機構設置
辦公室
主要職責：綜合協調機關和直屬單位工作，督促重大事項的落實。承擔機關文電、會務、機要、檔案、保密、信息、信息化、效能、政務公開、新聞宣傳、安全保衛和信訪等工作。承擔機關行政後勤工作。
水利管理處
主要職責：組織、指導全省水利設施、水域及其岸線的管理與保護；指導江河和水利樞紐工程防洪及安全運行管理；組織指導大中型水利樞紐工程除險加固、挖潛配套和技術改造；負責全省河道采砂管理工作；組織指導水庫的安全監管；指導水利行業的供水管理。
農村電氣化處
主要職責：指導水利行業的水電管理工作；組織協調全省農村水電電氣化工作；組織指導水電站大壩的安全監管；對大中型水電站的選址、庫容規劃提出意見。
人事教育處
主要職責：負責廳機關、直屬單位的機構設置、人員編制和組織人事管理、專業技術職務評聘、勞動力管理、勞動工資等工作，組織實施國家公務員制度；指導廳屬中等專業學校和幹部學校教育工作；指導全省水利行業職工隊伍建設。
計劃财務處
主要職責：負責組織拟訂全省水利發展戰略和中長期規劃，拟定全省水中長期供求計劃；組織制訂全省主要江河的流域規劃、區域規劃和專項規劃；承辦省水利基本建設項目的項目建議書和可行性報告的編制、審查工作；編制全省水利基本建設投資計劃和前期工作計劃；拟定水利行業的經濟調節措施，對水利資金使用進行宏觀調節；提出有關水利的造價、價格、稅收、信貸、财務等經濟調節意見，指導全省水利系統财務和經濟工作，負責全省水利固定資産的保值增值的管理監督；主管廳機關和廳屬單位财務，承辦水利綜合統計。
水利建設處
主要職責：組織指導主要江河的治理與開發，組織具有控制性或跨地（市）的重點水利工程的建設和驗收；審查大中型水利基本建設工程項目的初步設計文件，并按國家規定的基本建設程序辦理報批手續；對全省水利工程建設進行管理；指導全省縣（市）城區防洪排澇工程的建設。
農村水利處
主要職責：拟定全省農村水利的發展規劃，負責指導全省農田水利、灘塗圍墾、鄉鎮供水、人畜飲水和農村節約用水工作；對農村供水實行行業管理；負責拟定全省節水型水利發展目标和計劃，組織實施節水灌溉，推廣節水型水利技術，組織實施國務院安排的全國節水增産重點縣和高标準節水增效示範片建設；負責全省初級水利化縣規劃組織實施和旱片治理工作；指導全省農村水利社會化服務體系（含鄉鎮水利工作站）建設，組織指導水利工程灌區的管理、更新改造和續建配套工作，指導冬春農田水利工程建設和産權制度的改革。
科技與外經處
主要職責：負責編制全省水利科學技術發展規劃，組織重大水利科學研究和技術推廣工作；組織評審、鑒定及獎勵水利科研成果，主管科技情報和水利技術管理工作；管理全省水利行業質量技術監督與産品質量，負責水利行業技術質量标準和規程、規範的監督實施，管理水利系統對外經濟技術合作和交流工作；負責辦理水利方面涉外事宜。
職責調整
（一）取消已公布取消的行政審批事項。
（二）取消拟定水利行業經濟調節措施和指導水利行業多種經營工作的職責。
（三）加強水資源的節約、保護和合理配置，保障城鄉供水安全，促進水資源的可持續利用。加強防汛抗旱工作，減輕水旱災害損失。
