概述
大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，这些细菌在生化及血清学方面并非完全一致，一般认为该菌群细菌可包括大肠埃希氏菌、枸椽酸杆菌、产气克雷白氏菌和阴沟肠杆菌等。大肠菌群是作为粪便污染指标菌提出来的，主要是以该菌群的检出情况来表示食品中有否粪便污染。
大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度，也反映了对人体健康危害性的大小。粪便是人类肠道排泄物，其中有健康人粪便，也有肠道患者或带菌者的粪便，所以粪便内除一般正常细菌外，同时也会有一些肠道致病菌存在（如沙门氏菌、志贺氏菌等），因而食品中有粪便污染，则可以推测该食品中存在着肠道致病菌污染的可能性，潜伏着食物中毒和流行病的威胁，必须看作对人体健康具有潜在的危险性。
检验方法
由于大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌，即需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽孢杆菌。因此大肠菌群的检测一般都是按照它的定义进行。中国采用的进出口食品大肠菌群检测方法主要有国家标准和原国家商检局制定的行业标准。两个标准方法在检测程序上略有不同。
国家标准
国家标准采用三步法，即乳糖发酵试验、分离培养和证实试验。
乳糖发酵试验：样品稀释后，选择三个稀释度，每个稀释度接种三管乳糖胆盐发酵管。36±1℃培养48±2h，观察是否产气。
分离培养：将产气发酵管培养物转种于伊红美蓝琼脂平板上，36±1℃培养18-24h，观察菌落形态。
证实试验：挑取平板上的可疑菌落，进行革兰氏染色观察。同时接种乳糖发酵管36±1℃培养24±2h，观察产气情况。
报告：根据证实为大肠杆菌阳性的管数，查MPN最大可能数表，报告每100mL（g）大肠菌群的MPN值。具体操作参见GB4789.3—94《中华人民共和国国家标准食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》
原国家商检局制定的行业标准
原国家商检局制定的行业标准采用美国FDA的标准方法，用于对出口食品中的大肠杆菌进行检测。
推测试验：样品稀释后，选择三个稀释度，每个稀释度接种三管LST肉汤。36±1℃培养48±2h，观察是否产气。
证实试验：将产气管培养物接种煌绿乳糖胆盐（BGLB）肉汤管中，36±1℃培养48±2h，观察是否产气。以BGLB产气为阳性。查MPN表，报告1mL(g)样品中大肠菌群的MPN值。
具体操作参见SN0169—92《中华人民共和国进出口商品检验行业标准出口食品中大肠菌群、粪大肠菌群和大肠杆菌检验方法》
检验常用抑菌剂
大肠菌群检验中常用的抑菌剂有胆盐、十二烷基硫酸钠、洗衣粉、煌绿、龙胆紫、孔雀绿等。抑菌剂的主要作用是抑制其他杂菌，特别是革兰氏阳性菌的生长。
中国国家标准中乳糖胆盐发酵管利用胆盐作为抑菌剂，行业标准中LST肉汤利用十二烷基硫酸钠作为抑菌剂，BGLB肉汤利用煌绿和胆盐作为抑菌剂。
抑菌剂虽可抑制样品中的一些杂菌，而有利于大肠菌群细菌的生长和挑选，但对大肠菌群中的某些菌株有时也产生一些抑制作用。有些抑菌剂用量甚微，称量时稍有误差，即可对抑菌作用产生影响，因此抑菌剂的添加应严格按照标准方法进行。
水质参数
作为水质参数的原因
①在人粪中大量存在，因此在为人粪所污染的水体中容易测到；
②检验方法比较简便；
③对氯的抵抗力相似于致病的肠道细菌。可以认为：消灭了大肠菌群，致病肠道细菌也已消灭，水可供饮用。
水质检验
①发酵法。以不同量水样接种于规定数目的含有不同量标准培养基的发酵管中，在37℃经24h培养后，如发酵管产酸产气、显微镜检验又为革兰氏阴性无芽孢杆菌，则为阳性反应。根据培养和阳性的发酵管数目，按统计学原理即可得出大肠菌群数（每升或每100mL中的个数）。
②滤膜法。水样通过滤膜过滤，因膜的孔径很小，大肠菌群截留在膜上。将滤膜移到远藤氏培养基上，在37℃经24h培养后直接数典型菌落数，即得结果。由于滤膜要具有标准的孔径，以及操作上所需的技术要求较难掌握，滤膜法的使用还不普遍。两种方法所得结果不可比较。
1976年中国颁布的生活饮用水水质标准规定，每升水中大肠菌群不超过3个。
作用
第一点，屏障功能，简单的从字面来理解，就是一种保护性功能。肠道内的菌群可以与大肠黏膜，非常紧密的结合在一起，构成一个天然的肠道生物屏障，可以将一些致病菌和毒素病毒局限于肠腔，避免通过血液进入机体，产生炎症反应。
第二点，可以发挥免疫调节的功能，简单的说就是可以增加人体的抵抗力，让机体做到少生病，少吃药。
第三点，可以发挥代谢和营养的功能，大肠的菌群可以参与到肠道的胆盐吸收，进而会影响到肝脏内胆固醇的代谢，而胆固醇如果代谢不好，人体就会发生脂肪肝，这是最常见的一个例子。同时，这些菌群还可以参与到多种维生素和微量元素的合成、吸收当中。
