建設曆史
南京建設地鐵的動議始于1984年，1986年成立南京市地下鐵道工程籌建處。從1984年到1999年的15年時間裡，南京先後投入3.5億元為軌道交通建設做了大量前期準備和規劃預留工作。1999年4月15日，國務院正式批準南京地鐵一号線立項，同年5月28日南京市撤銷地鐵籌建處，成立南京市地下鐵道工程建設指揮部。2000年12月12日，地鐵一号線一期工程正式開工。南京地鐵一号線一期工程線路長21.68公裡，設地下站11座，地面及高架站5座，工程概算85億元，綜合造價在中國已建地鐵中最低，為每公裡3.92億元，計劃于2005年9月1日建成通車。
2013年12月2日，南京發布空氣污染橙色預警，相關部門采取了相應的措施。1日傍晚，空氣污染預警從橙色升級到紅色，南京市政府立即發布了八項相應的紅色響應措施。地鐵3号線等工地接到整改通知。
路線規劃
南京火車站地鐵三号線從原江浦縣的林場火車站出發，經上元門過江通道越過長江到達江南地區的五塘村、南京火車站，在新莊站南折向太平北路方向，過市政府、大行宮等站後經過夫子廟直至南京南站，全線共設19個站點，線路總長30.9公裡，計劃投資129.49億。
為了方便江北地區市民出行，三号線全線19個站台中有4個站台設在江北地區，站距隻比主城各車站略長一點，其中林場站為高架車站、浦珠路為地下車站，而中間的火炬南路站、京新村站都
南京地鐵3号線備有兩套方案，但設計組主推高架車站，主要是經濟實用。
地鐵3号線也被國務院審批正式立項，地鐵3、6号線誰先建曾起争議，部分專家認為，從跨江發展的角度看，3号線應當優先選擇，如此看來，這段争議就此也畫上了句号。按照目前已有的規劃方案，地鐵3号線是一條過江線，從江北林場站到火炬南路站、浦口站，從浦口路站過江到濱江路站，然後從新莊站穿越玄武湖抵達南京市政府站，再經浮橋站、大行宮站、張府園、建邺路、長樂路、雨花門站、卡子路、大明路站，最後到達南京南站。如果浦口、六合兩地的經濟發展較快，地鐵3号線有望提前開工建設。
換乘成網
作為一條縱向貫穿江北新市區、主城的城中地鐵幹線，三号線與一号、二号、四号、五号、六号、七号、八号都實現了換乘。其中在幹休所站與七号線換乘；在南京站站與一号、六号兩條線換乘；太平北路與北京東路口的市政府站與四号線換乘。同時，三号線的大行宮站與二号線大行宮站十字相交換乘；而夫子廟站将實現三号線與五号線的換乘；在雨花門站，三号線與八号線換乘；在南京南站站則實現與一号線南延線等換乘。在江北的火炬南路站，三号線還将與未來的江北輕軌換乘。
設計人員介紹說，由于前期規劃時已考慮到一些問題，所以三号線換乘站點基本都可以采用最便捷的“十字形換乘”。也就是說，從三号線換乘其他線路的地鐵隻要上下一層樓就可以了，不必要非像過去一樣，換條地鐵繞來繞去走上七八分鐘。
發展前景
南京市規劃到2050年南京市的軌道交通線網将由10條地鐵線、四條輕軌線構成共計433公裡的網絡。預計今後50年内，南京規劃軌道交通道路總長度将達到433公裡，共設置13條軌道交通，線網密度達到每平方公裡0.15公裡，與巴黎市相當。主城區有9條軌道交通，總長200公裡，主城線網密度為每平方公裡0.76公裡，與日本名古屋相當，老城區密度為每平方公裡1.21公裡，與日本大坂相當。預測到2050年，南京的軌道交通平均客流強度将達到2.52萬人/公裡，軌道交通平均乘距9.5公裡。規劃實施後，南京中心區地鐵車站輻射半徑600米，服務人口達95%，在城市範圍區内70%人口可在40分鐘内到達市中心。建設難題編輯南京地鐵3号線穿越城區南北且要過長江，因此，南京地鐵3号線的建設難度，在南京地鐵建設史上是前所未有的。
南京市城市規劃，到2050年南京市的軌道交通線網将由10條地鐵線、4條輕軌線構成共計433公裡的網絡。
1号線：貫穿主城南北中軸線最重要的客流走廊，沿途經邁臯橋、南京火車站、玄武門、鼓樓，穿越新街口中央商務區，向南途經三山街、中華門等車站，再向西接河西新城城市副中心至奧體中心。
