概況
中醫藥科學研究是中國中醫研究院的中心任務，建院60年來，中國中醫研究院在中醫藥基礎理論研究和重大疾病防治及中藥新藥開發研究等方面均取得了顯著成就。截止2014年底，全院共獲得科研成果近582項，其中國家科學技術獎44項，全國十大科技成就及全國科學大會獎18項，其他政府及社會力量獎519項。被譽為中藥科學研究豐碑的青蒿素及雙氫青蒿素研究，榮獲國家發明二等獎和全國十大科技成就獎；“血瘀症與活血化瘀研究”獲得國家科技進步一等獎。屠呦呦終身研究員因為發現了治療瘧疾的藥物青蒿素，榮獲美國2011年度拉斯克-狄貝基臨床醫學研究獎。
擁有國家新藥（中藥）臨床試驗研究中心（GCP）、國家規範化中藥藥理實驗室、中國中醫藥文獻檢索中心和BSL－3實驗室，是國家中藥安全性評價中心（GLP）與中藥複方藥物開發國家工程研究中心建設單位。旨在開展中醫藥研究，促進衛生事業發展。
曆史沿革
成立背景
1950年，毛澤東主席為第一屆全國衛生會議題詞：團結新老中西醫衛生工作人員，組成鞏固的統一戰線，為開展偉大的人民衛生工作而奮鬥。這次會議把團結中西醫定為衛生工作的重要方針之一，徹底糾正了舊社會遺留下來的輕視、歧視、排斥中醫的思想，發展了中國獨特的傳統道德體系。
1954年6月，毛澤東主席做出重要批示，“即時成立中醫研究機構，羅緻好的中醫進行研究，派好的西醫學習中醫，共同參加研究工作”。
發展曆史
1955年12月19日，由國務院衛生部直接領導的“中醫研究院”正式成立，周恩來總理為研究院題詞：“發展祖國醫藥遺産，為社會主義建設服務”。下設附屬醫院、内科研究所、外科研究所、針灸研究所、針刺療法研究所、中藥研究所、醫史研究室、編審室和中醫研究班。
1957年12月，外科研究所和内科研究所合并為内外科研究所。
1962年，中醫研究院将針灸研究所、針刺療法研究所、外科研究所合并組成針灸外科研究所。
1963年4月30日，中醫研究院廣安門醫院正式成立。
1964年4月，中宣部在中醫研究院組建中醫研究院經絡研究所。
1970年9月，針灸研究所與經絡研究所合并，組建中醫研究院針灸經絡研究所。
1971年，衛生部中醫研究院與北京中醫學院合并，更名為中國中醫研究院。
1972年，衛生部将健康報社并入中醫研究院。
1973年，中國中醫研究院的科研人員首次從中藥青篙中成功提取有效單體——青篙素結晶；“冠心“号研制成功；“針撥治療白内障術”被衛生部在全國推廣。
1975年，中醫研究院教授唐由之為毛澤東主席進行了白内障手術，得到了毛澤東主席和中央領導的贊賞。
1977年，研究院建立骨傷科研究所。
1978年10月，中醫研究院成立學位委員會。
1981年，研究院成立中醫古籍出版社。
1984年，研究院成立醫藥技術開發公司，11月，成立實驗藥廠。
1985年，研究院成立中醫基礎理論研究所。
1986年，1月，成立北京針灸學院；9月，更名為北京針灸骨傷學院。
1993年2月，研究院成立人才研究中心。
1994年11月，中國中醫研究院眼科醫院正式成立。
1995年，中醫研究院設立中西醫結合博士後流動站。
1997年1月，中醫研究院将骨傷科研究所、北京針灸骨傷學院骨傷系、北京針灸骨傷學院附屬醫院3個機構合并，組建成望京醫院。
1999年，研究生部由北京針灸骨傷學院遷至中國中醫研究院。
2000年，教育部将北京針灸骨傷學院從中醫研究院劃出，劃歸到北京中醫藥大學。
2000年8月，科技部成立中醫藥學名詞審定委員會，挂靠在中醫研究院。
2000年11月，中醫研究院中藥研究所成立唐氏中藥研究中心。
2003年，中國中醫研究院同新加坡中華醫學會聯合舉辦研究生班。
2003年，研究院增設中醫學、中藥學博士後流動站。
2004年，承辦第三屆國際傳統醫藥大會。
2005年12月，研究院舉辦50周年院慶時，經國務院批準，更名為中國中醫科學院。
2006年3月，中國中醫科學院醫學實驗中心在東直門院本部成立。
2006年7月，中國中醫科學院中醫臨床醫學基礎研究所在東直門院本部成立。
2012年12月18日，中國中醫科學院中藥資源中心在東直門院本部成立。
2014年12月29日，中國中醫科學院中醫藥數據中心在東直門院本部成立。
下設機構
據中醫科學院官網2016年4月顯示，中醫科學院内設24個職能處室、14個科研機構；3個教育單位；6個醫療機構；3個産業機構；5個學術、出版單位；另外，還是還有3個挂靠學會，2個分院。
