論文因素
如論文的出版時滞、論文長度、類型及合作者數等。出版時滞較短的刊物更容易獲得較高的影響因子。
若刊物的出版周期較長，則相當一部分的引文因為文獻老化(超過2年)而沒有被統計，即沒有參與影響因子的計算，從而降低了影響因子。大量統計資料表明，刊載論文如果是熱門課題，且篇幅較短，發表較快，則被引率将很快達到高峰，進而使期刊的影響因子上升很快，然後又迅速下降;刊載完整研究性論文的期刊，持續被引用時間長，影響因子升高較持久。
也有資料表明，論文的平均作者數與論文的總被引頻次呈顯着的正相關。
期刊因素
如期刊大小(發表論文數)、類型等。在計算影響因子時，刊載論文數僅統計論文、簡訊和綜述，而對評論、來信、通訊和其他一些常被引證的欄目的文章則不進行統計。根據經驗判斷，期刊發表論文數量與影響因子和總被引頻次的大小有密切聯系。在多數情況下，論文量少的期刊容易得到高影響因子，并且這部分期刊的影響因子在年度之間會有較大的波動;而論文量多且創刊年代久的期刊往往容易得到較高的總被引頻次。
此外，還與其他引證指标如:即年指标、期刊被引用半衰期、地區分布數、基金論文比以及期刊發行範圍和發行量等指标有密切關系。期刊的規模和結構不同會造成期刊影響因子的不同。一般來講，同種類型的期刊形成的規模越大，這些期刊的影響因子總的來講就越大;期刊中所含的“熱門”課題或“熱門”專業的文章越多，總被引頻次就越高，同時這種期刊的影響因子也就越大。
學科因素
如不同學科的期刊數目、平均參考文獻數、引證半衰期等都會對期刊的影響因子和總被引頻次産生影響。期刊的影響因子和總被引頻次均以論文的引證與被引證的數量關系為基礎。一個學科的引文數量，總體水平取.決于兩個主要因素:一是各學科自身的發展特點;二是該學科期刊在數據庫來源期刊中所占的比例。從總體上來說，某學科來源期刊越多，該學科期刊的總被引頻次和影響因子就越大。
這兩大因素決定了學科影響因子和總被引頻次分布的不均衡性。生物學期刊一直是SCI期刊中比較引人注目的一類期刊，它不僅在期刊數量上明顯多于其他學科，而且在總被引頻次和影響因子的數量上也有顯着優勢，從而說明生物科學在當代科學中所處的重要位置。此外，影響因子還受期刊所涉及的學科在專業意義上的社會複蓋面的影響，如果某個科技期刊在專業意義上的社會複蓋面非常小，而且同類期刊又很少，那麼它的影響因子就不可能很高。
不同的學科由于其内在的科研規律不同，在做研究時所需引用他人的科研成果情況就不盡相同。這些區别至少在兩個方面會影響到影響因子的大小，一方面的區别是需要引用他人成果多少的情況，另一方面的區别是引用他人成果的時間情況。由于影響因子一般都隻按近兩年内的期刊中所引用的文獻計算，可以看出按近兩年内的引文年限分布情況做的排序結果和通過用影響因子方法對雜志的排序結果同樣也具有一緻性，這同樣說明了影響因子不能正确地反應出不同學科期刊之間影響力的大小。
由于曆史的原因，一個國家不同學科的建設和發展都是不平衡的，甚至同一學科中的不同分支也存在這種情況。有的學科規模很小，但從事這一學科的科研人員多，而且對這一學科的資金投入也大，相關的學科雜志也較多，這樣就會形成一種規模優勢。而往往那些規模較小的學科就不具備這種規模優勢，從而這類期刊的影響因子和總被引頻次也不會高。
就學科規模發展速度的快慢而言，不同的學科有“冷”、“熱”之分。“熱”門學科由于時代的需要其規模發展速度是很快的，這種學科的文章在其規模迅速發展的期間将具有很高的被引用率;而“冷”門學科則正好相反。
但是，這種“冷”與“熱”的劃分往往并不是出于科學本身的發展需要，而經常是由于經濟、社會等一些非科學因素的制約而造成的。還有一些學科包含了許多熱門的課題，這些“熱門”課題的文章雖有較高的被引用率，但并不具備多大的科學價值。
據以上分析可以認為:這種僅僅因為學科規模的大小和發展速度的快慢而造成的論文被引用率高低的不同，或者是引起相關雜志和機構的影響因子大小的不同，從而造成在重要性的排序上的不同，不是科學木身發展造成的，是其他的一些經濟的、曆史的和社會的非科學因素造成的，因此對規模小或是“冷”專業的學科進行的這種評價是極為不公平的，也是不合理的。
檢索系統因素
如參與統計的期刊來源、引文條目的統計範圍等。對于特定刊物來說，在中外的檢索系統中，由于其所收錄的期刊群體組成的差異較大，因而所計算的影響因子值有較大的差異，并且同一刊物在不同語種的檢索系統中具有明顯不同的影響因子和總被引頻次。
名人效應的影響
名人效應常表現為:一方面人們常引用名人的SCI論文來增加自己文章的權威性，即便是在還有别的更适合自己文章引用的文獻時也是這樣:另一方面是署有名人名字的文章或被名人所推薦的文章很容易在所謂的高檔次的雜志上發表，因而也容易被SCI或CSCD所收錄，且有時文章本沒有名人科研成果，卻為了能在高級刊物上發表署上了名人的名字，所以過分地強調被引用或收錄情況，将給文章的總被引頻次和影響因子帶來人為的偏差。
