清洗過程
莫斯科派消失
1956年蘇共二十大以後，在赫魯曉夫批判斯大林“個人崇拜”風潮的影響下，金日成清除黨内反對力量，首先指向莫斯科派。1956年4月23-28日，朝鮮勞動黨召開了第三次代表大會，主要目的是進行人事調整，進一步消除反對派的勢力和影響。
會議既沒有消除前一段廣大幹部對人事處理的不滿情緒，也沒有研究人民普遍關心的經濟困難和生活問題，對朝鮮勞動黨内嚴重存在的對金日成的個人崇拜現象，如全國各地都建立了他的紀念碑，到處可以看到他的肖像，電影、歌曲、着作都在歌頌他的英明等，更是隻字不提。金日成的長篇報告，除了贊揚朝鮮的政治地位和經濟成就外，就是反複批判樸憲永等南方派領導人以及其他“分裂黨的宗派主義活動”。
大會對中央委員會進行了大規模調整，以保證對金日成的忠誠和支持。在71名中央委員中，新選43人，上屆保留下來的隻有28人，在45名候補中央委員中，新選43人，保留的隻有2人。這次會議的人事調整主要是針對莫斯科派的，在代表大會之前一次審議候選人的中央會議上，金日成提出，有一些從蘇聯回來的幹部已經接受了朝鮮國籍，又不願放棄蘇聯國籍，為什麼還要選他們當中央委員？對此，崔庸健憤怒地說道，既然他們腳踏兩隻船，就應該把他們踢出去。
結果，這些人全部被排除在候選人之外。在代表大會後召開的中央常務委員會會議上，金日成又針對莫斯科派幹部經常光顧蘇聯使館的情況，特别強調了保守機密和加強紀律的問題，并規定從即刻開始，與外國人的一切聯系必須通過外交部和外貿部進行。
這一時期，金日成黨内鬥争的矛頭主要指向莫斯科派，因此對延安派顯得十分寬容。也是在這次常委會議上，金日成突然主動提出了樸一禹的問題，表示：樸一禹理應予以釋放，但目前暫不執行。對于延安派幹部李相朝的問題，金日成也沒有追究。李在戰争初期曾作為金日成的代表住在北京，這次是從駐蘇大使任上特意回國參加第三次代表大會的。會議期間，他曾兩次給主席團寫便條，建議讨論勞動黨内部存在的個人崇拜問題。李提的建議非但沒人理睬，還被金昌滿叫去責罵了一頓。崔庸健、樸金等人甚至主張撤銷其大使的職務。
後來金奉出面找金日成，表明自己的不同意見，李相朝才算躲過這一劫。李相朝回到莫斯科，立即于5月30日約見了蘇聯副外長費德林，詳細報告了朝鮮黨内的不正常狀況，強調對金日成的個人崇拜實際上籠罩着整個朝鮮，勞動黨中央委員會缺乏集體領導，所有事情都由金日成個人決定。
李相朝說，對金日成的吹捧已經到了無以複加的地步：“朝鮮人民革命博物館變成了金日成個人事業的曆史博物館”，甚至傳說“金日成在兒童時代就已經開始領導朝鮮人民進行反抗日本的解放鬥争了”。李相朝還指出了金日成在經濟工作和使用幹部方面及戰争期間的種種錯誤，并多次強調，蘇共中央必須盡快在思想和政策方面幫助朝鮮勞動黨，特别是幫助金日成克服他那些危險的錯誤。
反金秘謀活動
朝鮮勞動黨三大以後，金日成為尋求新一輪外援而出訪蘇聯和東歐各國。6月1日金日成離開平壤後，朝鮮黨内對金日成不滿的幹部，包括金奉、崔昌益、樸昌玉、樸義、徐輝、尹公欽、金承化等人，開始四處活動，希望在8月即将召開的中央全會上揭露和批評金日成的錯誤。
副首相崔昌益（莫斯科派）于6月8日秘密地單獨約見了蘇聯大使伊萬諾夫。崔全面報告了朝鮮最近的情況，特别是在幹部使用問題上的錯誤傾向：黨内領導幹部的任用，既沒有照顧到來自國内、中國和蘇聯等各個方面的幹部，更不是任人唯賢，提拔的都是那些沒有文化、沒有經驗卻專門會溜須拍馬、阿谀奉承的人，這也是造成嚴重個人崇拜現象的原因之一。
崔昌益同樣強烈要求蘇共中央幫助改變這種狀況。他說，對于蘇聯的建議，金日成一般都會認真對待的。徐輝、尹公欽等延安派幹部則私下串聯，組織倒金力量，甚至取得了崔庸健和金鬥奉的支持。當時對金日成政策的不滿已經成為普遍現象，平壤市幾萬名工人受到波茲南工人的影響，也要組織遊行。勞動黨平壤市委5個常委中，有4人表示同情工人，為首的是副委員長洪淳寬。對于金日成排除異己的做法，北京和莫斯科本來是表示過不同意見的。
