内設機構
根據上述職責，市商務局設19個内設機構。
辦公室
負責綜合協調局機關工作；負責機關文電、政務信息、提案建議辦理、綜合治理、機要保密、檔案、催辦查辦等工作；負責機關後勤保障和安全保衛等工作；承擔對外宣傳和新聞發布工作；負責機關電子政務的組織實施工作；負責商貿史志、年鑒的編纂工作。
組織人事處
負責機關及所屬單位人事管理和機構編制工作;負責機關和所屬單位出國人員審查、安全教育工作;協調、指導所屬單位加強黨組織建設、精神文明建設和思想政治工作；指導監督所屬單位安全消防和安全生産經營。
政策法規處
負責内外貿易、國際經濟合作、外商投資管理方面的法律法規宣傳；參與起草相關地方性法規和政策；承擔内外貿易和國際經濟合作領域中的反壟斷調查和取證工作；負責拟訂重大經貿協議、合同及章程，協調處理重大争議案;負責行政複議和行政訴訟工作；負責世貿組織規則的研究、咨詢;負責反傾銷、反補貼、保障措施等涉及進出口公平貿易的相關工作；負責反傾銷、反補貼、保障措施等案件對我市産業損害的調查起訴工作；建立産業損害預警機制;審報、管理國(境)外經濟組織駐鄭代表和辦事機構。
财務處
負責機關财會工作；指導、監督、管理所屬單位的财會工作；負責申報管理和争取國家、省、市各項業務資金和專項資金；負責拟訂市本級财政設立的有關商務工作的各類專項資金管理使用方法和相關實施細則；做好局機關的國有資産監管工作；負責全市外經貿企業出口退稅的協調工作；負責局機關和所屬單位會計人員從業資格、技術職稱管理和繼續教育培訓工作。
運行監測處
負責全市主要商務指标的分解下達、監測核定；建立健全生活必需品市場供應應急管理機制；對全市生活必需品、重點流通企業、重要生産資料市場的運行和供求狀況,進行分析監測、預警和信息引導;負責全市生活必需品、重點流通企業和重要生産資料系統及其數據庫維護；負責全市城鄉信息平台、商務預報網站的建設維護及其信息發布;負責繭絲綢協調工作。
對外貿易處
(市機電産品進出口辦公室)。負責拟訂全市外貿發展戰略、中長期發展規劃，并組織實施有關促進政策和措施；負責全市對外貿易的促進工作，承擔市外貿工作聯席會議辦公室的相關工作；指導、協調全市商品進出口和加工貿易工作；受理企業進出口經營權備案登記；組織實施進出口許可證的申報；指導境内外業務對口的交易會、洽談會等貿易活動；編報機電産品配額年度進口方案；承擔市機電産品進出口辦公室日常工作。
科技貿易處
拟訂鼓勵技術出口和服務外包的政策和措施；負責技術、高新技術産品出口和技術引進工作；組織實施科技興貿戰略；執行國家高技術産品目錄和禁止、限制進出口目錄；負責争取國家有關扶持高技術出口資金和項目；受理并執行服務外包企業的認定；負責組織承接國際服務外包産業轉移的招商和項目促進工作；組織實施服務外包基地和園區建設；指導協調服務外包人才的引進和培養;負責組織參加境内外服務外包交流、洽談活動。
招商引資促進處
(市對外開放辦公室)。負責全市招商引資和投資促進工作;研究拟訂并組織實施招商引資中長期規劃;參與拟訂外商投資獎勵政策并組織實施;分析、研究全市外商投資情況并上報動态和建議;負責組織篩選、發布吸引外商投資項目，建立招商引資項目庫;負責接待外商團組，協調外商投資項目的談判和推進工作;指導全市小分隊招商、行業招商、專業招商和委托代理招商活動;負責全市對外開放的宏觀指導和協調;制訂全市對外開放長遠規劃、相關政策和措施;督促檢查對外開放政策措施的落實，會同有關部門抓好外商投資環境治理，解決對外開放工作中出現的重大問題;落實市對外開放招商引資工作領導小組各項決議。
經濟技術協作處
負責組織、協調境内以及區域性招商引資、經濟技術協作工作，研究拟訂經濟技術協作政策;組織、指導全市重要展覽展銷;組織參加區域性經貿交流活動;協調企業對外經濟技術交流與協作，指導企業跨區域投資。
