2003年11月02日甲A聯賽第24輪，魯能主場4：2戰勝陝西隊。門将鄧小飛終于在本場比賽雪恥，并成功擺脫2003年甲A第九輪對陣陝西隊比賽中的陰影。那場比賽結束後，鄧小飛有10輪未曾露面。盡管這裡有傷病的困擾，盡管涅波一再否認自己對其封殺，但鄧小飛的前途還是引起了媒體和球迷的極大關注。直到第20輪客場挑戰上海國際隊，鄧小飛才有機會再次出任主力門将，并得到了教練和隊友的認可。本輪的魯陝之戰，泰山隊在半小時内連進3球，确立了優勢。
雖然黃磊和雷納托•金随後扳回兩球，但主要原因是泰山隊後防線疏忽大意，與鄧小飛關系不大。鄧小飛最精彩的撲救出現在第89分鐘，國力隊獲得前場任意球，盡管巴力斯塔踢出的任意球角度極刁，但眼疾手快的鄧小飛在身體快要失去平衡的情況下單手将皮球撲出底線。鄧小飛賽後表示：他已經從陰影中走出來了，赢了國力，心裡更輕松多了。
轉投武漢
鄧小飛在2006年12月接受武漢隊主教練裴恩才的召喚，于2007年1月來到江城。從濟南，到武漢，雖說俱樂部變了，但競争的環境卻沒有改變。在姜濤和夏勇被挂牌後，漢軍還有兩名守門員，即王宇和曾誠。王宇是中超2005賽季後半段以及中超2006賽季上半段的主力，而曾誠是國奧隊的守門員，在中超2006賽季也有過中超聯賽的經驗。所以，鄧小飛來到武漢隊後也要面臨競争。不過鄧小飛表示，他的特點就是在聯賽中發揮比較穩定，肯定要争取有球可踢。
加盟江蘇
随着武漢退賽，2009年鄧小飛加盟江蘇。而他與舜天另一門将關震也一直在為主力門将的位置暗自努力着。2011賽季，憑借穩定的發揮，鄧小飛重新奪回了主力位置。2012賽季，江蘇舜天将防守反擊進行到底，在隊友的努力幫助下，鄧小飛打破中超最長不失球記錄，打破了國門楊智在上賽季創造的中超聯賽620分鐘不失球的記錄，将這一記錄提高到了643分鐘。9月入選亞洲最佳陣容。
如今鄧小飛的實力已經得到了普遍認可，也成為了球迷的新寵，每場比賽，都會有山呼海嘯般為他加油的聲音。“聖卡西”，這是球迷對皇馬門神卡西利亞斯親切的稱呼。而在中超聯賽，江蘇球迷在場邊高聲喊出了“聖小飛”這個名字，因為他在比賽中精彩的表現，他也被冠上與皇馬門神相同的“聖”字頭稱謂。
加盟重慶力帆
2009年，江蘇足球隊重新回到中國足球頂級聯賽，時任主教練裴恩才從武漢把鄧小飛帶到南京。這麼多年來，球隊主帥多次更叠，但經曆了裴恩才、科奇安、德拉甘、高洪波和佩特萊斯庫5任主帥的鄧小飛一直留在球隊中。去年年底，球隊曾想出售一名門将，但最終離開的是前國門關震。
身披江蘇足球隊戰袍的7個賽季，鄧小飛一共在聯賽中出場123次，其間經曆了球隊保級的窘境，也随隊拿到過超級杯和足協杯冠軍，個人榮譽則有2012賽季中超最佳門将等。剛剛過去的2015賽季，鄧小飛曾一度被下放到預備隊，但生性憨厚的他以刻苦的訓練重新迎來了機會。足協杯決賽第一回合，鄧小飛頂替停賽的張思鵬首發，和隊友們一起零封申花，為球隊最終的奪冠奠定了基礎。
此前，鄧小飛和俱樂部的合同在年底到期，沒有續約的他，下一站将去重慶力帆——這支球隊的新任主教練張外龍曾執教過鄧小飛的家鄉球隊青島中能。同時，預備隊門将溫志翔也将離隊，他的去向是中甲球隊貴州智誠。
有人走就有人要來，據金陵晚報記者了解，杭州綠城的主力門将顧超有望填補上鄧小飛離去的空白。上賽季，江蘇足球隊就希望引進顧超，但過高的身價讓談判沒有繼續下去，如今雙方終于走到了一起。2014和2015賽季，顧超在中超聯賽中打滿了60場比賽，還曾入選過國家隊集訓大名單。
風波
1、缺席南北明星賽
2007年11月17日中超南北明星對抗賽在上海舉行。參加南北明星對抗賽的球員從網絡投票中産生，南北最具人氣的球員全都入選。武漢光谷隊在中超2007年聯賽中排名第七，成績僅次于上海申花，武漢光谷隊的的門将鄧小飛、後衛埃莫森、中場鄭斌和前鋒維森特都入選了南方明星隊的陣容。然而，此次中超南北明星對抗賽中，漢軍人員除了鄭斌加入了南方明星隊外，其餘的人員均未參加。守門員鄧小飛由于在與長春亞泰隊比賽中丢失四球，随後又在主場與陝西寶榮隊的比賽中被俱樂部“冷凍”，武漢俱樂部此次又通知鄧小飛不用參加中超明星義賽。鄧小飛缺陣南北明星賽和對長春隊那場比賽丢四球不無關系。
2、詐傷風波
2008年中超聯賽第六輪大連海昌與武漢光谷比賽中，圍繞着武漢隊門将鄧小飛是否“詐傷”的問題，兩隊的替補球員甚至工作人員都沖進場内向裁判施壓，當值主裁向引發事端的鄧小飛出示了本場比賽的第二張黃牌，将他紅牌罰下。
事情的起因是在比賽的第90分鐘，武漢隊門将鄧小飛準備開球門球之前，隊長鄭斌抽筋倒地，鄧小飛提醒裁判，請求允許隊醫入場對鄭斌進行治療。随後武漢隊醫進場，主裁判也以故意拖延時間為由，向鄧小飛出示了一張黃牌。在鄭斌被替換下場後，武漢隊獲得開球門球的機會，但鄧小飛突然自己倒在地上，并且用左手捂住右手手腕，向主裁判示意自己手腕受傷，已經無法堅持比賽。
大連隊前鋒基利科夫上前一腳将擺在小禁區線上的皮球踢入球網，并示意進球有效，而在經過鄧小飛的時候，用手打了鄧小飛受傷的手腕，示意鄧小飛詐傷。之後，包括趙旭日、張耀坤、趙明劍等球員和俱樂部總經理李明在内的大連隊人員，都沖入場地質疑武漢隊這種拖延時間的行為，并認為基利科夫的進球有效。而替補席上的武漢隊所有人員也都沖入場内，向裁判表示抗議。最終在大連隊上下的壓力下，主裁判出示第二張黃牌将鄧小飛罰出場外，但卻沒有向另外一名“肇事”的基利科夫出示黃牌。