8月2日，蘇共中央又通過使館向勞動黨傳達了進一步的看法，希望金日成在檢讨朝鮮黨的一些錯誤做法時應表現得主動一些。8月初金日成回國，崔庸健立即出賣了延安派幹部，向金日成全面報告了國内的危急情況。金日成立即采取了應對措施。一方面，金日成、南日、樸正愛等人頻繁與蘇聯使館接觸，一再表示完全接受莫斯科的批評，同時指責反對派人物已經形成了“反黨集團”，他們的宗派和分裂活動将破壞黨的威信和地位，造成危險局面。
另一方面，金日成等人又找一些有不滿情緒的幹部談話，采取威脅、利誘等手段分化瓦解反對派隊伍。如說服金奉放棄了撤換幹部的主張，迫使樸義采取了中立立場，派遣金承化去莫斯科學習等。此外，還使用警察手段監視反對派幹部，對他們的司機、保姆進行審問，并急召出訪的内務相方學世回國布置防範措施等。經過一番努力，金日成取得了主動權。在8月21-23日召開的常委會議上，雖有一些不同意見發表，但最後的結論是：中央的路線是正确的，犯錯誤的主要是許哥而和樸昌玉等人，對此“中央常務委員會将采取措施來予以清除”。
根據目前調查的材料，沒有理由對黨的領導幹部進行撤換。8月28日，常委會議通過了金日成将在中央全會上做的報告草案。在報告結尾處，金日成提出黨内“存在着派别和宗派活動殘餘”，号召全黨加強警惕并與之鬥争。
八月宗派事件
1956年8月30-31日，朝鮮勞動黨召開了中央全會。金日成按照預定程序首先做了常委會一緻通過的報告，随後的兩個發言均是表示同意的贊美之詞。第三個發言的是延安派幹部、貿易相尹公欽，他以“憤怒的揭發式語調”批評黨内存在的錯誤傾向。尹的發言被多次打斷，并淹沒在一片反對聲中，崔庸健甚至站起來大罵，會場一度陷入混亂。崔昌益起身想發言，為尹公欽辯護，但沒有得到講話機會。
面對如此局面，休會的時候，内閣副首相尹公欽、職業總同盟（總工會）主席徐輝、文化部副相金剛、建材局長李弼奎等人商議後，感覺形勢不對，便悄悄離開會場，潛往中國。在以後的會議中，除崔昌益、樸昌玉表示贊同尹公欽的意見，幾乎所有的發言都指責這種“反革命和反黨”言論，并對上述幾人的“錯誤”或“罪行”展開了猛烈抨擊，崔昌益被說成是反黨集團的首領和思想家。
第二天的會議作出決議：由于“從事反黨活動”，開除尹公欽、徐輝、李弼奎和金剛四人的黨籍，撤銷他們的一切職務，同時解除崔昌益中央常委的職務，解除樸昌玉内閣副首相和中央委員的職務，上述問題均移交黨中央特别委員會審查。不久，樸昌玉被迫到東海岸一個小型鋸木廠去當廠長，而崔昌益則被任命去負責一個養豬場的工作。
會後，“整個國家陷入大規模的搜捕和強力鎮壓之中”，很多黨内重大問題遭到歪曲，呈現在全體黨員群衆面前的情形似乎是“一小撮對黨和國家領導人不滿的人策劃了宮庭政變式的嚴重密謀事件”。9月1日，金日成到蘇聯使館，崔庸健到中國使館，分别通報了全會情況和所做決議。9月3日，朝鮮政府正式向中國外交部通報，有4名朝鮮公民在安東地區越過朝鮮邊境并被中國邊防軍截獲，請求中國政府将上述人等遣返回國。喬曉光大使代表中國政府當場答複：這些人并非普通越境者，強制性将其遣返是不可能的。
喬将這一情況向伊萬諾夫作了通報，并詢問蘇聯的看法。顯然，中國政府此前已經确定了自己的立場，而莫斯科此時的态度就更加謹慎了。9月5日，朝鮮駐蘇大使李相朝求見費德林并提交了他給赫魯曉夫的信。李指責金日成對提意見的同志實行鎮壓，請求蘇共中央幹預此事。第二天，蘇共中央主席團召開會議，讨論朝鮮問題。會議決定，委托蘇共中央聯絡部部長波諾馬廖夫經過“周全的考慮”後接見李相朝，并答複中國大使，蘇共中央将委托正在出席中共八大的蘇共代表團與中共中央交換意見。
在9月10日與李相朝會談時，波諾馬廖夫答複：蘇共對朝鮮發生的事情表示憂慮，蘇共代表團将與同樣在中國的朝鮮勞動黨代表團及中共商談此事，但不會幹預朝鮮勞動黨的内部事務。對于李相朝請求蘇共公開表态批評朝鮮勞動黨的建議，波諾馬廖夫拒絕讨論。蘇聯态度的轉變，促使金日成對在此前受到打壓的莫斯科派幹部采取了懷柔政策，将鬥争的主要矛頭轉而指向延安派。9月14日下午，樸正愛召集從蘇聯返回的朝鮮幹部開會，出席者約100人（占全部莫斯科派幹部的2/3）。