外商投資管理處
負責外商投資企業設立、變更及有關經營事項的審批、申報和享受優惠政策工作;監督檢查外商投資企業執行合同、章程和依法經營的情況;負責外商投資企業免稅進口設備申報工作;負責督導全市外商投資企業項目全程無償代理的審批工作;負責外商投資統計工作。
國外經濟合作處
拟訂促進對外經濟合作的有關政策;依法管理和監督全市對外投資、對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務;承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護相關工作;審報市内企業對外投資開辦企業(金融企業除外)、對外經濟合作企業經營資格;承擔全市對外直接投資、對外承包工程和勞務合作統計工作;審報市内企業援外項目實施資格;負責組織、協調對外援助項目和援外資金的申報工作;争取聯合國發展系統和政府間雙邊和多邊援助項目并組織實施。
市場體系建設處
負責指導、推進大宗産品批發市場和汽車等重要商品流通體系的規劃、建設監管;拟訂健全、規範流通領域市場體系的地方法規、規章和政策;負責聯系期貨市場;組織實施國家及地方财政性資金安排的市場體系建設重大投資項目;推進農村市場和農産品流通體系建設;負責組織實施農村連鎖經營，指導農産品市場建設和升級改造。
物流處
負責組織實施現代物流業發展規劃;負責全市物流體系節點的規劃布局、建設和管理;負責培育和規範物流市場，推進物流園區建設;協調重點物流項目的建設，解決物流業發展中的重大問題;組織實施物流行業招商引資，推進物流業信息化和标準化建設，引導扶持物流企業的健康發展。
商貿處
(市商貿城建設管理辦公室)。負責拟訂全市商貿城建設總體規劃和城市商業網點規劃并組織實施;規範城市大型商業項目和流通設施建設，優化流通産業結構政策，優化商業布局和結構;組織大型商業設施建設項目的聽證工作;協調、指導市轄縣級城市商業網點規劃的編制和實施工作;負責商業零售、餐飲、美容美發等商貿服務業和酒類流通的行業管理;貫徹實施國家深化流通體制改革政策，推動流通體制改革和連鎖經營、物流配送、特許經營等現代流通方式發展;負責商業利用外資項目規劃布局審核工作;做好特色商業街的創建和管理工作;指導規範社區商業發展，規範經營秩序;負責重要商品的儲備管理工作;承擔市商貿城建設管理辦公室日常工作。
特種商品管理處
負責拟訂全市成品油、拍賣、典當、租賃、舊貨流通、再生資源、報廢汽車回收、二手車交易等特殊行業的發展規劃并組織實施;會同有關部門規範市場秩序;負責行業準入的初審、上報和監督管理工作。
畜禽屠宰管理處
(市畜禽屠宰管理辦公室)。負責拟訂全市畜禽屠宰行業發展規劃、法規、政策并組織實施;負責全市畜禽定點屠宰管理;負責全市依法監督、檢查畜禽屠宰企業生産經營活動;協調有關部門對畜禽産品市場進行監管，打擊私屠亂宰等違法行為，對管理工作中的重大事項進行督辦;負責畜禽屠宰加工冷藏業的行業管理;組織生豬及其産品的儲備;承擔市畜禽屠宰管理領導小組辦公室的日常工作。
信訪處
(企業改制處)。負責局系統的信訪工作;協調解決局屬國有企業改制中的重大問題;協調指導局屬國有企業改制、破産、兼并、重組，推動現代企業制度建設。
市場秩序處
負責牽頭協調全市市場經濟秩序整頓和規範工作;推動商務領域信用建設,指導商業信用銷售,建立市場誠信公共服務平台;受理擾亂市場秩序行為以及侵犯知識産權行為的舉報投訴,參與組織打擊侵犯知識産權、商業欺詐;協調指導全市流通領域市場監管等工作。
機關黨委
負責局機關的黨群工作。
離退休幹部工作處。負責機關離退休幹部工作，指導局屬單位的離退休幹部工作。
