人物經曆學習經曆
1976年-1978年，在福建省福清縣輕工機械廠工作。
1978年-1982年，在中國科學技術大學物理系晶體專業學習。
1982年-1989年，在中國科學技術大學，先後攻讀固體物理專業碩士研究生、基礎物理中心固體物理專業博士研究生。
1989年-1991年，在中國科學院福建物質結構研究所從事博士後研究。
1991年-1993年，在美國加利福尼亞大學伯克利分校物理系從事博士後研究。
1993年-1995年，在美國俄勒岡州立大學做高級訪問學者。
工作經曆
1995年-1995年，擔任中國科學技術大學基礎物理中心教師。
1995年-1997年，擔任中國科學技術大學基礎物理中心副主任。
1995年，獲得國家傑出青年科學基金資助。
1997年-1999年，擔任中國科學技術大學結構成分分析中心主任。
1999年-2000年，擔任中國科學技術大學理化科學中心主任。
2000年-2005年，擔任中國科學技術大學副校長。
2002年，獲得國家自然科學基金委員會創新研究群體科學基金資助。
2003年11月，當選為中國科學院院士。
2005年-2008年，擔任中國科學技術大學常務副校長（正局級）。
2008年-2015年，擔任中國科學技術大學校長（副部長級）。
2015年-2016年，擔任中華人民共和國科學技術部副部長、黨組成員。
2016年-2017年，擔任廣西壯族自治區黨委副書記，自治區黨委黨校校長（2016年11月兼）。
2017年-2018年，擔任國家質量監督檢驗檢疫總局黨組書記、副局長。
2018年-2020年，擔任中國科學院黨組副書記、副院長（正部長級），中國科學院直屬機關黨委書記（兼），中國科學院黨校校長（兼）。
2020年-，擔任中國科學院院長、黨組書記。
研究方向
侯建國主要從事納米材料與結構、單分子物理與化學、掃描隧道顯微學研究，在納米結構和單分子高分辨表征與控制領域取得了一系列重要的研究成果。
主要成就科研成就
侯建國的研究成果“化學鍵分辨的單分子成像”，“單分子自旋态的選鍵控制”，以及“亞納米分辨的單分子拉曼光譜”先後三次入選兩院院士評選的年度中國十大科技進展。
侯建國主要學術成就有：
1、對非晶半導體/金屬膜中的晶化進行了分形研究。對各種條件下分形晶化的機制進行了系統的實驗及計算機模拟研究，在大量實驗觀察的基礎上提出了一種新的分形晶化自組織生長模型，這些工作是該領域早期重要研究工作之一，為理解複雜的分形晶化現象作出了重要貢獻，獲得中國科學院1997年自然科學一等獎。
2、發展了一種實驗與理論相結合确定固體表面分子吸附取向的方法。他與合作者通過高分辨掃描隧道顯微鏡圖像及其譜學方法并結合理論模拟，确定了C60單分子在Si表面的吸附取向。該項工作發表在國際物理學權威雜志《物理學評論快報》（Physical Review Letters）雜志上。美國物理學會在其物理新聞圖片網上發布了題為“Buckyball Orientation”（足球烯分子取向）的新聞介紹這項研究成果，并被科技部評為1999年中國十大基礎研究進展新聞。
3、分子内部結構的直接觀測：首次獲得具有化學鍵分辨的單分子圖象，并發現二維單分子陣列的新的取向疇結構。他與合作者利用分子自組裝技術，有效隔絕了襯底與C60之間的相互作用，在國際上首次獲得具有化學鍵分辨率的C60單分子掃描隧道顯微鏡圖象。該工作發表在英國《自然》（Nature）雜志上，被《自然》雜志審稿人評價為“構思巧妙，實驗嚴謹的研究工作”，并被兩院院士評為2001年中國十大科技進展。
4、通過單分子選鍵化學實現單分子自旋态的控制。他利用掃描隧道顯微鏡探針對PcCu進行“分子手術”，呈現出近藤（Kondo）效應。該工作發表美國《科學（Science）》雜志上，在這一工作在國際上首次通過對單個分子的原位選鍵化學操縱實現了對分子電子态和自旋态的調控，對于單分子操縱和分子尺度上量子态調控具有重要的意義。這項研究成果還被兩院院士評為2005年度中國十大科技進展。
人才培養
根據2019年8月合肥微尺度物質科學國家研究中心網站顯示，侯建國培養的博士生中，2人獲全國優秀百篇博士論文獎，2人獲中國科學院院長特别獎，4人獲中國科學院優秀博士論文獎。
學術論著
截至2016年7月，侯建國在Nature、Science、J. Am. Chem. Soc.、Phys. Rev. Lett.等雜志發表學術論文200餘篇。
榮譽表彰
獲獎情況
社會任職
英國工程與自然科學研究委員會（EPSRC）評委
中國真空學會第六屆、第七屆理事會理事長
中國科學技術協會第七屆、第八屆全國委員會委員
國家科學技術獎評委
國際真空科學技術與應用聯合會（IUVSTA）執委會委員
國際應用與純粹化學聯盟（IUPAC）化學與生物部名譽會員
第十一屆全國人民代表大會常務委員會委員
挪威Kavli獎納米委員會成員
第十九屆中央委員
第七屆國務院學位委員會委員
第六屆教育部科學技術委員會戰略研究指導委員會委員
中國科學院化學部第十五屆常務委員會副主任
中國物理學會表面與界面物理專業委員會第五屆委員會副主任
陳嘉庚科學獎基金會第二屆、第三屆理事會理事
國家納米科學中心學術委員會委員及納米技術專門委員會副主任委員
《Nano Letters》副主編
人物評價
侯建國長期從事物理化學領域的研究工作，特别是在利用高分辨率掃描隧道顯微鏡研究單分子特征和操縱方面取得了一系列成果，為單分子物理化學領域的研究做出了理論和實驗上的重要貢獻。（合肥微尺度物質科學國家研究中心評）
