剧情简介
黑魔帮被次郎（电脑奇侠）毁灭後三年，已死的电脑黑魔竟率领黑魔部队开始征服世界。他们为了实现野心而追捕少年阿明(アキラ)，因他手中掌握著某些秘密。此时被封印在仁王像中的电脑奇侠01，感觉邪恶活动的回路开始启动。最後他由仁王像中爆裂而出，为世界的正义而战。
角色介绍
电脑奇侠——次郎:
由光明寺博士开发使用豪微技术的改造人，被设定了优先保护日奈的程序，可由于良心回路的不完整，接收到基路的怪音波后会变得凶暴。（在《假面骑士铠武》第30集登场）
光明寺满子:
光明寺博士之女。现在正攻读机械人理工学的大学生。憎恨十年前失踪的父亲，因为哥哥死于意外而留有心灵创伤。她突然接到了父亲的邮件，知道了秘密组织“黑暗”的存在。
光明寺日奈:
满子的同父异母妹妹。不知为何失去了一切和满子相遇前的记忆。因为拥有着关系人类存亡的重要机密而成为黑暗的目标，因此在故事的后半段被黑暗组织掠走。他的容貌和样子酷似满子的妈妈千草14岁时的样子。
光明寺博士：
满子，日奈的父亲。德高望重的科学家，可是其儿子一郎死于意外后，就执着拥有不死之身的改造人的开发，十年前失踪，在黑暗手下，开发了十三台机械人。
基路教授：
秘密组织黑暗的CEO，同时也拥有世界著名的基因工程权威的身份。在光明寺博士的帮助下，开发出了十三个机械人，他是想要毁灭人类的邪恶的统帅。但是他的真面目和真正的身份却存在多方面的难解之谜。
电脑黑魔——三郎：
一再在满子和次郎面前现身的黑衣男子，是个拥有喜欢破坏的残忍性格的人。是执着的跟踪次郎的黑暗改造人。在他的脑部，植有满子的哥哥光明寺一郎的大脑，是为了毁灭电脑奇侠的存在。（在《假面骑士铠武》第30集由战极凌马操控）。
改造人01：是光明寺开发的最初的改造人，由光明寺的老师疯癫和尚根据代码01的设计图制造。拥有将无限的太阳光转换为能源作为动力的系统。后期的改造人一郎就是由这些机械人改造而来。
改造人01（电脑奇侠01）—一郎：
是光明寺博士开发出来的装有太阳能发电机的初期改造人。满子后来以次郎的资料为基础，把他在战斗中遭破坏的量产型身体进行了改造。故事后期和满子在一起，一直在寻找次郎。
蝙蝠性改造人——次郎：
次郎的对手之一，与故事主角电脑奇侠次郎同名，因为他原本是要成为次郎的人。他是光明寺博士在电脑奇侠次郎之前创造出来的改造人。在光明寺眼中，蝙蝠型改造人与电脑奇侠均为失败品，只是与电脑奇侠相比良心回路更加不完整。因此在基路的怪怪音波下轻易地被控制而碾死了一只小鸟，所以光明寺博士认为他不分善恶而准备将其破坏掉。但是最终在基路的说服下，光明寺赐予了这个半途而废的失败之作适合的形态，也就是蝙蝠型改造人的形态。就像蝙蝠是一种非鸟非兽的生物，蝙蝠型改造人是一种既不是人也不是纯粹的改造人，不能生存在黑夜或白昼的纠结存在。
