曆史沿革
1958年7月，為加快安徽建設，國家将原上海第二醫學院（現上海交通大學醫學院）分遷部分至蚌埠，并抽調原安徽醫學院（現安徽醫科大學）部分優秀師資創建了蚌埠醫學院。1958年底至翌年初，學院一度為市轄。
1968年8月，該院改稱蚌埠反修醫學院，年底除少數留守人員外，師生到泗縣三裡灣參加新汴河勞動，後轉泗縣、宿縣勞動，時間達一年。
1970年11月，安徽省革委會決定将安徽四所高等醫學院校合并為安徽醫學院，蚌埠反修醫學院更名為安徽醫學院蚌埠分院。
1974年6月，國務院科教組發文通知恢複蚌埠醫學院。
1979年開始招收碩士研究生，為首批碩士學位授予單位。
2003年，獲得臨床醫學碩士專業學位授予權，2004年開始培養臨床醫學專業碩士學位研究生。
2012年11月，入選國家首批卓越醫生教育培養計劃試點高校。
2013年1月，入選國家級大學生創新創業訓練計劃項目。5月，入選第一批臨床醫學碩士專業學位研究生培養模式改革試點高校。
2022年1月14日，安徽省教育廳官網刊文《紮實推進高校設置工作 促進高等教育内涵發展》披露了“十三五”時期安徽省獨立學院轉設及調整高等教育結構的進度，通報提到：（安徽）目前已向教育部申請蚌埠醫學院更名大學工作。
辦學條件
教學單位
截至2018年9月，該校設有基礎醫學院、公共基礎學院、藥學院、臨床醫學院、護理學院、公共衛生學院、醫學檢驗系、口腔醫學系、影像學系、精神醫學系、衛生管理系、生物學系和全科醫學系等院系。
學校現有全日制本科在校生 13044名，碩士研究生1058 名，其中外國留學研究生7名。學校始終将國家經濟社會發展需求作為人才培養和改革創新的指南針，遵循“以醫為本、以本為本、以生為本、以質為本”的辦學理念，現已擁有醫學、理學、工學、管理學 4 個學科門，23個本科專業。
師資力量
截至2018年9月，學校現有教職醫護員工近 6000 人（含直屬附屬醫院），其中副高以上專業技術人員727人，教授99人、副教授 256人 ，碩士生導師400餘人，具有博士學位的教師 194人。有全國優秀教師、全國模範教師、省級教學名師等43人，省級教學團隊9個，有全國衛生計生系統先進工作者、省學術和技術帶頭人及後備人選、省衛生系統青年領軍人才、江淮名醫等58人，享受國務院、省政府特殊津貼的專家 57 人，聘請包括兩院院士、“國家傑青”等知名學者41名擔任特聘教授。
學科建設
截至2018年9月，有基礎醫學、臨床醫學、護理學、生物學、醫學技術、藥學6個一級學科碩士學位授權點和臨床醫學、口腔醫學、公共衛生、護理、藥學5個碩士專業學位授權類别，36個二級學科授權點，臨床醫學學科進入美國基本科學指标（ESI）全球排名前 1%。
2022年2月，學校新增兒科學專業。
省級重點學科：病原生物學、外科學（骨外）、骨科、血管外科、整形外科、肺科
省級特色專科：風濕性免疫疾病科等
校級重點學科：微生物學、病理學、藥理學、外科學（骨外）、内科學（呼吸）、生理學、醫學寄生蟲學、人體解剖學、免疫學、生物化學與分子生物學、藥劑學、基礎護理學、營養與食品衛生學、放射診斷學、醫學倫理學、肝膽外科學、胸心外科學、胃腸外科學、心血管病學、内分泌學、康複醫學、整形外科學、外科學（泌尿外科）
校級重點扶持學科：血液内科學、腎内科學、傳染病學、普通外科學、外科學（骨外）、康複醫學
教學建設
