概況
日本國内共有764所大學（學曆對應于中國870餘所本科大學）及衆多專門學校（學曆對應中國大專、專科院校）。由于中國政府不承認日本的專門學校，所以大多數赴日留學生會選擇進入日本的大學學習。
中國國内有“雙一流”建設高校。日本政府也制定有對應于中國“雙一流”建設的高校發展計劃，如日本文部科學省在2014年開始主導的超級國際化大學計劃（37所高校），2017年開始設立的指定國立大學（迄2018年，6所高校）等。日本政府的目的旨在建立日本國内乃至世界性的超一流大學。
世界排名
軟科世界大學學術排名（ARWU）、泰晤士高等教育世界大學排名、QS世界大學排名、U.S.News世界大學排名等許多國際權威大學排名機構，均提供日本大學在世界排名中的情況。
軟科
參考2018軟科世界大學學術排名（ARWU），全球排名500位以内的日本國内高校為：
THE
參考2019泰晤士高等教育世界大學排名，日本國内前20名的高校為：
QS
參考2019QS世界大學排名，全球排名200位以内的日本國内高校為：
U.S.News
參考2019U.S.News世界大學排名，日本國内前15名的高校為：
日本排名
日本民間存在多種類型的日本大學排名，因其權威性和可靠性值得質疑，故不詳細列舉。目前，負責泰晤士高等教育世界大學排名的英國機構泰晤士高等教育，提供泰晤士高等教育日本大學排名。2019年度，日本國内所有大學的綜合排名為（僅列舉前20位，完整列表見參考資料）：
1京都大學，2東京大學，3東北大學，4九州大學，5名古屋大學，5北海道大學，7東京工業大學，8大阪大學，9築波大學，10國際教養大學，11國際基督教大學，12廣島大學，13早稻田大學，14慶應義塾大學，15一橋大學，16神戶大學，17上智大學，18金澤大學，19千葉大學，20東京外國語大學。
高校項目
（1）日本“超級國際化大學”計劃
超級國際化大學計劃（スーパーグローバル大學創成支援事業）由日本文部科學省于2014年提出，是日本政府為了推進國内頂尖大學向國際化進軍的資金資助計劃。最終目标是鼓勵日本國内頂尖大學進行改革，創造出有利于國際競争力的教育環境和國際化人才。該計劃類似于中國的“雙一流”建設。總計有37所大學入選該計劃。
超級國際化大學計劃包含兩類高校：A類（頂尖型）大學以進入世界排名前100位、造就國際領先的教育、研究水平為目标；B類（國際化牽引型）大學以引進和實施新的教育體制，推動日本社會的國際化為目标。
需要注意的是，超級國際化大學計劃（スーパーグローバル大學創成支援）和牽引國際化人才大學計劃（経済社會の発展を牽引するグローバル人材育成支援），是日本學術振興會主導的兩個獨立無關的項目。截止2019年，超級國際化大學計劃仍在實施中，而牽引國際化人才大學計劃已于2016年（平成28年）終止。最初參與牽引國際化人才大學計劃的42所高校中，有19所高校同時入選了超級國際化大學計劃。這19所高校沒有參加牽引國際化人才大學計劃最終的事後評審。
超級國際化大學計劃的A類（頂尖型）大學有13所，包括東京大學，京都大學，北海道大學，東北大學，築波大學，東京醫科齒科大學，東京工業大學，名古屋大學，大阪大學，廣島大學，九州大學，慶應義塾大學，早稻田大學。
超級國際化大學計劃B類（國際化牽引型）大學有24所，包括千葉大學，東京外國語大學，東京藝術大學，長岡技術科學大學，金澤大學，豐橋技術科學大學，京都工藝纖維大學，奈良先端科學技術大學院大學，岡山大學，熊本大學，國際教養大學，會津大學，國際基督教大學，芝浦工業大學，上智大學，東洋大學，法政大學，明治大學，立教大學，創價大學，國際大學，立命館大學，關西學院大學，立命館亞洲太平洋大學。
（2）指定國立大學
指定國立大學（Designated National University），是日本政府為了進一步提高科研水平和創新能力，從2016年（平成28年）開始執行的科教政策。日本政府在國立大學中，評選出具有世界最高水平的教育科研能力的成員，并命名為指定國立大學。日本政府在科研經費等許多政策法規上，對指定國立大學予以特殊支持。同時指定國立大學在管理運營、财政基礎等方面将享有更大的自主權。迄2018年，日本文部科學省認定的指定國立大學有6所：東京大學、東北大學、京都大學、名古屋大學、東京工業大學和大阪大學。
（3）日本G30大學（項目已停止）
日本G30，又稱Global 30、留學生30萬人計劃或G30，是指日本文部科學省于2009年開展的英文授課項目。參與該項目的13所日本一流大學有東京大學，京都大學，早稻田大學，大阪大學，九州大學，名古屋大學，東北大學，築波大學，上智大學，明治大學，立命館大學，同志社大學，慶應義塾大學。
高校聯盟
國内高校聯盟
日本各大學組成了各種高校聯盟，其中也有類似于中國的C9聯盟。如學術研究懇談會（RU11）、八大學工學系聯合會、超級國際化大學計劃、指定國立大學、日本G30等。這些聯盟組織能反應出日本各大學的學術能力與社會地位。
（1）學術研究懇談會（RU11）
學術研究懇談會（RU11），是日本的一個頂尖大學間設立的學會，由11所專注于科學研究和培養高水平人才，并正在世界參與激烈學術競争的日本頂尖國立、私立研究型大學組成。
2009年（平成21年），該學會由東京大學、京都大學、慶應義塾大學、早稻田大學、大阪大學、東北大學、名古屋大學、北海道大學、九州大學共同創立。2010年（平成22年），築波大學和東京工業大學也先後加入了該學會，形成了由這11所日本頂尖高校組成的學會。
（2）八大學工學系聯合會
八大學工學系聯合會（Eight-University Engineering Association），是由日本國内在工學和工程技術方面頂尖的八所著名高校（七所舊帝國大學+東京工業大學）組成的校際間學會。其以促進工學學科的教育交流和科研活動為目的，具有悠久的曆史。成員包括北海道大學、東北大學、東京大學、東京工業大學、名古屋大學、京都大學、大阪大學和九州大學。
國際高校聯盟
（1）環太平洋大學聯盟
環太平洋大學聯盟（Association of Pacific Rim Universities），簡稱APRU，是由環太平洋地區各國頂級大學組成的聯合學術組織。聯盟目前共有51所會員學校。其中，中國大陸共有8所會員大學（複旦大學、南京大學、北京大學、上海交通大學、清華大學、中國科學院大學、中國科學技術大學和浙江大學）。參與該聯盟的7所日本會員大學為名古屋大學、慶應義塾大學、早稻田大學、大阪大學、東北大學。
（2）東亞研究型大學協會
東亞研究型大學協會，是東亞地區中國（大陸、香港、台灣）、日本、韓國的一流研究型大學組成的高校聯盟。參與該協會的日本高校成員包括：京都大學、大阪大學、東北大學、東京工業大學、東京大學、築波大學。
