曆史沿革
1986年，南京市整體規劃向南發展，決定在主城南部建設大型車站，并預留了南京南站地區的規劃空間。
1990年12月，原中華人民共和國鐵道部完成《京滬高速鐵路線路方案構想報告》。京滬高鐵的前期工作進展，極為緩慢，甚至擱淺停滞相當長的一段時間，鐵路要在速度上與民航競争很多人持懷疑态度。
1991年，南京南站進入早期規劃階段。
1994年12月，中國國務院批準開展京滬高速鐵路預可行性研究。鐵道部開展京滬高鐵選線，提出“北線方案”，即從上元門地區，通過隧道過江。南京的規劃部門則拿出“南線方案”，從大勝關過江。鐵道部牽頭，進行比選得出的結論是：兩個方案在技術上都可行，主要差别在于工程造價、經濟效益、運營條件等方面。江蘇省和南京市要求南線方案，而鐵道部看好的始終是北線方案。南京力主南線，是放長了眼光。如果從南京北部走，已經不具備擴建條件。南京火車站雖然前面是玄武湖、背面是小紅山，景觀很美，但是已經沒有拓展空間。此外，更重要的是，在全國任何一個城市，鐵路帶動城市發展的效果都非常明顯，南京要想進一步發展南部區域，這是個好機會。顯然，高鐵建在哪裡，也就意味着南京今後的發展框架，是繼續囿于老城狹小的空間裡，還是大步向南拓展。鐵道部青睐北線的理由：新線與既有線的銜接方便。清末修建的津浦鐵路，即從天津到浦口；在長江南岸，之後又修建了滬甯鐵路。浦口火車站、下關火車站、南京站，南京重要的火車站，向來都是位于城北。并且，當時鐵道部的人都認為，南京的城市中心就在北邊。另一方面，鐵路的機務段、職工宿舍等都在城北，建成之後，職工上下班都方便。為了說服鐵道部，南京方面列出了南線的九大優勢：無論高鐵從哪裡走，從完善南京樞紐總體布局的角度來看，都必須建大勝關長江大橋；根據國務院批準的南京城市規劃，南京城市今後将主要向東南方向發展，大勝關方案符合城市擴展方向；南面的場站位置已預留多年，有較為理想的建站條件；沿線拆遷量小，對城市幹擾和環境影響小；利于形成方便的鐵路——航空換乘及鐵路與城市道路聯結條件……不過，這些最初并沒有打動鐵道部，鐵道部仍然堅持北線方，雙方為此對峙了好幾年。
1995年，為了促進高鐵盡快上馬，南京稍稍“松口”。在當年的一份緊急報告裡，有這樣一句話——“南北方案之争不宜過多堅持，而從規劃上對北線方案提出完善意見為妥”。南京市規劃局做了兩手準備，針對南線、北線方案，分别做了規劃控制。從1995年起，南京根據兩個方案，開始分别嚴格控制沿線用地建設，同時凍結了南北兩條線周圍的土地。而這個具有預見性的做法，使得後來的工作變得輕松許多。
2001年，原中國國家計委和原中華人民共和國國土資源部聯合頒發《關于預留京滬高速鐵路建設用地的通知》，要求沿線地方政府預留京滬高速鐵路建設用地。同年，南京提出“一城三區”的格局，城市南邊發展的動力已經非常強勁。鐵道部改主意是因為看到了南京多年的堅持是對的；也發現，如果走北線，城市北部的空間已經很局促，到時候車輛的準備場、作業場選址都是麻煩事。另外，如果采用北線過江方案，存在1000米半徑的控制線，到時車速将受到一定限制，而大勝關可以一路筆直前行。
2003年6月13日，鐵道部高速辦約見南京市政府，通報京滬高鐵的最新進展。鐵道部改變主意，放棄了自己原先傾向的北線方案，采用了南線方案。堅持了這麼些年，南北之争就此落幕。南京終于全面啟動高鐵移到城市南部的工作。而北線方案也沒白做，後來這裡建了滬甯高鐵。如果沒有超前控制，可想而知，兩條鐵路沿線的拆遷量會有多龐大。有了十幾年的準備，對于鐵道部的突然改變主意，南京胸有成竹。規劃部門立即成立“京滬高速鐵路規劃工作領導小組”，僅用一周時間就完成了《京滬高速鐵路南京段有關情況彙報》，闡述了南線方案概要，以及影響、對策。然而線路走向敲定，争執卻遠遠沒有結束。原本鐵道部打算用傳統的夯土方式，從地面走鐵軌。夯土方式的缺點，一條鐵路硬生生就将兩邊的空間隔開了。南京城北就是典型的例子，車站及鐵路以南很繁華，可是以北地區則發展的較為緩慢。南部新城正是城市發展的新方向，不能再人為築起一道“城牆”将主城與江甯割裂開來，南京方面提出：必須采用全線高架的方式。
