分集劇情
第1集
長白山上，一對老兩口在石縫中發現了一顆葫蘆籽他們種了起來，沒想到得到了一個可愛的小女孩——葫蘆妹，她有葫蘆娃的所有本領。一天，老兩口的房子着火了，葫蘆妹趕緊滅了火，可是家還是被燒沒了。
葫蘆妹找到了一個山洞，裡面有一堆金銀财寶，可是有兩條毒蛇。葫蘆妹殺死毒蛇，将财寶帶回家。不想卻被兩個強盜知道了，他們晚上去老漢家偷金銀财寶，被葫蘆妹驚走。強盜們惡人先告狀，向官府誣告說老漢是江洋大盜。
第2集
官府知道老漢有了很多金銀财寶，便叫人把他抓了起來。葫蘆妹趕忙跑到了官府證明那金銀财寶是在蟒蛇洞裡拿到的。官府不信，可是葫蘆妹搬動了門前的石獅子，又打碎了他，官府這才相信，隻是要葫蘆妹打死水下的黑魚精。
于是葫蘆妹來到海邊，幾下就打死了黑魚精。官府馬上就把老漢放了。可是一個小妖把“黑魚精”被金剛葫蘆妹打死的消息報告了“多角龜”，“多角龜”決心要殺死葫蘆妹。
第3集
葫蘆妹拼命掙紮，可是她越掙紮水草就越緊，她吐出的火焰成了水泡，多角龜趁機把她扔到了深海溝裡。
葫蘆妹正在想如何逃出這水草陣時，一個細微的聲音傳了過來“小姑娘，你是誰？”葫蘆妹循聲望去，看見了一隻善良的小烏龜，“我是葫蘆妹，你是？”她發現小烏龜被鐵鍊鎖着，葫蘆妹知道了小烏龜的父母被多角龜殺害，葫蘆妹咬斷了小烏龜的鐵鍊，小烏龜想出了辦法将水草割斷葫蘆妹與多角龜鬥戰了幾個回合後終于把多角龜引進海溝将它砸死了。
第4集
葫蘆妹用巨石砸死了多角龜，海底一片混亂，一隻蟹王曾與多角龜結為兄弟，他知道多角龜死後，決心殺了葫蘆妹，他倆鬥了幾回合，終于弄瞎了葫蘆妹的眼睛，殺了小烏龜，可是葫蘆妹隻要見到早晨的陽光就會恢複健康，她埋了小烏龜，最終把蟹王引上岸，放火燒死了它。可是這場惡鬥驚動了群妖之首-三頭蛟。它與葫蘆妹展開了戰鬥。
第5集
葫蘆妹掙脫了三頭蛟的爪子，和三頭蛟比了又比，他們的本領差不多。可是，三頭蛟冷不丁吐出毒液弄暈了葫蘆妹，把她扔在水裡，得意地回洞了。這時，山神派來神鷹把葫蘆妹用七色彩蓮救活了。山神讓葫蘆妹找金剛葫蘆娃一起打敗三頭蛟。葫蘆妹喚醒了葫蘆娃與他一起取了一把神奇的長劍，一起打敗了三頭蛟，乘着劍回家了。
主要人物
金剛葫蘆妹：故事的主角，是金剛葫蘆娃的雙胞胎妹妹，本領與自己的哥哥相當，在葫蘆山爆裂的時候種子被抛到東海之濱，被一對老夫妻撿到并收養。她勇敢而熱心助人，利用自己的一身本領打敗了衆多邪惡的妖怪。
金剛葫蘆娃：七個葫蘆娃的合體，前作《金剛葫蘆娃》主角。金剛葫蘆妹的雙胞胎哥哥，化作大山把青蛇精鎮壓在山下。被葫蘆妹喚醒，聯手對付三頭蛟。
黑魚精、多角龜、蟹王：兇殘的妖怪，盤踞在水裡不斷的作惡，最終被葫蘆妹消滅。
三頭蛟：群妖之首，戰鬥力足以與葫蘆妹相抗衡。并能噴射毒液。最終被葫蘆娃和葫蘆妹聯手擊敗。
CD侵權事件
《金剛葫蘆妹》從連環畫變成有聲讀物制品，因沒有取得作者的授權，出版社、銷售商和演播者均被告上法庭，被索賠25萬元。日前，市第一中級人民法院判令新蕾出版社因侵犯著作權，賠償原告2萬元并賠禮道歉，卓越公司停止銷售侵權作品，著名配音演員喬榛和丁建華則不構成侵權。
原告胡進慶、姚忠禮、吳雲初創作的連環畫《金剛葫蘆妹》，1993年由中國電影出版社出版發行。2006年11月，原告在卓越網上發現有《金剛葫蘆妹》的CD出售。在CD的封套及盤片上載明，該CD由新蕾音像出版社出版(新蕾出版社的下屬)，丁建華、喬榛演播。
經比對，該CD的内容與原告的《金剛葫蘆妹》連環畫講述的故事情節、脈絡、人物形象特征基本一緻。
法院認為，新蕾出版社使用并改編時未經許可，且未為原告署名，未支付相應報酬，行為侵犯了署名權、改編權、複制權等權利。卓越公司銷售的《金剛葫蘆妹》CD雖具有合法的來源，主觀上無過錯，但應停止銷售被控侵權CD。
新蕾出版社作為《金剛葫蘆妹》音像作品的制作者，使用連環畫中文字作品委托喬榛和丁建華進行演播，理應由其承擔制作過程中所産生的法律後果，因此喬榛和丁建華并不侵權。