機構職責
(一)貫徹落實國家有關國内外貿易和國際、國内經濟合作方面的法律、法規和方針、政策,拟訂我市有關地方性法規、規章草案和政策。
(二)研究拟訂全市招商引資中長期規劃并組織實施，統籌全市招商引資工作，組織開展對外招商和項目推進工作；推動全市外資、外貿、外經工作的協同發展。
(三)貫徹落實國家、省對外開放的發展戰略和方針、政策，負責全市對外開放的宏觀指導和組織協調，拟訂全市對外開放長遠規劃、相關政策措施；研究推進開放帶動主戰略實施的長效機制；督促檢查對外開放政策措施的落實情況，協調解決對外開放工作中出現的重大問題。
(四)負責限額以下鼓勵類、允許類外商投資企業的設立、變更及終止事項的審批工作和限額以上及限制類外商投資企業設立、變更事項的初審、上報工作。
(五)拟訂全市對外貿易中長期發展規劃、年度計劃并組織實施;統籌全市對外貿易工作,服務和培育對外貿易企業，依法對進出口商品配額、許可證進行申報和管理；拟訂并組織實施進出口機電産品招标規則和管理辦法;組織實施國家、省下達的關系國計民生和大衆的重要工業品、原材料及重要農産品進出口計劃;指導和協調加工貿易業務。
(六)推進全市科技興貿戰略；負責服務貿易和承接服務外包産業轉移的招商及項目促進工作；推進進出口貿易标準化體系建設；依法監督技術引進、設備進口、國家限制出口的技術和引進技術的出口與再出口工作；依法頒布與防擴散相關的出口許可證。
(七)拟訂我市促進對外投資和經濟合作的有關政策并組織實施；依法監督和管理全市對外投資、對外承包工程、對外勞務等對外投資和經濟合作業務；負責外派勞務和境外就業人員的權益保護工作；負責全市境外投資的管理和促進工作。
(八)拟訂并組織實施全市流通領域市場體系的總體規劃；拟訂流通領域市場體系的地方法規、規章和政策；組織實施國家及地方财政性資金安排的市場體系建設重大投資項目。
(九)組織實施全市物流業發展規劃;研究拟訂加快物流業發展政策；負責全市物流體系節點的規劃布局、建設和管理；培育和引進大型物流企業，推進物流體系認證，協調重點物流項目建設。
(十)拟訂全市商貿城建設總體規劃和城市商業網點規劃并組織實施；研究拟訂規範市場秩序、繁榮市場消費政策;組織大型商業設施建設項目的聽證工作，協調解決建設中的有關問題；負責全市生活必需品的儲備管理工作。
(十一)負責整頓和規範市場經濟秩序；依法對成品油、拍賣、典當、舊貨流通、租賃、再生資源、報廢汽車回收拆解、二手車交易等特殊流通行業進行監督管理；負責拟訂促進酒類流通發展規劃和政策;；負責研究拟訂全市藥品流通行業發展規劃、政策和相關标準，推進藥品流通行業結構調整，指導藥品流通企業改革；會同有關部門加強流通領域商品質量、計量和标準的監督檢查；負責全市商務執法工作。
(十二)負責全市涉及世界貿易組織相關事務的研究、指導和服務工作;負責産業損害調查等涉及進出口公平貿易的相關工作；建立公平貿易、産業損害預警機制；依法承擔反壟斷相關工作；指導協調我市出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；負責外國非企業經濟組織在鄭常駐代表機構的初審、上報及管理工作。
(十三)研究拟訂會展經濟發展政策和規劃;組織申報、統籌指導并規範管理以鄭州市名義在境内外舉辦的博覽會、展銷會、交易會和國際性會議等大型經貿交流活動。
(十四)負責國内經濟技術合作和區域性經貿交流活動，負責境内招商引資及統計工作。
(十五)拟訂并組織實施全市電子商務發展規劃和政策措施，大力拓展和深化電子商務應用；負責電子商務行業管理，規範電子商務經營行為和流通秩序；推動跨境電子商務相關工作。
(十六)做好已取消行政審批事項的服務和監管工作。
(十七)承辦市政府交辦的其他事項。