2006年，鐵道部在北京舉行了一次方案審查會，鐵道部公布了自己的論證方案，方案裡仍是地面鐵路線，南京方面則堅持建高架。從2006年到2008年間，南京市規劃局幾乎每個月至少有人進京一次，在專家發言之前就搶着發言，一遍遍表達南京的觀點。
2006年12月，南京南站包括黃金山在内6平方公裡的區域第一輪内規劃設計正式啟動。根據鐵道部建設火車站的慣例，南京南站的站房設計由鐵道部負責完成，站房之外的站區規劃由南京當地自己解決。經過多輪國際方案的評選，站房設計由鐵四院和北京建築設計院承擔，而站區規劃設計，則由德國杜羅公司、英國阿特金斯公司、東南大學建築設計研究院和南京交通設計研究院四家共同完成。但在南京方面的論證和協調下，雙方合作整體設計，并将原先的水平換乘改為垂直換乘，大大縮短了乘客換乘的距離和時間。
2007年9月，南京鐵路建設投資有限責任公司在南京成立，京滬高鐵進行公司化運作，沿線所有省份都是高鐵的股東，而南京是唯一一個以省會城市的身份作為股東的城市。
2008年1月9日，南京南站正式進入開工建設階段，這也是京滬高鐵江蘇段最先開工段。
2008年3月，鐵道部終于決定采納高架方案。但是鐵道部拿出的南京南站地下空間使用方案隻預留近6萬平方米，中間隻有156米寬，隻有地鐵通進來，除了南京地鐵1号線和南京地鐵3号線的換乘廳，以及設備房和出站通道，其餘部分全部用高填土填起來，其它換乘方式隻能在車站外圍。如果從長途汽車站下車後來坐高鐵，直線距離是300多米，但是實際要走1200多米。旅客拎着行李，要走1200多米肯定累壞。南京方面立即組織了幾輪規劃論證，來說服鐵道部改變原來的方案。南京南站地區是丘陵地區，承載條件較好，基岩比較淺，地下20米就可以打到持力層。從成本上計算，地面12.4米做架空空間，成本和高填土方案成本基本接近，但地下空間達到24萬平方米。經過論證，鐵道部贊成了這個方案。
2008年8月前，南京南站的規劃設計方案最終塵埃落定，南京規劃局堅持的四條意見全部被鐵道部采納，這四條意見是：交通的零換乘；充分開發地下空間，完善公共服務配套設施；實現快進快出大交通格局；按程序審批。特别是前面三條意見，讓南京南站的設計理念領先全國。就在這份規劃方案敲定之前，北京南站開通，落後的交通換乘方式讓公衆诟病，上海的虹橋站也是如此。南京南站被真正實現了零距離換乘，南部新城總規劃師、東南大學建築學院副院長段進感慨萬千，“我接觸高鐵站的規劃十幾個，做得最好的就是南京南站了，通過上下垂直通道，換乘很方便。”段進稱，他帶了一些國外交通專家到南站進行了參觀，大家都非常認同該站的“零換乘”方案，“同時，南京南站引領國際的還有“小地塊密路網”模式，全世界80多個國家對此進行了統計，發現這種模式不會堵車，非常利于交通組織，而南京南站所在的南部新城就采用了該模式。
2009年，江蘇省政府召開會議，開始推廣南京南站的規劃和建設經驗，要求全省所有的地級市必須建成一個交通綜合樞紐，實現乘客的零換乘。而鐵道部在未來對站房的規劃設計中，也在推廣這樣的做法。
2011年2月20日，南京南站工程主體結構封頂。
2011年6月28日，南京南站、北廣場及南京地鐵南京南站正式啟用。
