教學思想
1925年7月，清華大學設立國學門，當時的校長曹雲祥在開學典禮的緻辭時感歎：“現在中國所謂新教育，大都抄襲歐美各國，欲謀自動，必須本中國文化精神，悉心研究。所以本校同時組織研究院，研究高深之經史哲學。其研究之法，可以利用科學方法，并參加中國考據之法，希望研究院中尋出中國之魂。”他提出國學研究是要“尋出中國之魂”，即中國文化的精神，也是當時許多國學研究實體與人物的共同想法。
值得關注的是，開學那天，梁啟超作了題為《舊日書院之情形》的學術演講。當時的國學人物提出“融會中外，博通古今”的口号，在充分吸收外來學術文化的前提下，重鑄學術與教育之魂。從宏觀戰略的高度上提出了中國傳統學術對重建中華文化與中華之魂的意義，足可以為今人所借鑒。随後，清華大學與北京大學，以及中央研究院等從事國學研究的實體，取得了一批令世人矚目的優秀成果。
國學在當時的興旺，不是偶然的，它是中國人民在近代以來的文化選擇與文化反思的過程中形成的必然産物，也是文化自覺意識的呈現。遺憾的是，在現有的學科體系内，沒有國學的一席之地，沒有專門的國學學位，從而直接制約了國學專門人才的培養，這是極不應當的。像中國這樣有着幾千年教育資源的國度，國學教育理所應當占有重要的地位。
對于清華大學教育的目标，曹雲祥認為，是培養造就“中國未來的領袖”。根據校史，在他的任期内，清華實現了由一個中等程度的留美預備學校改辦為完全大學的計劃。他将清華大學改組成大學部、留美預備部、研究院三部分。
任職清華
任職期間
當時北大國學研究所、清華國學研究院，都為了“以現代科學方法重新研讨整理國故”，招聘具有真才實學的高級研究教授。蔡元培、曹雲祥兩位校長考慮之中的對象，起初僅有章太炎、梁啟超、胡适、葉德輝（被歹徒殺害）、羅振玉、王國維等幾位大學者，即使像吳宓、李濟這樣卓有成就的學者，也未被聘任“研究導師”（才學出衆的李濟僅受聘為講師），可見規格之高、标準之嚴。
1923年10月10日清華學校舉行國慶大會，特邀擔任清華國學講師的梁啟超發表演講。梁啟超以《我對雙十節的感想》為題，對民國前十餘年的亂象大加撻伐，并将其原因歸之于國民黨乃至孫中山，認為國民黨隻知破壞不知建設，隻知搗亂不知合作，須負一大部分責任。當時就讀于清華學校的王造時，正好是這次講座的千餘名聽衆之一。對于梁啟超的這種批評，王造時并不能接受。王造時強捺怒火回到宿舍後揮筆寫就一篇題為《梁任公先生講學的态度與聽講的态度》。
梁啟超獲悉此文後以及作者的身份後，氣急敗壞，緊急約見清華校長曹雲祥，以辭去清華國學講座相要挾，要求處理王造時。曹雲祥無奈，隻得把王造時找去嚴加訓斥，并要他寫悔過書，并由他陪同向梁啟超請罪，否則便要以侮辱師長的罪名将王造時開除。這次交涉并無成效，曹雲祥還是要王造時考慮他提出的辦法，即當面向梁啟超悔過請罪。幾天後曹雲祥再次為此事找王造時。這第二次交涉亦無成效，王造時辭别曹雲祥後暗自思忖，覺得自己很冤枉，于是和幾位同學商量後，決定向曹雲祥校長讨回公道。
兩三天之後，曹雲祥第三次為此事約見王造時。王造時再次重申，他對于這件事始終不認為有錯，始終不承認是侮辱師長。此事清華學校并未進一步深究，曹雲祥提議的委員會公斷的方案也未曾實施，到此也就不了了之了。王造時推斷，“我想必定時梁曹兩位先生寬大為懷饒我那時年輕。”
校長更叠
曹雲祥在清華做了六年的校長（1922年4月—1927年底），是清華學校時期所有校長中任職較久的一個（最久的是梅贻琦）。在任職期間，他為清華的發展做了努力如：大學部的正式成立，國學院的興起，教授治校制度初具雛形等等。可是由于這時清華的情況已經發生了很大變化，清華早期的畢業生陸續回校任教者日漸增多。
這些留美回來的學生們大多不滿清華的落後狀态，以改革清華，提高清華的學術地位，反對官僚政客控制學校，實行教授治校等主張相号召，形成了一個頗具聲勢的“少壯派”。而曹雲祥盡管任用了清華第二批留美學生張彭春為教務長，并支持“少壯派”對清華的改革，卻仍然是不學無術，官氣十足，而且在行政部門大量安插自己的親信。這樣，在清華内部就形成了“少壯派”和校長曹雲祥及其親信的保守派勢力相對抗的局面。
1926年6月，教務長張彭春因受到保守勢力的攻擊而辭職，從而引發了所謂“挽張去惡”的風潮。在少壯派教授們的支持下，學生們在校内遊行請願，高呼“打倒清華惡勢力”，“改造清華”等口号，當面要求“與清華前途發展有妨礙者三人辭職”。被要求辭職的三人，便是曹雲祥安排的親信，時任清華機要部主任，齋務處主任和大學專門科籌備主任，當時被清華學生稱之謂“清華三惡”。
這一風潮發生以後，清華校内就展開了改造清華的運動，留美歸來的年輕教授們要求按照美國大學的機制來改造清華，反對少數行政寡頭治校，曹雲祥被迫接受了教授治校的原則。但是，随後不久，少壯派教師就利用教授會迫使曹雲祥辭職。
曹雲祥被趕走後，1928年初，外交部派嚴鶴齡再度代理清華校長。不及3個月，奉系軍閥進入北京，派保定軍警執法處處長溫應星擔任清華校長。又不到兩個月，國民黨勢力伸入北京，北洋軍閥倒台，清華學校的最後一任校長也就此去職。