截至2018年9月，學校擁有 1 個國家級特色專業，2個國家新藥Ⅰ期臨床研究基地，1 個國家級綜合改革試點專業，10 個省級特色（品牌）專業，11 個省級綜合改革試點專業，8 個省級實驗教學示範中心，3個省級虛拟仿真實驗教學中心，2 個省級人才培養模式創新實驗區。學校現有國家級臨床重點專科 1 個、重點培育專科 1 個，省級重點學科3個，省級臨床重點專科 7 個、重點培育專科 6 個。
學校現有 2 所直屬附屬醫院、13 所非直屬附屬醫院和 170 多家教學醫院、實習醫院和實習基地。直屬蚌埠醫學院第一附屬醫院是衛生部首批三級甲等醫院，綜合醫院，實際開放床位 2400 餘張，是皖北地區規模最大的集醫療、教學、科研、預防、康複、保健和急救為一體的綜合性醫院，是國家首批住院醫師規範化培訓基地和國家首批 5+3+X 專科培訓基地。直屬第二附屬醫院是一所綜合性三級甲等醫院，是“全國百姓放心示範醫院”、省新農合工作“優秀醫院”，實際開放床位近 1100 張，正在新建的占地 300餘畝的新院區位于淮河北岸，将于 2018 年對外開放，規劃開放床位 3000張。
2011 年以來，畢業生參加國家執業醫師資格考試通過率高于全國平均水平，呈逐年提高趨勢，總通過率均高于全國 8 個百分點以上。學校連續 6 年晉級全國高等醫學院校大學生臨床技能競賽總決賽，獲一等獎 1次、二等獎 4 次、三等獎 12次；榮獲 2013 年首屆全國醫學影像專業大學生實踐技能大賽團體特等獎，2015 年首屆全國護理本科臨床技能大賽一等獎，2016 年首屆全國醫藥院校藥學/中藥學專業大學生創新創業暨實驗教學改革大賽一等獎和2017年全國醫藥院校藥學/中藥學專業大學生實驗技能競賽一等獎。學校醫德教育成效卓著，湧現出“最美列車女孩”林雪、路邊救助突發心腦血管疾病老人的薛帥帥、沖下公交施救路邊昏倒老人的計星勝、路遇傷者積極施救的周青、“安徽好人”束漢生、“高鐵站台上生死搶救”的好醫生、“最美列車教師”等衆多見義勇為、感動社會的善行義舉，得到社會媒體廣泛關注。僅 2015 年 9 月至 2016 年 4 月間，學校就有 4 起好人好事先後被中央電視台新聞頻道報道，4 人次獲“中國大學生自強之星”“中國大學生年度人物”等榮譽。近 5 年我校畢業生就業率均在 90%以上，因畢業生就業工作成績顯著，學校于 2015 年入選教育部“全國畢業生就業典型經驗高校”50 強。
國家級特色專業：醫學檢驗
國家級本科專業綜合改革試點：醫學檢驗技術
國家級人才培養模式創新實驗區：臨床醫學專業本科人才培養模式創新實驗區
省級特色專業：臨床醫學、藥學、醫學影像學、生物科學、預防醫學
省級省級精品及精品資源共享課程：護理學基礎、生理學、醫學微生物學、生物化學、藥理學、臨床生物化學和生物化學檢驗、内科護理學、病理學、外科學、醫學免疫學、人體寄生蟲學、生理學、分子生物學、内科護理學等
省級卓越人才教育培養計劃：卓越醫學影像專業人才教育培養計劃
省級本科專業綜合改革試點：藥學、食品衛生與營養學、護理學
省級實驗教學示範中心：臨床檢驗診斷學實驗中心、機能實驗中心
省級人才培養模式創新實驗區：護理學專業本科人才培養模式創新實驗區、臨床醫學專業本科人才培養模式創新實驗區等
省級教學團隊：生物化學與分子生物學教學團隊、藥學專業教學團隊、護理學專業教學團隊、生理學教學團隊
學術研究
科研平台
截至2018年9月，4個省級重點實驗室，1個省級院士工作站，1 個省級工程技術中心，1 個省人文社科重點研究基地，1 個安徽省生化藥物産業技術創新戰略聯盟，安徽省高校智庫項目1個，安徽省高校科研創新平台團隊1個。
建設成果