2012年1月8日，南京南站為旅客提供各種義務服務的“美善空間”服務工作室正式投入運行。
2015年1月，南京南站南廣場落客平台正式啟用。
2019年11月12日起，南京南站啟動電子客票應用實施推廣工作，“取票”這一環節将成為曆史。
2020年1月19日，南京南站實施鐵路到達旅客換乘地鐵單向免安檢，這是繼1月17日南京站實施鐵路換乘地鐵單向免安檢後，南京市第二個綜合交通樞紐實施單向免安檢換乘方案。
2020年4月30日，鐵路南京站在南京南站候車大廳建立的以展示鐵路文化為主要内容的“旅遊景點”正式對廣大旅客開放使用。該“旅遊景點”以時間為主軸，重大事件為節點，四幅工藝漆版畫為主體。
建築規模
建築設計
設計理念
南京南站主站房秉承“古都新站”的理念，設計成仿明朝宮殿式建築，以中國古典建築構成元素為基礎，柱廊、鬥拱、雙重屋檐，方正剛毅的直線和簡約優雅的曲線營造出傳統建築的壯美神韻和現代化鐵路車站的恢弘氣勢，完美的體現了古都南京濃郁的地域風格和特有的尊貴氣質。
南京南站南北兩側主要入口分别采用了八根和六根高大的列柱作為空間構成元素，既突出了建築的莊重感，又形成了強烈的視覺沖擊。北入口六根立柱寓意“六朝古都文脈”，南入口八根立柱寓意“笑迎八方賓朋”。玻璃幕牆采用黃銅镂花的傳統吉祥紋樣作為裝飾構件，疏密有緻的傳統紋樣與簡潔莊重的木構穿插組合，與玻璃、鋁闆等現代材料有機結合，為建築賦予了濃厚的文化韻味。
南京南站将“山水城林”的和諧意境融入現代交通建築中，屋頂挑棚的方正質樸，列柱空間的巍峨大氣，都給人以曆史時空的縱深體驗；城牆肌理的外牆形式、層層疊疊的檐下空間、柱頂交織的穿插木構，使建築形态與城市特質的深層契合，賦予南京南站濃厚的地域風格和獨特氣質。站台雨棚采用片狀組合型式，頂部設側向的通風和采光帶，既可避免陽光直射，又能獲得柔和的自然光線，形成美侖美奂的光影效果。
設計參數
南京南站總建築面積73萬平方米，站房總建築面積約45.8萬平方米，其中主站房面積達38.7萬平方米 ，被譽為亞洲第一大高鐵站（根據央視報道另一說為世界最大火車站 ）。
南京南站有15個候車廳、3個站場、15個站台，整體東西寬度450米，總高59.96米；站房屋頂南北最長451米，東西最大寬度211米，面積近10萬平方米；二層平台為站台層，長660米，寬450米，高12.5米；三層平台為主候車廳，候車大廳南北長417米、東西寬156米，總面積5.8萬平方米，高22.4米；站房頂部“南京南站”4個紅色漢字單字大小為8米×8米，面積64平方米。
南京南站主站房由支撐鋼柱、站台層勁性鋼結構、候車層平面箱形桁架結構和屋蓋鋼網架組成，占地面積約65000平方米，鋼結構總面積約220000平方米。總共40000件鋼件結構，全部由南京中建公司制作；南京南站主站房用鋼重量約為80000噸，加上無柱雨篷、附屬工程用鋼，用鋼總量約為110000噸。無站台柱雨棚上設有太陽能光伏發電系統近100000平方米。
整體布局
站房樓層
南京南站是一個“橋建合一”的站房，買票、候車、出站、上車都在一個立面上，但不在一個層面上。站房共分五層，地上三層，地下兩層。
地下二層為地鐵站台層，地鐵1号線、3号線南北貫通同台換乘，地鐵S1号線、S3号線東西貫通同台換乘。
地下一層為站房設備、地鐵站廳、商業開發層及市政配套車庫。
地面一層集散層，出站及綜合交通方式換乘區域都在這層，四角分别設有配樓，包括出租車場站、公交場站、南京汽車客運南站、鐵路售票處等，廣場東西兩側有出租車停車泊位730個，社會車停車泊位2348個。
地上二層為站台層，28條鐵軌從此層通過，為旅客的到發區域，同時設置有北進站廣廳、貴賓區，也包括1個鐵路售票處。
