政變前印尼局勢
自印尼國父蘇加諾成功領導獨立運動以來，在外交政策上，就越來越向蘇聯靠攏。除了傾向共産主義陣營。與此同時，在印尼共産黨和中國支持和幫助下，蘇加諾所在的印度尼西亞民族黨執政政府發展得越來越蓬勃。同時在1965年，印尼共産黨的勢力已幾乎無處不在，得到很多民衆支持。
印尼總統蘇加諾主張“大印度尼西亞”，1962年起宣稱“馬來西亞是新殖民地産物”，反對馬來西亞建國，并支持砂拉越以當地華人為主的共黨遊擊隊。西方國家因此将蘇加諾視為對東南亞地區穩定的威脅，希望推翻蘇加諾。
政變及大清洗
蘇加諾的親共反美立場讓美國政府不滿，美國私下策動印尼軍方發動政變推翻蘇加諾政權，這7名主要将領成立了“将領委員會”。但政變陰謀被蘇加諾總統的衛隊翁東中校（Letkol Untung）識破。
1965年9月30日，翁東宣布發動“九三零運動”，10月1日淩晨，翁東中校指揮的部隊分頭襲擊了陸軍司令雅尼中将和納蘇蒂安等7位将領的住所，綁架了以雅尼中将為首的6名将領，并将他們殺害。翁東中校通過電台向全國宣布，他已粉碎印尼“将領委員會”的政變陰謀，并成立“革命委員會”。然而，将領委員會中的軍事強人——陸軍戰略後備部隊司令蘇哈托少将并不在逮捕之列，是唯一未被處決的政變策劃者。他在得知政變發生的消息後，召開了陸軍戰略司令部工作人員會議，随後接管了陸軍的領導權，從蘇門答臘調動大量軍隊進入雅加達。當天傍晚時分，蘇哈托的部隊奪回印尼共和國電台和中央電報大樓，午夜時分又奪取了哈利姆空軍基地，這次反政變運動遂宣告失敗。
10月2日，印尼共産黨在雅加達的日報發表社論，支持“九三零運動”，同日梭羅市印尼共産黨的市長也宣布支持“九三零運動”，印尼共産黨也參加日惹支持“九三零”的遊行。加上印尼共産黨參與殺死6名将領，導緻反共的軍官決心摧毀印尼共産黨。
運動失敗後，翁東中校等人被抓獲并判處死刑，印尼共産黨領導人艾地于11月22日被捕并秘密處決。蘇加諾總統實際上已經被架空，雖然他并未公開表示支持運動。陸軍在蘇哈托的領導下，随即發動了對共産黨的大清洗。由于印尼共産黨中華人很多，許多華人受牽連被殺死。軍方還對共産黨的村落發動突襲，殺死大部分或全部的村民。死亡人數估計在十萬至三百萬人之間，但學界的共識約在五十萬人左右。
在蘇哈托掌權後，印尼共産黨的幸存者被稱為 tapol（tahanan politik 或“政治拘留者”）。Tapol 常常未經審判便被監禁，其财産或被沒收，或被摧毀；配偶、子女與親戚因“連帶關系”獲罪。近年來，許多tapol 提出了上訴，要求公民權以及賠償。其中最著名者是曾獲國際筆會自由寫作獎的作家普拉姆迪亞·阿南達·杜爾。在他的回憶錄中，提到當時的強迫勞動、饑餓、拷打及其他虐待。
外界介入
英國
英國記者PaulLashmar與OliverJames自1997年起在《獨立報》上發表一系列文章，探讨英國與九三零事件的幕後聯系。根據這些報導，英國外交部的信息研究部（InformationResearchDepartment，簡稱IRD）針對印尼***、印尼華人與蘇加諾展開一系列的反宣傳，此計旨在複制英國對付馬來西亞***的成功經驗。據當時BBC駐新加坡特派員RolandChallis之說，由于蘇加諾堅拒BBC記者入境，英國駐雅加達的大使館就成為資訊的唯一來源，藉此，IRD有了恣意操作新聞的機會。例如，IRD的心戰專家NormanReddaway就炮制了共黨将血洗雅加達的謠言。
在2000年8月16日的《獨立報》上，戰時國防部秘書DenisHealey爵士承認IRD曾介入此事，他否認英國秘密情報局占有任何角色；并稱「個人一無所知」英國對印尼軍方右翼的軍事支持，但他也指出，如果确有此計畫，他「無疑會支持」。
英國政府一概否認秘密情報局在事件中的角色，相關文獻仍未解密。
美國
從1990年起，一些美國外交官開始向《華盛頓郵報》等媒體透漏他們曾編寫印尼「共産特工」名單，交予親蘇哈托的軍人與情治人員。美國記者KathyKadane訪問了許多前美軍軍官與中情局人員，他們提到一份印尼***特工名單，一旦其中有人被捕或身亡，美方即在名字上打勾。他們與英國密切合作，因為英國也須保護它在馬來西亞的利益。
2001年，喬治華盛頓大學的國家安全檔案庫獲得了幾份美國國務院的内部文件，表明美國與蘇哈托的緊密聯系。不過國家安全檔案庫方面則指出這些通信文件曾被嚴重修改。
在事件以後，美國帶頭向印尼投資，優先向印尼轉移勞動密集型産業，向印尼開放美國市場，并要求日本也照此辦理，可以說是一定程度上為了獎勵其反共措施。
澳大利亞
近年來的資料也表明，澳大利亞也參與了印尼的大屠殺。如據澳大利亞《悉尼晨報》稱，澳知道實情，但仍“一如既往地支持軍隊的血腥政變”。20世紀90年代初，當時的澳大利亞總理保羅·基廷說，蘇哈托的政變，是澳大利亞戰後戰略史上最重要和最有益的事件。
政變影響
這次政變對印尼政局的影響包括：
1、印尼在外交上由傾向蘇聯變成傾向美國，在冷戰時，印尼軍方因此得到美國的支持。
2、大批華人被殺，以及逃往國外。由于兩國間的雙重國籍協定被印尼單方面撕毀，令不少印尼華人的國籍身份，至今仍有含混不清之處。而在當地幸存的華人，在1970年代被迫歸化印尼國籍，放棄原有中文姓氏，在多方面受到種族歧視至今。而華人每年最盛大的節日春節要偷偷摸摸的慶祝。但情況在華裔回教學者瓦希德當選總統，以及梅加瓦蒂總統、蘇西洛總統努力下，漸有改善。
3、印尼在政變後，被蘇哈圖獨裁統治多年，因缺乏民主和言論自由，當地吏治亦因此長期敗壞，得不到合理解決，至今仍有後遺症。
4、蘇哈圖掌權後，改善印尼與馬來西亞的外交關系，印尼對東南亞地區的影響力增加。1966年6月1日，印尼與馬來西亞簽訂曼谷協定，中止兩國沖突；1966年8月11日，印尼與馬來西亞簽訂雅加達協定，兩國重新建交。1967年8月6日，印尼、馬來西亞、新加坡、菲律賓、泰國五國外長在曼谷舉行會議，于8月8日發表了《曼谷宣言》，東南亞國家協會正式成立。
相關紀錄片
2013年，美籍導演歐本海默拍攝有關印尼前總統、軍事強人蘇哈托時代屠殺大批華人的一部紀錄片《我是殺人魔王》入圍第86屆奧斯卡金像獎。這部紀錄片深入探讨了大批華人遭殺害的印尼“9·30事件”，再度引發對印尼這段黑暗曆史的反思。
