办学历史
吴淞商船专科学校
1909年7月，晚清邮传部上海高等实业学堂（前身南洋公学）监督唐文治于该学堂增设船政科（航海专科），学制4年，开创了中国高等航海教育的先河。船政科学制为四年，其中在校授课三年，实习一年。
1911年，邮传部决定于上海吴淞炮台湾创建商船学校，并电令唐文治操办。
8月，上海吴淞炮台湾校舍建成，学校定名为“邮传部高等商船学堂”，仍由邮传部高等实业学堂管理，上海高等实业学堂船政科划归商船学堂，这是在上海诞生的中国历史上第一所航海高等学府。
初期，学校仅设驾驶科，分为正科和普遍科两种。正科招收中学毕业生，专授驾驶学及与航海有关的科学。普通拭授以中学的普通学科及与航海有关的科学。学制三年，在校学习两年，一年上船实习。
1912年1月，邮传部上海高等商船学堂改由民国政府交通部直辖，易名为吴淞商船学堂，唐文治兼任校长。
1912年3月，民国政府交通部任命原清末筹备海军大臣、海军提督萨镇冰为吴淞商船学校校长。
9月22日，吴淞商船学校迁入吴淞炮台湾新校舍，命名为国立吴淞商船专科学校。校舍占地面积约百余亩，设有实习工厂、游泳池、运动场、图书室、仪器室等。
1915年，吴淞商船学校奉民国政府之命停办，全部校舍、实习船及书籍、仪器等由海军部接收，开办海军学校。名为吴淞海军学校，为烟台海军学校毕业生专修专门课。1921年吴淞海军学校停办。
1928年，国民政府交通部决定收回吴淞商船学校校舍，筹备恢复吴淞商船学校，以船钞附捐作为该校经费。
1929年9月1日，吴淞商船学校正式复校，定校名为交通部吴淞商船专科学校，校长由交通部部长王伯群兼任，杨志雄任雄副校长，主持日常校务。校舍仍为原吴淞商船学校校舍。
10月8日，吴淞商船专科学校正式开学。学校将1929年10月8日定为复校纪念日。复校时仅设驾驶科，招收高中毕业生入学。
1932年“一·二八”事变，吴淞商船专科学校校舍被日军轰炸，学校在上海市内租屋上课。
1933年春，吴淞商船专科学校校舍修复，学校迁回，更名为吴淞商船专科学校。8月，吴淞商船专科学校奉令停办预科，改设附属高级中学。两校名义上虽系分设，而实质上则属于一体。训练办法相同。课程互相衔接。
1935年8月，吴淞商船专科学校停招附属高中新生。
1937年，日寇入侵中国，抗日战争爆发，在“八·一三”淞沪战役中，吴淞商船专科学校校舍被侵略炮火摧毁，学校被迫停办。
1939年6月，因战火内迁重庆，国民政府国防最高会议教育专门委员会决定在重庆恢复吴淞商船专科学校，改称“国立重庆商船专科学校”，隶属于教育部。
1939年11月27日国立重庆商船专科学校于“江顺”轮举行隆重开学典礼。
1942年秋，国立重庆商船专科学校新校舍在溉澜溪落成。
1943年，国立重庆商船专科学校并入国立交通大学（重庆总部），改为4年制的造船工程系和轮机、航海两个专修科。
1945年11月，抗战胜利后，并入交通大学的国立重庆商船专科学校师生迁回上海。
1946年10月，国立吴淞商船专科学校在上海东长治路505号（原雷士德工学院旧址）正式开学。学校经三度停办终在上海再次复校。交通大学代管的航海、轮机两科复归于吴淞商船专科学校。
上海航务学院
1950年9月，中央人民政府交通部决定并经教育部、财政经济委员会同意，吴淞商船专科学校与上海交通大学航业管理系及海关总署税务专科学校海事班合并升格为国立上海航务学院，设航海系、轮机系和无线电专修科。
10月，改校名为上海航务学院。
1953年，由上海航务学院、东北航海学院、福建航海专科学校合并成立大连海运学院（现大连海事大学）。
上海海运学院
1958年，交通部决定在上海恢复上海航务学院建制，遂委托上海海运局负责教室校舍等基础设施筹建工作。同年9月，上海海运局、上海船舶修造厂联合备文请示交通部，建议在1959年筹建上海海运学院。
9月27日，交通部正式下文，同意在上海筹建上海海运学院及附属中等技术学校。
1959年9月5日，上海海运学院正式开学，为交通部所属，校址设于浦东大道1550号。
1961年9月，上海海运学院筹建工作初步完成，遂脱离上海海运局，由交通部直接领导，为交通部部属重点院校，党委由中共上海市委领导。建校初期设海洋船舶驾驶、轮机管理、船舶机械、港口机械等专业，并附设专业基本相同的中专部和一所普通中学。
1962年，交通部决定对所属院校进行专业调整，先后将上海海运学院海洋运输类专业调整到大连海运学院，将机械工程类专业调整到武汉水运工程学院，同时将该两校的管理和经济类专业调入上海海运学院。
1966年，学校转变成为交通部所属以水运经济管理为主要专业的交通部重点高等院校。
1979年，学校开始招收研究生。
1981年，经国务院批准，学校成为中国首批获得硕士学位授予权的高校。
1986年7月，学校成立研究生部。
1994年，学校具有单独入学考试招收在职研究生的自主权。
1995年，学校获准面向港澳台地区招收研究生。
1996年，学校开始与荷兰马斯特里赫特管理学院联合培养工商管理硕士（MBA），并获得外国留学生招生权。
1997年，学校成为全国56所工商管理硕士（MBA）研究生办学试点单位之一，并获得在职人员以同等学力申请硕士学位授予权。
1998年，经国务院学位委员批准，上海海运学院成为博士学位授予单位。
1999年，上海港湾学校划归上海海运学院管理。
2000年，学校实行由交通部和上海市共建，以上海市管理为主的体制。
上海海事大学
2004年，经教育部批准，上海海运学院更名为上海海事大学。同年11月19日，临港新城新校建设破土动工。
2008年9月，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学，上海海事大学联合中国海运（集团）总公司、上海国际港务（集团）股份有限公司、上海海事局21家单位，共同发起成立上海国际航运研究中心。
10月，上海海事大学临港新城新校基本建成。当年学校主体搬迁新校区。