地上三層為候車層及送站平台，并設有客服商業夾層，共有56個檢票口、100多個的自動檢票機，大廳四個角落各配了1個售票處。
廣場布局
南京南站地面層為換乘廣場，廣場中心區域有南京地鐵1号線、南京地鐵3号線、南京地鐵S1号線和南京地鐵S3号線的進出站口；南北兩側為公交上客區，東西兩側各設出租、社會車的上客區；廣場南側還有一個機場快客停靠帶，可直接去祿口機場。考慮到南北廣場客流量的分布情況，公路客運南站設在北廣場，占地5萬平方米，市民在這裡可實現鐵路、公交、地鐵、長途客車和機場大巴的“零距離”換乘。
路網設計
南京南站為緩解交通壓力，車站設計了長途客車單向行駛車道和公交車專用疏散通道。南京南站通過四條道路（南京繞城高速公路、南京機場高速公路、雙龍大道、宏運大道）與外界相聯，在南京南站核心範圍内形成兩縱兩橫快速路網。南京南站内部建立五縱四橫主幹路，并在廣場四個角設立大轉盤疏散車輛。此外，在玉蘭路、宏運大道、明城大道、綠都大道、雙龍大道上設置公交幹線。
站台線路
站台線路
截至2020年底，南京南站設有15座站台，其中側式站台2座，島式站台13座，共28個站台面，28條股道，包括6條正線在内全部為到發線。南京南站共有三個站場，并分别設了三個不同信号樓，其中1～10站台及站線為京滬場，引入京滬高速鐵路；11～22站台及站線為甯杭、甯蓉場，東側引出甯杭高速鐵路，西側引出甯蓉鐵路，其中21和22站台也供仙甯鐵路（滬甯城際鐵路連接南京南站的聯絡線）的跨線列車停靠；23～28站台及站線為甯安場，西側引出甯安高速鐵路，東側引出仙甯鐵路至仙林站連接滬甯城際鐵路。未來将引入滬蓉沿江高速鐵路（在建）、江蘇南沿江城際鐵路（規劃）等線路。
運營情況
自助購票
南京南站的地上三層設有客服商業夾層，共有56個檢票口、100多個的自動檢票機，大廳配備了4個售票處，分别位于大廳的四個角落。
2020年春運前夕，南京南站進一步升級自助售取票機和進出站閘機，對持港澳居民來往内地電子通行證、台灣居民來往大陸電子通行證等3種證件乘坐動車組列車的旅客，可在自助售取票機上辦理業務，也可自助刷證檢票。
便民設施
客服中心
客服中心是南京南站對外的窗口，可以解決問詢、行李托運、紅帽子服務、失物招領、醫療咨詢。此外客服中心還可以站内改簽，錯過車不用出站人工改簽，直接在候車室的客服中心改簽即可。
行李搬運
旅客的行李過多不方便帶上高鐵，可以聯系“紅帽子”幫忙提上車。費用：大件20元/件（10kg以上的大件行李；小件10元/件）
托運服務
截至2018年底，在南京南站内寄送物品主要有三種方式：中鐵快運、順豐快遞、高鐵快遞，可以根據自身需求辦理。其中高鐵快運最快，一般當天就可以送達。另外還有一個“特定達”項目，可根據旅客需求在幾點前到達，價格稍高。
醫療服務
南京南站的醫療服務站每天8:00至17:30均有醫生坐診，如遇身體不适可就近就醫看診，此外還有售藥站全天開放。
自助寄存
2020年春運中在南京南站試點實施進站口寄遞服務，旅客可通過自助寄存櫃寄遞不方便随身、随車攜帶的物品，切實解決乘火車“限帶品”流轉“最後一米”的服務難題。
旅遊集散中心
南京汽車客運南站旅遊集散中心坐落于南京南站北廣場，是南京旅遊集散體系規劃的三個一級旅遊集散中心之一，主要針對乘坐高鐵到達南京南站，或者乘坐大巴到達南京汽車客運南站，以及空港落地的自由行遊客的集散。集散中心配備有遊客服務中心，可提供發送旅遊專線、信息咨詢、投訴處理、旅遊酒店、機票火車票預訂等服務。
客運流量
