故事背景
神社，本應是會有人類前來參拜的地方。可是對博麗神社來說，則完全不見一個人影前來神社作參拜之事。這都是因為博麗神社被妖怪所占據，人們絕對不會到來這個神社不成神社的地方來的。因此，神社的巫女博麗靈夢就面對着參拜客不足的問題。正當靈夢在煩惱的時候，一個自稱是妖怪之山上神社巫女的人到來博麗神社，還提出了要博麗神社關閉的要求。
靈夢雖然面對着無人參拜的苦況，但博麗神社可是維持着整個幻想鄉的重大支柱，所以她陷入了猶豫之中。最後靈夢決定了出發前往妖怪之山上，對向她提出關閉神社的巫女所屬神社的神明作出談判。同時在出發之前，霧雨魔理沙也來到博麗神社與靈夢見面，于是兩人一起向妖怪之山出發了。
遊戲系統
基本操作
上下左右鍵自機移動
Shift鍵低速移動
Z鍵射擊
X鍵bomb
ESC鍵暫停、暫停解除
Ctrl鍵跳過對話
基本系統
自機、裝備
分别為博麗靈夢及霧雨魔理沙兩人，并有3種的武器選擇。選擇了的“角色”與“武器種類”都會令故事結局有所變化，同一角色不同武器種類都能引發不同的結局。
移動
移動分為高速移動及低速移動兩種，可透過按鈕（默認為鍵盤Shift鍵）改變移動方式。高速移動是通常的移動方法，低速移動則會把自機的移動速度降低以加強操作精細度，用以在密集的彈幕間回避。
射擊
射擊的性能根據角色及武器種類而有所差别。高速移動或低速移動也會令射擊變化。
Powerup
從擊破的敵人中取得的P道具可增加自機的“Power”以強化附加武器的攻擊力，自機自身的攻擊力無法強化。當Power為0.00點時不會出現武器種類的攻擊，要到1.00點或以上才會出現。Power每增加1.00點，附加射擊的威力都會變得更強。Power值最多可以加至5.00點，此時即會進入“FullPowerMode”，畫面上的P道具都會變成信仰道具（此後述），但進入此模式時不會再消去畫面上的敵方彈幕。
道具自動收集
自機移動到自動收集的界線上方，即可自動搜集道具，沒有Power限制。低速模式中吸收道具的範圍會增加。在第1關開始時，畫面上會顯示道具自動搜集的界線一段時間，讓玩家确認道具自動搜集的有效位置。
Bomb（靈擊）
該作把“自機符卡”廢除，改為“靈擊”系統。當使用靈擊時，會消耗1.00點Power值放出一個往正上方移動的圓環。圓環内的敵人會持續受到傷害，并且當中的敵方彈幕會被消去。在發動靈擊的時候自機會無敵一段時間，并且會自動回收畫面上的道具。當使用靈擊時會減少信仰點。另外，本作的靈擊可以作為“被彈Bomb”使用，這種情況下不會減少信仰點，但代價是無敵時間較短。
Extend
分數達到2000萬、4000萬、8000萬、1.5億時各獎勵1UP。
擦彈
擦彈隻有特效和聲效，不會計入得分，也不會計算已擦彈的次數。
續關
不同于之前數作，該作中續關時會在關卡開首重新開始，并不會就地複活再登場。至于續關限制回數則改為無限次。另外，已續關次數會在分數的個位數上顯示出來，最多顯示為“9”點。
P道具
取得後可增加Power值，每增加1點Power值可加強自機射擊。P道具分成小型的和大型的兩種，小型都可增加0.05點，大型的則可增加1.00點。
點道具
取得後可增加分數，取得的位置越高獲得分數越高。
得點道具（大）
有着黃色邊線的點道具。此會在自機FullPowerMode時，擊破中頭目或頭目後掉下。這種點道具與一般點道具不同的是，不論在畫面何處取得這種道具，所得到的分數均是最高得點分數（目前的信仰點）。