會議的目的就是宣布中央将改變對來自蘇聯的朝鮮族幹部的态度，并為他們平反。從金日成等人向蘇聯報告的情況看，與八月“反黨”事件有牽連的，主要是延安派幹部，不僅被看成是“分裂”和“宗派”活動主謀的崔昌益和徐輝，就連反對派中的最高層幹部、黨内元老（“老頭子”）金奉，都是陸續從中國回來的。據說，金日成曾講過這樣的話：參與政變陰謀的人都屬于延安派。因此，金日成才會改變對莫斯科派的态度，目的是集中力量對付來自北京的壓力。
中蘇幹涉未果
9月18日晚，毛澤東、周恩來、彭德懷等人與蘇共代表團商談處理朝鮮問題。米高揚建議中蘇兩黨共同派人去平壤，了解情況。毛澤東則對朝鮮許多同志無辜被捕、開除、撤職的做法極為不滿，并直接指出，金日成還是搞斯大林那一套，一句反對的話都聽不得，誰反對就殺誰。與米高揚“了解情況”的建議不同，毛澤東提出，中蘇兩黨派人去平壤的目的，就是“勸他們團結”，“收回成命”，恢複反對派的黨籍和職務。“我們要對金日成說，我們不是打倒你，而是要幫助你，但是你必須改正錯誤。”毛澤東說，“我們也要勸那些被整的人采取和解态度，勸雙方和解。”
具體方法是召開政治局會議或中央全會，中蘇代表都參加；會議要作出決議，而且要公開發表。毛澤東還對米高揚說，金日成對我們有情緒，不聽中國的，這次主要靠你們了。米高揚沒有明确表示意見，隻說去談談看。毛澤東認為，這次去就要解決問題，但米高揚推說國内還有事情，不能過多停留。接着，中共領導人又與朝鮮代表團會談。毛澤東一開始就指出，朝鮮在經濟政策和幹部政策方面的“問題很嚴重”，并通知他們，中蘇兩黨決定派代表團次日早上去平壤，要崔庸健也一同回去，這樣做的目的“是要幫助你們解決問題而不是要破壞你們”。
毛還說，對于朝鮮勞動黨的做法，過去就有意見，例如朝鮮戰争，開始就提醒過金日成不應該打，後來又警告他敵人可能從後方登陸。彭德懷和李克農甚至質問：朝鮮戰争到底是誰發動的？是美帝國主義發動的還是你們發動的？會談中，中共領導人對朝鮮勞動黨的批評非常嚴厲，指責他們在幹部問題上敵我不分，犯了“路線錯誤”，“黨内充滿恐怖情緒”。
毛最後說，我們可以叫跑到中國來的同志回去，但回去後一定要恢複他們的黨籍和職務，把問題拿到黨的會議上冷靜地加以解決。顯然，中共的态度比蘇共更加強硬和明确。不過，除了要求金日成糾正錯誤外，中共并沒有進一步的企圖。米高揚和彭德懷等人到達平壤後，首先找金日成單獨談話，經過兩次深談，金日成原則上接受了中蘇兩黨的意見。9月22日召開的勞動黨中央全會作出決議，承認八月會議處理問題的方法“過于簡單”，同意恢複崔昌益和樸昌玉的職務，恢複出逃中國者的黨籍。金日成提出的條件是中國把志願軍撤了。
米高揚回到中國後表示任務已經完成，但毛澤東指出：“問題并沒有結束，而是剛剛開始。”事實也的确如此，在中蘇代表團離開平壤以後，金日成不僅沒有執行與米高揚、彭德懷達成的協議—在媒體公布九月全會決議（隻在黨内傳達并在報紙上發了一個簡短消息），反而繼續對有不同意見的幹部進行迫害，以至又有一些人逃到了中國。
此外，關于釋放樸一禹的協議遲遲沒有結果，答應恢複尹公欽等人家屬糧食供應的諾言也一直沒有履行。盡管中國一再表示對于是否執行這些協議的結果非常關心，但朝鮮方面一直虛與委蛇，拖延不辦，将中朝關系拖入冰點。
1958年3月，朝鮮勞動黨第一次代表大會上，金日成将這一連串事件形容為一大勝利。從此，以其為主體的遊擊隊派獨占了朝鮮的領導地位，金日成完全控制了朝鮮勞動黨，并樹立起自己的個人權威。
1961年9月，朝鮮勞動黨第四次代表大會選舉出的85名中央委員中，原來第三次代表大會選舉出的71名中央委員連任者隻有28人，其餘43人大多是遭清洗的延安派和蘇聯派。
