出任師長
同年8月，“首都警衛師”師長趙霞升任第四十五軍軍長，警衛師師長一職空缺。國民黨許多高級将領對此垂涎三尺，不少人不惜花費大把大把的金條來打通關節，以圖換取此位。但國防部接連開出的幾份候選人名單，都未能得到蔣介石的認可。蔣經國向其父極力推薦王晏清。不久，蔣任命王晏清為警衛師——第九十七師師長。同年9月22日，王晏清晉升陸軍少将。中共南京地下黨派陸平促王起義。陸平向他闡明了時局的發展和中共的政策，鼓勵他棄暗投明，王晏清決定起義。
起義
1949年1月，王晏清在全師幹部會上說“現在雖有長江天險，也無必勝把握”，給全師官兵以震動，南京衛戍區總司令張耀明知情後，即将王晏清扣押。湯恩伯要把王晏清送老虎橋監獄關押，南京衛戍副總司令覃異之知情後，将王晏清放了回去。3月23日，王晏清脫險回到江甯鎮後，立即決定以執行軍事任務為借口把部隊拉到江北，再公開宣布起義。
會後，王晏清發布了全師當晚“過江遊擊”的命令。第二八九團團長楊正洲和第二九0團團長黃子安接到命令後，率兩團官兵渡過長江，到達江北岸。第二九一團團長王義鸾上任時間不長，一聽要晚上到江北執行軍務，不知所措，向師部請示，電話打不通，隻好把電話打到了軍部。直到這時，第四十五軍軍部才知道王晏清果真要“反”，張耀明派飛機散發傳單，謂王晏清投共，官兵返回原防的均有重賞，割回王人頭的特賞銀元5萬，等等。
第二九0團團長黃子安看到傳單後率部南返，第二八九團跟着返回，王晏清帶着師部警衛排等100多人投奔到了解放區。24日，王晏清到達滁縣，參加中國人民解放軍，受到第八兵團司令員陳士榘、政委江渭清的接見。4月22日，王晏清随解放大軍南渡長江，解放南京。