1UP道具
取得後可直接獲得1UP獎勵。擊退3面、5面或Extra的中頭目皆可獲得此道具。
特色系統
信仰點
該作有一個稱為“信仰點”的計算值存在，在畫面左下角顯示出來。信仰點與《妖妖夢》中搭載的“櫻點”系統相似，都能影響取得點道具時的得分，以及取得符卡時的符卡紅利。信仰點可透過取得本作新增的“信仰道具”增加。但是，本作的信仰點會随時間減少，而且當自機Miss時也會失去一定數量的信仰點。在信仰點的數值下有一條計量，當此計量耗盡時，信仰點即會開始持續下跌。當擊破敵機、取得道具時能使計量回複，阻止信仰點的損失。在中頭目戰或頭目戰時，信仰點不會持續下降，計量也會停止起來。
信仰道具
增加信仰點的道具，分為超小型、小型和大型三種。大型的會在敵機身上掉下，能增加5000點信仰點（HARD等級增加8000點、LUNATIC、EXTRA等級增加10000點）；小型的會由P道具變成（僅限POWER全滿時），能增加100點信仰點；超小型的則是由敵方彈幕轉化而成，能增加10點信仰點。
角色介紹
自機
博麗靈夢
與一向以來的作品一樣，都是操作容易，安定性高的角色，适合新、中手使用。
特征
被彈判定較小
精密操作較容易
裝備
分别為誘導、前方集中、封印三種裝備。
誘導裝備
裝備會在自機後方配置，發射有追蹤能力的彈幕“追蹤禦劄”（ホーミングアミュレット）。其性能與《紅魔鄉》及《妖妖夢》的“靈符”相似，缺點都是威力較弱，在頭目戰時多要作出持久戰。
前方集中裝備
裝備會在自機前方配置，向正上方發射針形的彈幕“封魔針”（封魔針）。其性能與《紅魔鄉》及《妖妖夢》的“夢符”相似，也是在三種裝備之中最為正統的裝備。當對上頭目戰，此裝備能把攻擊全部集中來擊中頭目，造成極大的傷害效果。缺點是攻擊範圍較狹窄，在道中對大量的雜兵戰時較為不利。高速模式時，裝備的配置會較為分散；而低速模式時，裝備則會緊靠着自機。
封印裝備
這裝備會發射一種名為“妖怪buster”（妖怪バスター）的劄彈。妖怪buster在高速模式和低速模式時的大分别是其特征。高速移動時裝備會配置在自機左右兩方，向正上方發射彈速緩慢的彈幕。此裝備的展開範圍比高速模式的前方集中裝備更加廣闊。當低速移動時，裝備會聚集到自機中心，向上發射呈扇形的高速劄彈。
霧雨魔理沙
與以往一樣，都是有着獨特特色的角色，是中、高手向的選擇。
特征
道具取得道具較廣
移動速度較快
裝備
分别為高威力、貫通、魔法使三種裝備。
高威力裝備
這裝備在高速移動和低速移動之間的追尾性能變化是其特征。高速移動時裝備會像宇宙巡航艦一樣被自機拖着移動。至于在低速移動時，裝備的位置挂列會固定在轉入低速模式時的一瞬間跟随自機移動。裝備會向畫面正上方射出名為“廣闊星層”（スプレッドスター）的星形彈。星形彈在命中敵人時，除了會對目标造成一定傷害之外，更會産生爆風，造成範圍性的傷害。此裝備的變化有很多，可以拖着它們左右移動令它們排開，攻擊廣範圍的敵人；也可以拖着上下移動使他們集中向一個目标攻擊，造成較大的傷害。
貫通裝備
裝備會在自機前方配置，向正上方發射稱為“幻想光束”（イリュージョンレーザー）的激光。性能與《紅魔鄉》及《妖妖夢》時的“戀符”相似，差在光束不會時現時滅。缺點是其攻擊範圍是所有裝備中最為狹窄的。與靈夢的前方集中裝備一樣，高速移動時裝備配置會分散，低速移動時裝備會緊靠着自機。
