主要成就
傳播天主教，開創“利瑪窦規矩”
利瑪窦來華後，先後在澳門、肇慶、韶州、南昌、南京、北京等地傳教。利瑪窦對中國傳統的習俗保持寬容的态度。他容許中國教徒繼續傳統的祭天、祭祖敬孔，認為隻要不摻入祈求、崇拜等迷信成分，本質上并沒有違反天主教教義。他還主張以“天主”稱呼天主教的“神”，并指“上帝”概念早已存在中國上古文獻中，中國傳統的“天”和“上帝”本質上與天主教所說的“唯一真神”沒有分别。利瑪窦本人更穿著中國士人服飾。
利瑪窦成功地觐見皇帝，在士大夫中建立良好聲譽和關系，開啟了日後其他傳教士進入中國之門，也開創了日後200多年傳教士在中國的活動方式：一方面用漢語傳播基督教；另一方面用自然科學知識來博取中國人的好感。
利瑪窦的傳教策略和方式，一直為之後跟随他到中國的耶稣會傳教士所遵從，稱為“利瑪窦規矩”。
為了減少傳教阻力，使教義更加易于為中國人特别是上層人士接受，利瑪窦把基督教演繹成一種類似于并能兼容儒教的倫理體系——删去了耶稣被釘死在十字架上、耶稣的童貞女之子身份、特别是“人人平等”等内容。利瑪窦還盡量避免談論基督教的神學。
在利瑪窦的影響下，到1605年，北京已有200人信奉天主教，當中有數名更是公卿大臣。這當中最著名的，也是後來對他的傳教事業幫助最大的，當屬“聖教三柱石”——徐光啟、李之藻和楊廷筠。
利瑪窦的宗教著作、譯著主要有《天主實義》、《天主教要》、《二十五言》、《主的祈禱》、《聖母贊歌》、《教理問答書》等。
促進中西文化交流
利瑪窦向中國社會傳播了西方的幾何學、地理學知識以及人文主義的觀點，開了晚明士大夫學習西學的風氣。
利瑪窦與徐光啟等人合譯的歐幾裡德《幾何原本》（前六卷），極大地影響了中國原有的數學學習和研究的習慣，改變了中國數學發展的方向，是中國數學史上的一件大事。幾何學方面，還與徐光啟、李之藻等共同翻譯了《同文算指》、《測量法義》、《圜容較義》等。
利瑪窦制作的世界地圖《坤輿萬國全圖》是中國曆史上第一個世界地圖，先後被十二次刻印。
利瑪窦所寫的第一部中文著作《交友論》，收入了文藝複興時期人文主義大師愛拉斯谟等人關于友誼的格言上百則。
同時，利瑪窦還積極向西方傳播中國文化：首次将《四書》譯為拉丁文；與郭居靜神父一同編修了第一本中西文字典《平常問答詞意》，首次嘗試用拉丁字母為漢字注音。
後世評價
教宗若望·保祿二世在《利瑪窦到北京四百周年國際學術研讨會緻詞》中對利瑪窦的評價可以代表天主教會的觀點：“利瑪窦神父最大的貢獻是在‘文化交融’的領域上。他以中文精編了一套天主教神學和禮儀術語，使中國人得以認識耶稣基督，讓福音喜訊與教會能在中國文化裡降生。由于利瑪窦神父如此道地的‘做中國人中間的中國人’，使他成為大‘漢學家’，這是以文化和精神上最深邃的意義來說的，因為他在自己身上把司铎與學者，天主教徒與東方學家，意大利人和中國人的身份，令人驚歎地融合在一起。”
美國《生活》雜志将利瑪窦評為公元第二千年内(1000年—1999年)最有影響力的百名人物之一。
利瑪窦墓
1610 年5月11日，利瑪窦因病卒于北京，終年59歲。
按照當時慣例，西方傳教士死後本應移葬澳門，但在内閣首輔葉向高等人的斡旋下，萬曆皇帝破例準許利瑪窦葬于北京西郊的藤公栅欄，使其成為首位葬于北京的西方傳教士。
利瑪窦墓現位于北京西城區官園橋附近的北京行政學院院内。湯若望墓、南懷仁墓位于左右兩側。1984年修複後共保留有63名傳教士的墓碑。利瑪窦和其他傳教士墓地被列為國家重點文物保護單位。