2号線：貫穿主城東西中軸線客流走廊，東連仙林大學城，西通河西新城區，中間穿過新街口中央商務區。途經孝陵衛、中山門、明故宮、新街口、漢中門、莫愁路、緯九路等車站。具體走向為:汪家村站-中和村站-元通站-向興路站-所街站-集慶門大街站-茶亭站-莫愁湖站-漢中門站-上海路站-新街口站-大行宮站-逸仙橋站-明故宮站-苜蓿街站-小衛街站-孝陵衛站-鐘靈街站-馬群站-紫金站-仙鶴門站—仙鶴中站—南師大站—仙鶴東站。（西延支線為集慶門大街站-上新河站—江心洲站）
3号線：又一條南北客流主幹線，貫穿大江南北、連接主城江北新市區和東山新市區，連接祿口機場、南京鐵路南站、南京火車站及江北火車站最重要的對外交通樞紐。具體走向為:南京南站-玉蘭路-雨花門-長樂路-建康路-常府街-大行宮-浮橋-市政府-新莊-南京站-幹休所-玉塘村-濱江路-浦珠路-京新村-火炬南路-林場
4号線：又一條東西客流主幹道，貫穿主城、仙林新市區和江北新市區。具體走向為:紫金山站-岔路口東-櫻花路-省經幹院-九華山-市政府-鼓樓-雲南路-省委-中保（過江）-浦口中心區
5号線：貫穿主城東南和西北的加密線，分流1号線和市中心區的客流量。具體走向為:下關-鹽倉橋-福建路-虹橋-山西路-雲南路-五台山-上海路-朝天宮-三山街-建康路-大中橋-光華門-小天堂-七橋甕-大校場-城北路-金箔路
6号線：為主城内的環線，平衡主城内軌道線網客流，并帶動沿線一些主要地區再開發。具體走向為:曹後村-南京站-金橋市場-城河村-大橋南路-下關-農貿中心-中保-管子橋-集慶門大街-所街-向興路-元通-中和村-（預留站）-将軍路-南京南站-大校場機場-大校場路-光華門-明故宮-富貴山-省經幹院-長途汽車東站-曹後村
7号線：是主城兩部南北向的預留線，分流南北向主幹線的客流量。線網建成後南京市中心區線密度将達到1.2kkm2；主城的線網密度達到0.63km/kkm2，都市發展區線密度達到1.13km/km2。具體走向為:南京南站-共青團路-甯丹路-安德門-東青石-應天路-沿河街-莫愁湖-省委-古平崗-福建路-城河村-幹休所-黃方村-窯上村-曉莊-化纖新村-田家邊-堯鐵站
8号線：西善橋-汪家村-小行-中華門-雨花門-中和橋-小天堂-勝利村-雙拜崗-滄波門
9号線(輕軌)：南京南站-祿口機場（與南站同步建設，站點尚在規劃中）
主要問題
第一個難題地質難題，南京地鐵3号線是過江線路，不僅要穿越長江還要下穿玄武湖和内外秦淮河；在城區北部穿越崗谷地和岩溶區，線路經過的長江底卧有卵礫石層，線路上存有多處斷裂帶和斷層等，繁瑣的水文地質情形将成為南京地鐵建設的一大難題。
第二個難題是與國鐵相交，南京地鐵3号線線将有多處與國鐵線路相交，包括南京站的京滬線大動脈，與玄武湖隧道、新莊立交、甯溧路高架和杆管線的聚合地域等大宗市政道路和設施交彙。
第三個難題是線路經過之處對相關文物的保護，南京地鐵3号線穿越老城南、夫子廟等文物單位，南京地鐵3号線還将兩次穿越明城牆，如何保護這些國家級、省市級文物單位，在城牆中的區域将碰到古河道、淤泥質黏土，也是個土建建設方面的難題。
交通意義
南京地鐵3号線建成後将成為南京繼1号線後又一條南北向客流骨幹線路，其貫穿大江南北，連接主城、江北新城和東山新城，連接京滬高速鐵路南京南站、南京火車站等最重要的對外交通樞紐，更為重要的是它與11條既有或規劃軌道交通線相互換乘，對穩定南京市軌道交通線網起着重要作用。
通車時間
或于2014年12月31日通車運營備受南京市民關注的南京地鐵3号線，2014年2月初過江盾構機已經修複，正在恢複掘進，力争在2014年9月30日通車。南京地鐵3号線貫穿大江南北，連接主城區、江北、江甯，也就是說，2014年09月30日，南京地鐵3号線将通車運營，備受關注的紫金江甯闆塊、橋北闆塊将迎來地鐵時代。