學校充分發揮高校科研人才優勢，積極服務地方經濟社會發展，建設有“國家心理咨詢師職業資格鑒定考試點”“公共營養師國家職業技能鑒定站”“育嬰師、養老護理員國家職業技能鑒定站”和“安徽省肺癌綜合治療中心”“安徽省骨關節疾病診療中心”“安徽省生化藥物工程技術研究中心”。近年來承擔國家自然科學基金項目 70 餘項，各類部級課題項目 10餘項，省級科研項目 400 餘項，合作參與了包括國家重大科技專項 973 項目在内的國家級項目 8 項，發表各類論文 7000 餘篇，其中 SCI、EI 收錄論文800餘篇，出版教材、專著 120 餘部。學校先後獲安徽省科學技術獎一等獎 3 項、二等獎 20 項，衛生部科技進步二等獎 2 項，專利授權 13 項。公開出版發行《蚌埠醫學院學報》《中華解剖與臨床雜志》《中華全科醫學》3 種學術刊物。
學術資源
據2014年5月學校官網顯示，蚌埠醫學院圖書館館藏有圖書、期刊、電子資源共計114.6萬餘冊。在基礎醫學、臨床醫學、檢驗醫學、護理學、影像醫學、藥學、預防醫學等領域積累了豐富的館藏。通過與中國科技大學、合肥工業大學、安徽大學重點高校的聯系，參與館際互借服務，通過共建共享渠道，幫助讀者獲取急需的文獻資料 。
文化傳統
校訓
笃學—專心緻志，追求新知，勤奮努力，嚴謹治學。
精業—愛崗敬業，精通專業，孜孜不倦，精益求精。
修德—修身立德，明禮誠信，砥煉意志，提高素養。
厚生—以生為本，關愛學生，精誠濟世，厚待生命 。
校徽
學校徽志為圓形徽标，由白、藍、紅三種顔色組成，上方是郭沫若題寫的校名，下方是英文校名，中間環繞着安徽省地圖輪廓和國際通用醫學标志蛇杖圖案，外圍由五角星、麥穗、齒輪和“1958”字樣構成 。
現任領導
傑出校友
截至2012年，該校共培養了5萬餘名畢業生。其中：
勞動模範
68屆畢業生、腦外科專家王廷友拖着一條假肢，經常在手術台上一站就是十幾個小時，先後獲得“全國自強模範”、“全國五一勞動獎章”，并當選為黨的十五大代表。64屆畢業生、原淮北市人民醫院院長、黨委書記唐百裡先後榮獲全國衛生先進工作者、安徽省勞動模範稱号。2003年春天，在非典肆虐的緊急關頭，作為呼吸病學專家的82屆畢業生劉超，受命于第一時間趕赴阜陽疫區，連續二十多個日日夜夜戰鬥在第一線，冒着生命危險，檢查患者，分析病情，明确診斷，積極治療，為治愈患者、阻斷傳播、控制疫情做出了積極貢獻，被評為安徽省“防治非典”先進個人和省高校優秀共産黨員。據不完全統計，在皖北皖東各地市醫療機構中的學科帶頭人、業務骨幹中該校畢業生占到了50%左右。在皖北皖東的很多地區，該校畢業生成為衛生管理部門和醫院管理工作的中堅力量。該校畢業生在本省的市、縣擔任現職的衛生局長、醫院院長将近百人，其中滁州市及所轄縣、市的醫院院長均為該校畢業生。
兩院院士及知名專家
另外75屆畢業生劉德培當選為中國工程院院士、副院長，中國醫學科學院院長，協和醫科大學校長。
82屆畢業生段樹民，浙江大學醫學部主任，中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所研究員，是中國科學院院士，第三世界科學院院士，世界著名的神經生物學家，全國政協委員。
73屆畢業生陳孝平被譽為“讀秒的人”，現為中國科學院院士 、同濟醫科大學教授、主任醫師、博士生導師，在肝膽外科領域卓有建樹。
84屆畢業生王晉輝，作為海外傑出人才獲得了科技部“國家傑出青年科學基金”資助，被清華大學、中國科學院聘為教授、研究員 。
84屆畢業生王福生，中國科學院生命科學和醫學學部院士。
87屆畢業生範先群，當選中國工程院院士 。
所獲榮譽
2021年，入選2022—2024年度安徽省非物質文化遺産。
