數據庫
PubMed醫學文獻檢索服務系統，其數據主要來源有：MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等。數據類型：期刊論文、綜述、以及與其它數據庫鍊接。
MEDLINE收錄1966年以來的包含醫學、護理、獸醫、健康保健系統及前臨床科學的文獻1600萬餘條書目數據（2005年數據），記錄的标記為[PubMed-indexed for MEDLINE]。這些數據來源于70多個國家和地區的4800多種生物醫學期刊，近年數據涉及30多個語種，回溯至1966年的數據涉及40多個語種，90%左右為英文文獻，70%~80%的文獻有着者撰寫的英文摘要。
In Process Citations 1996年8月開始，每天收錄由MEDLINE的期刊出版商提供的尚未經過規範化處理的數據，該庫中的記錄隻具有簡單的書目信息和文摘、記錄标記為[PubMed-in process]。當該庫中數據被标引MeSH詞、文獻類型及其他數據時，每星期轉入MedLine一次，而被處理前的數據從該數據庫中删除。
OLDMEDLINE：含1950年至1965年期間發表的200萬篇生物醫學文獻。OldMedline的記錄沒有MeSH字段和摘要，記錄的标記為：[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]。
Publisher-Supplied Citations （Articles Not in MEDLINE or IN Process）是由出版商提供的電子文獻，每條記錄标有[PubMed – as supplied by publisher]。這些文獻包括兩種來源：MEDLINE收錄範圍的文獻，每日被添加到In Process Citation中去，換上[PubMed – in process]的标記，并賦予一個MEDLINE的數據識别号UI；不屬于MEDLINE收錄範圍的文獻則隻有PubMed數據識别号PMID而沒有MEDLINE UI。
服務項目
1.Journal Database：可透過輸入期刊刊名、ISSN或Medline刊名縮寫查詢期刊的出版資訊。
2.MeSH Database：點選此功能後，在檢索欄位中輸入欲查詢的詞彙，可浏覽PubMed資料庫中所使用控制詞彙。
3.Single Citation Matcher：使用欄位化的檢索方式，找尋特定刊名、卷期、作者、篇名的文獻資料。
4.Batch Citation Matcher：以指令式的方式批次檢索資料庫中相關的文獻，隻要輸入刊名、年代、卷期、起始頁、作者名、關鍵詞其中部分欄位資料即可。
5.Clinical Queries:臨床病理資料，該功能提供臨床病理資料之查詢，并依Haynes RB等專家所制訂的最佳化檢索策略之機制，使用者可先行選擇檢索方向，如：治療方式(Therapy)、診斷方式(Diagnosis)、病因(Etiology)、預後狀況(Prognosis)其中的一類，并可選擇預期之檢索結果是較具相關性(sensitivity)或精确率(specificity)較高的。
6.LinkOut：LinkOut為PubMed提供使用者連結外部網路資源之功能選項，連結内容包括國外圖書館館藏目錄、線上電子全文、書目資料庫清單、消費者健康資訊、研究參考資料等資訊。如有外部資源的連結，使用者可在PubMed摘要書目中看到LinkOut此一選項。
7.免費個人化檢索服務—My NCBI：在MY NCBI服務頁建立個人檢索帳号/密碼後，即可使用個人化檢索服務，該服務提供儲存/删除檢索結果、My LinkOut設定及文獻傳遞等個人化服務
檢索方法
主題檢索：在PubMed主頁的檢索框中鍵入英文單詞或短語（大寫或小寫均可），PubMed即使用其詞彙自動轉換功能進行檢索，并把檢索結果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入“vitamin c common cold”後回車或點擊“Go”，PubMed開始檢索并把檢索結果顯示出來。
着者檢索：當所要查詢的是着作者時，在檢索框中鍵入着者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為“着者姓 空格 名字首字母縮寫”，例如smith ja，系統會自動到着者字段去檢索，并顯示檢索結果。
刊名檢索在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡稱、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，系統把在刊名字段檢索，并顯示檢索結果。
日期或日期範圍檢索可以在檢索框中鍵入日期或日期範圍，系統會按日期段檢索，并把符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08。也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。
檢索期刊子集（輯）檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta（或jsubsetd，或jsubsetn），如：neoplasm AND jsubseta。可供檢索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus（有120種重要核心期刊）、Dental和Nursing。分别使用jsubseta, jsubsetd,jsubsetn進行限定。
檢索帶文摘的記錄檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。
PubMed是NCBI Entrez數個數據庫查詢系統下中的一個。
PubMed是提供免費的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關數據庫接入服務，MEDLINE是一個擁有1億字條的巨大數據庫。
PubMed也包含着與提供期刊全文的出版商網址的鍊接，來自第三方的生物學數據，序列中心的數據等等。
PubMed提供與綜合分子生物學數據庫的鍊接與接入服務，這個數據庫歸NCBI所有，其内容包括：DNA與蛋白質序列，基因圖數據、3D蛋白構象，人類孟德爾遺傳在線。
檢索漢化
漢化，讓中國的PubMed使用者盡量多的看到、使用自己更為熟悉的、美麗的中文
高級檢索頁面進行了漢化。
檢索關鍵詞進行了漢化提示。
網絡詞典集成
檢索結果頁面集成了根據北京金葉天盛科技有限公司著名産品《新編全醫藥學大詞典》制作的網絡詞典，對自己不熟悉的英語可以"雙擊"或"鼠标選定"後查看網絡詞典的翻譯結果。
第三方
GoPubmed
GoPubMed是德國2006年創建2008年成熟推出對PubMed進行語義智能檢索、分類導航和深度開發的體現嶄新思維的網絡檢索工具,也是一種對檢索結果進行多維統計分析的軟件.通過它用戶可以節省90%以上的網上搜索時間.檢索者可以很快了解檢索到文獻的概貌和該研究領域的研究态勢,如論文作者的研究軌迹、論文的年度分布、全球核心作者及核心期刊、合着者可視化關系網絡圖以及作者分布世界地圖等等.
cn
ubMed-cn
為丁香園旗下網站，專業的醫學文獻數據庫，其數據每天與美國的NCBI數據中心同步一次。用戶在檢索文獻時，可以立即看到該文獻影響因子；用戶可以在期刊數據庫查詢影響因子變化趨勢、投稿指南、投稿經驗等相關的信息。并且PubMed-cn提供國家自然科學基金查詢，分析各個地區中标率，熱門學科，是申請NSFC的好幫手。