此外，此裝備存在着一個BUG。當Power值在3.00至3.95之間時，高速移動時的攻擊力會暴增。通稱“弑神炮”。在1.00b版本中修複了此BUG。
魔法使裝備
此裝備與《永夜抄》的蕾米莉亞的使魔“飛空從仆”相似，高速移動時裝備會跟随自機移動，當轉入低速模式時裝備會停留在轉入低速前的位置。裝備會向上方發出名為“冰冷烈火”（コールドインフェルノ）的火焰攻擊，雖然威力高強，但有着射程限制。因為這樣，此裝備需要玩家有效運用裝備的設置來消滅敵人。
敵機
寂寞與終焉的象征
秋靜葉（あきしずは）
AkiSizuha
種族：紅葉之神
能力：掌管紅葉程度的能力
1面BOSS穣子的姐姐。平常姐妹兩人一起掌管幻想鄉的秋天。
她并不是很擅長親自戰鬥、不過若是有人來妨礙秋天、還是會給予些懲罰以警告他們。
認為秋天裡紅葉是最美的，給妹妹看美麗的紅葉時，會沉浸在優越感中。
冬天到來時會變得沒精神。
豐收與成熟的象征
秋穣子
種族：豐收之神
能力：掌管豐收程度的能力
1面中BOSS靜葉的妹妹。平常姐妹兩人一起掌管幻想鄉的秋天。
她每年都被村子裡的人邀請作為收獲祭的客人。
收獲前是不會邀請她的、因為豐收是無法約定的、這樣的做法也不錯呢、她也不在意這種事。
在漂浮着果物和農作物的香味時、總是對靜姐姐保持這優越感。
冬天到來時會變得沒精神。
秘神流人偶鍵山雛（かぎやまひな）
KagiyamaHina
種族：厄運之神
能力：儲存厄運程度的能力
帶走悲劇的人偶軍團長。為了驅除厄運而把厄運收集起來。所以，在外行人看來，厄運正包圍着她。
靠近她的話，不論是人類和妖怪都會變得不幸。不過她自身卻絕對不會變得不幸。隻是在她周圍儲存着而已。為了厄運不再回到人類而看守着厄運。
超妖怪彈頭
河城にとり（かわしろにとり）
KawasiroNitori
種族：河童
能力：操縱水程度的能力
在妖怪之山居住的河童。在這裡暫留時、河童很少在人類面前出現、河童為了隐蔽地觀察人類、和人類的關系很好。
是個會突然改變态度和語氣、有着奇怪性格的家夥、令人意外的是她很怕生。
被人看到就會立刻跑掉，是個老練的技工、發現人工物會立刻拆開，然後再組裝好。
為了方便，工具都裝在她的衣服裡。
下端警戒天狗
犬走椛
種族：白狼天狗
能力：看見千裡之外程度的能力
在妖怪之山上巡邏着的天狗。視覺、嗅覺均很優秀，可以瞬間發現侵入者。
在發現侵入者後，先是用簡單的攻擊進行威吓，如果仍不起作用的話便會馬上回去向大天狗大人報告。她的部隊在一般情況下，都在瀑布的内側待機。因為她的性格協調性很高，所以會忠實的執行任務。雖然這對妖怪來說是很稀罕的事情，不過在天狗的社會裡還滿常見的。但是，因為妖怪之山基本是沒什麼侵入者的，所以她一般很閑。在待機的時候，經常去找附近同樣閑的河童，一起玩一種被稱為大将棋的出乎人們想像的耗時間的遊戲。
最接近裡的天狗
射命丸文
種族：烏鴉天狗
能力：操縱風程度的能力
妖怪之山的新聞記者。喜歡把幻想鄉的少女的八卦全部寫成新聞的天狗。
這一次，從白狼天狗那裡獲知了有侵入者的報告。在這種情況下，一般是由身為自警隊領導者的大天狗作為總指揮，而白狼天狗負責交涉、以及擔任警備工作。