2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生。同年，学校入选上海市“085工程”项目。
2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。
2013年1月，上海海事大学东明路校区暨上海高级国际航运学院揭牌成立。5月，被教育部评为“2012-2013年度全国毕业生就业典型经验高校”。
2014年4月，上海海事大学研究生院成立。6月，学校入选教育部第二批卓越工程师教育培养计划高校。
2016年12月，国际海事（中国）研究中心和联合国国际海事组织（IMO）亚洲海事技术合作中心（MTCCAsia）落户学校，全球航运智库联盟、中国物流高校联盟由学校发起成立。
2017年10月，学校被认定为上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。11月，学校成为首批国际项目经理（IPMP）人才培养基地。
学术科研
科研机构
据2019年12月学校官网显示，学校拥有教育部工程研究中心2个，教育部科技查新工作站1个，交通运输部重点实验室1个，上海市高校知识服务平台高级战略研究中心1个，上海市科委工程研究中心1个，上海市海洋局工程技术研究中心1个，上海市普通高等学校人文社会科学重点研究基地1个，上海市社会科学创新研究基地1个，上海市人民政府发展研究中心—上海海事大学决策咨询研究基地1个。n
科研成果
2012年，学校科技论文总量达到1239篇；出版专著教材99部（包括译著和工具书）。进入六大检索（SCI、SSCI、EI、AHCI、ISTP、ISSHP）论文356篇次，六大检索论文284篇。其中SCI检索论文81篇，与2011年相比增长52.83%，影响因子合计107.795，与2011年相比增长72.59%。
2012年度获得11项省部级以上奖项。其中，上海市第十一届哲学社会科学优秀成果奖二等奖2项、三等奖3项，第八届上海市决策咨询研究成果奖三等奖4项，上海市科学技术奖科技进步奖二等奖1项，三等奖1项（第二完成单位）。
2012年度，学校申请专利392项（其中发明专利139项），授权专利623项（其中发明专利44项）。
2017年，年度科技总经费达到3亿元；
2018年，年度科技总经费达到3.7亿元；获一批国家级科研项目及部市级以上科技进步奖。
学术资源
上海海事大学图书馆，起源于1909年唐文治先生创办船科所在的清政府邮传部上海高等实业学堂图书馆，历经变迁，于2007年迁入上海市临港新城校区。
截至2017年底，馆藏纸质图书135万余册，电子图书153万余册，中外文报刊1980种；拥有电子资源平台47个，数据库127个，含自建数据库3个。
馆藏以海事、物流文献为特色，建有国际海事研究图书馆，含“港口、航运、物流”、“海事政策与法律”、“商船、海洋科学与工程”三大海事文献与信息集群。
合作交流
截至2019年10月，学校与境外100余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。
自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。
2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。
2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。
院系设置
截至2021年5月，学校设有14个二级办学部门，开设49个本科专业，涵盖工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等7个学科门类。
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学科建设
商船学院截至2019年10月，学校设有3个博士后科研流动站，4个一级学科博士点，23个二级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，60个二级学科硕士学位授权点，12个硕士专业学位授权类别，48个本科专业。
拥有12个省部级重点研究基地。拥有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，1个学科进入ESI全球前1%。
拥有5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。拥有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。n
师资力量
截至2019年10月，学校拥有1200余名专任教师，有教授160余名，具有博士学位的教师比例约63%。
教学建设
截至2019年10月，学校拥有5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。拥有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。
设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。
在2004年教育部本科教学工作水平评估和2006年教育部英语专业教学评估中获得优秀。
截至2014年，学校拥有“十一五”国家级规划教材19部才，国家级精品课程1门，上海市精品课程23门。n
文化传统
校训
忠信笃敬n
校歌
阳光照耀着校园n
浪花拍打着心田n
为了振兴中华海运n
我们同窗在今天n
志在大海，重任在肩n
团结奋进，勇敢矫健n
东风扬起求知的风帆n
灯塔指引攻关的航线n
啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦啦n
我们是祖国的未来，我们是展翅的海燕n
同学们快拉响远征的汽笛n
让理想的航船破浪向前！向前！向前！向前！！n