2016年，南京高鐵客運量3939.84萬人，同比增長24.7%，其中南京南站高鐵客運量3218.08萬人，同比增長30.7%。增幅高出南京市客運總量平均增速6.0個百分點。2012-2016年間，南京南站的客運總量破億，達到10521.56萬人。南京南站高鐵客運量占客運總量的比重也逐年攀升，2016年占比為81.7%，比2012年占比高出18.4個百分點。（注：南京南站為純高鐵站，南京站為高鐵、普鐵混合站。）
2020年全年，南京南站累計發送3110萬人次，居華東地區第三。
文化活動
2016年12月30日晚，為深化文明交通活動，營造和諧向上的文化氛圍，強化責任意識，保障旅客春運平安出行，由南京市交通運輸局、南京市鐵路南京南站地區綜合管理辦公室和上海鐵路局南京站聯合主辦的“文明交通行，樂享回家路——丹博爾·高鐵南京南站新年公益活動”啟動儀式在南京南站北廣場舉行。南京南站職工、南京藝術學院學生、南京曉莊學院音樂學院師生們以及中商控股集團的軍樂團和機器人方陣為廣大旅客奉獻了一場精彩的表演。
2019年9月12下午，“我們的節日一一中秋送家書”活動，在南京南站候車大廳展開，來自南京市書法家協會的謝少承、朱敏等五位書法家為旅客書寫家書。
2020年1月10日，全國第34個“110宣傳日”，也是2020年春運開啟首日。南京鐵路公安處指揮中心聯合南京南市公交治安分局指揮室和南京南站派出所在南京南站候車室内開展了主題為“不忘初心110，共建共治享安甯”的現場宣傳活動。
交通換乘
軌道交通
截至2019年底，有南京地鐵1号線、3号線、S1号線、S3号線，共4條地鐵線路途經南京南站，并設南京南站。
公交線路
截至2019年底，南京南站南北廣場均設有公交站場，北廣場公交站面積1.7萬平方米，安排18至20條公交線路；南廣場設公交、團體車輛停車場，其中公交車站場面積8000平方米，安排9至10條公交線路，車站東西兩側都設有公交車行駛的專用疏解通道。
機場大巴
機場大巴由南京南站北廣場西側的南京汽車客運南站至南京祿口國際機場，發車時間為05:00-21:00，每20分鐘一班。此外，南京南站廣場南側還有一個南京祿口國際機場快客停靠帶，可直接去往南京祿口國際機場。]
長途車站
南京汽車客運南站位于南京南站北廣場西側，地面一層，是站運分離的一級社會公用型車站，是中國首家實現火車、長途客運、地鐵、市内公交、出租車、社會車輛等6種運輸方式無縫鍊接和零距離換乘的新型智能化綜合樞紐汽車客運站，設有發車位23個，檢票口21個，售票窗口22個，營運班線輻射範圍覆蓋六省。
出租汽車
出租汽車位于南京南站的地面一層，廣場東西兩側有出租車停車泊位730個，旅客到達後不出站就能夠換乘出租車，實現零換乘。
價值意義
南京南站是國家戰略性重點建設項目京滬高速鐵路關鍵控制性工程，對中國交通事業發展、對南京經濟社會建設，城市形象提升、人民生産生活條件改善等，産生積極而深遠的影響。
在高鐵時代，南京南站是中國“四縱四橫”高速鐵路格局中南北、中西幹線的重要交彙點，進一步強化南京在長三角都市圈中的中心城市功能，提升南京市的綜合競争力，并帶動南京從長三角“終點城市”向“泛長三角”1小時都市圈“中點城市”的跨越；進一步推動南京城市新一輪的大發展和大騰飛，引領南京實現新的經濟增長和社會進步。
南京交通地位的變化：中國交通樞紐将從北京、上海、廣州、武漢“四大中心”變為“五大中心”，南京将成為“華東新樞紐”。南京發展方式的變化：南京市區将形成主城、河西新城、南部新城“三足鼎立”均衡發展态勢，這裡将成為南京的“新經濟增長極”。南京文化地标的變化：在中山陵、夫子廟、雨花台、閱江樓等之後，南京将再增加一處文化地标，這裡将成為南京的新“标志性建築”。