但是，大天狗卻命令報導機構的她去負責交涉。在她百思不得其解的前往現場的以後，這個疑問瞬間就解開了。原來侵入者就是，她經常在新聞裡的那些人類啊。也就是說，根據大天狗的判斷，文是最為了解入侵者的，所以應該可以問出她們的目的。放水之下，她戰敗了。雖然也不是不可以直接放她們過去，不過這樣她就很可能被懷疑跟人類有串通了。文做出向人類屈服了的樣子，把她們領向最近出現的謎之神社。并向大天狗報告說，侵入者的目的好像是山裡那些麻煩的來客，而不是來對天狗社會找茬的，所以我把她們帶去最近出現的那個謎之神社了。
大天狗聽了報告以後，誇獎文把危機變成了機遇。然後，命令下面的犬走繼續監視人類，跟着她們也去那個謎之神社進行偵察。根據犬走的報告，謎之神雖然跟人類發生了戰鬥，但是看起來卻有種在玩耍的感覺，而且似乎玩得非常高興。性格非常的開朗，頭腦也很明晰。危險性不但不高，看起來反而有可能成為友好關系，這對山裡妖怪的生活不也是件好事嘛。她在報告裡這麼說道。從那以後，作為天狗頭領的天魔大人，便前往山上的神那邊進行了秘密的交涉。雖然沒有公開談了些什麼，不過可以确知的是，其結果是互相之間的住民均建立了友好關系。
在那之後，天狗和河童們開始信仰新的神。不過雖然說是信仰，也就隻是一起開宴會的程度罷了。
被祭拜的風之人
東風谷早苗
種族：人類
職業：風祝
能力：引發奇迹程度的能力
代代單傳的擁有秘術的人類。
守矢神社的風祝（不過其實是大祝），操控秘術的一族的子孫。所謂能操控秘術者是指把從人類中收集回來的信仰，轉化為力量，被稱為“現人神”的存在。
聽從在外界（幻想鄉以外的世界，即是現實的人類世界）得不到信仰的八阪神奈子的建議，把神社遷入幻想鄉，并威脅博麗神社，務求把幻想鄉變成跟自己所想像的一樣。雖然一向認真的她對自己的力量相當有自信，但因為外界的常識并不适用于幻想鄉，最後反被靈夢及魔理沙擊敗了。
山坡與湖水的化身
八坂神奈子
種族：神明
能力：創造乾(天)程度的能力
早苗供奉著的神明。原為風神的她，經過很多迂回曲折的事後現為山神的身份受供奉著，以壓倒性的力量，支持着全部妖怪及人類的神明。
因在外界難以得到人類的信奉，而決定和早苗一起遷入幻想鄉的妖怪之山，目的是能得到妖怪們的信奉。
剛遷到妖怪之山時，天狗們一直警戒着，後來與天魔交涉後和解。
很久以前，因為想得到诹訪子所管治著的洩矢王國而進行了侵略，其後洩矢诹訪子投降了。
土著神的頂點
洩矢诹訪子
種族：神明
能力：創造坤(地)程度的能力
在守矢神社被供奉著的青蛙姿态的神明，也是在妖怪之山裡的八百萬神明的領導者。
山神，遠古時管治禦左口之神而建造了洩矢王國，卻受到大和之神之一的八阪神奈子的侵略而戰敗。可是洩矢王國的國民懼怕對左口之神懷有二心而遭受天罰，因此沒有接受神奈子，神奈子最後準備了一個名為“守矢”的神明，把自己和诹訪子融合起來而得到信奉。可是這一切也隻是神奈子一廂情願的想法，實際上受到供奉的隻有诹訪子。诹訪子最後利用了自己的力量把神奈子化為山神，但即使如此，神奈子所賺取到的信仰心和神德全都歸功給诹訪子。
現在住在守矢神社，與神奈子非常融洽的生活着，但在EX關的對話中卻不承認他是朋友。
“風神錄”中遇到在尋找守矢神社而到訪的靈夢及魔理沙，以“神的遊戲”的名義，與二人進行了彈幕比試。能力中提及的“坤”，在八卦中是“地”的意思。
現在他在幻想鄉中過著無憂無慮的生活，不必擔心信仰心，同時又是妖怪山衆神之首。
關卡流程
曲目列表
符卡一覽
注1：使用次序編号解釋：
使用次序編号寫作X-Y：X為關卡編号，Y為符卡次序編号。若為道中符則在Y前面加一個C（即X-CY）。
注2：難度簡寫為E(EASY)、N(NORMAL)、H(HARD)、L(LUNATIC)。
