承擔任務
承擔全市傳染病、慢性非傳染性疾病、地方病、學生常見病、公共衛生突發事件應急處理、消毒及病媒生物防制、食品、化妝品、涉水産品、一次性衛生用品等與健康密切相關的生活用品的衛生學檢測評價及衛生毒理學測試、勞動衛生和職業病防治、射線防護、從業人員健康體檢、建設項目預防性衛生學評價、健康教育等預防醫學領域各項工作。
承擔預防醫學各學科的科學研究；承擔全市衛生防病信息的統計、分析。與首都醫科大學共建公共衛生與家庭醫學學院，承擔預防醫學各專業的本科教學工作。北京市預防醫學會、首都預防醫學雜志、北京市艾滋病檢測中心、北京性病艾滋病防治協會等機構也設在中心。
取得成果
已成為國家實驗室認可委員會認證的檢測實驗室；
衛生部、市衛生局認定的保健食品、化妝品、涉水産品、消毒産品、食品添加劑、化學品毒性鑒定(甲級)檢測機構、建設項目職業病危害評價（甲級）單位；
農業部認定的農藥登記衛生殺蟲劑藥效試驗單位；
質量技術監督局首批向社會公告的室内空氣質量檢測單位；
聯合國全球監測系統放射性核素監測站；
世界衛生組織流感病毒監測項目在北京地區設立的實驗室以及國家疾病預防控制中心認證的北京市艾滋病确認實驗室，是向社會提供公正數據的第三方檢測機構。檢測水平和檢測質量得到社會各界的好評與公認。
基礎設施
現有大型儀器設備800餘台，價值7000餘萬元；實驗室用房6480平方米；專業技術人員400餘人，其中高、中級人員占總數的61.8%，博士、碩士70多人。
北京市疾病預防控制中心、北京市預防醫學研究中心成立以來，在市委、市政府、市公共衛生工委、市衛生局的正确領導和社會各方面的大力支持下，認真貫徹“三個代表”的重要思想，繼往開來，與時俱進，已初步建立起集疾病預防與控制、檢測檢驗與評價、應用研究與指導、技術管理與服務、健康教育與促進為一體的疾病預防控制體系，各項工作出現了生機勃勃的發展勢頭。
制定規範
2021年1月12日，北京市疾控中心發布《網約車出租車運營期間疫情防控管理規範》。《規範》明确，網約車出租車如不遵守疫情防控要求，必要時将采取熔斷機制及相關處罰措施。
所獲榮譽
2020年9月8日，被評為中國抗擊新冠肺炎疫情先進集體。
2020年12月，被評為“中國科普工作先進集體”。
2021年3月15日，被北京市委辦公廳、北京市人民政府辦公廳授予“北京市扶貧協作先進集體”稱号。
2021年4月1日，被首都綠化委員會辦公室和北京市人力資源和社會保障局評為“2020年度首都全民義務植樹先進單位”。
2021年6月，北京市疾病預防控制中心黨委被中共中央授予“中國先進基層黨組織”稱号。
