認定
(一)區分本罪與非罪的界限
區分本罪與國家工作人員工作失誤的界限。如果行為人主觀上不是明知，而是出于其業務知識、經驗不足，或者是調查研究不夠充分，工作作風不夠深入，思想方法簡單片面造成認識偏頗而發生的錯誤行為，即使造成一定危害後果的，一般也不構成犯罪，如果情節嚴重或者造成重大後果而構成其他犯罪的，應以其他相應犯罪論處。
(二)區分本罪與徇私枉法罪的界限
兩罪都是特殊主體，都表現為徇私枉法，都侵犯了國家機關的正常活動。但兩罪之間的區别是明顯的:
（1）主體不同。本罪的主體是行政執法人員;後罪的主體是司法工作人員。
（2）客觀行為不同。本罪是利用行政執法的職權，對依法應當移交司法機關追究刑事責任的不移交的行為;後罪則表現為利用司法職權，違背事實和法律，作刑事枉法追訴或者枉法裁判的行為。
（3）本罪侵犯的直接客體是行政機關的行政管理、行政執法活動;後罪侵犯的直接客體是司法機關的正常活動。
(三)區分本罪與包庇罪的界限
其區别在于:
1、犯罪主體不同。本罪的犯罪主體是特殊主體，即必須是行政執法人員才能構成;包庇罪由一般主體即可構成，
2、客觀方面不同。本罪必須是利用職務之便或違背職責實施的行為才構成；而包庇罪不必利用職務之便即可構成。
處罰
犯本罪的，處三年以下有期徒刑或者拘役;造成嚴重後果的處三年以上七年以下有期徒刑。
對主體的理解
徇私舞弊不移交刑事案件罪的犯罪主體系行政執法人員，所謂行政執法人員，應指具有行政處罰權和行政監察權等行政執法權的行政機關中從事公務的人員，具體包括工商、稅務、海關、衛生、環保、審計、财政、技術監督等較易理解的行政執法人員。
我們必須把它與司法工作人員嚴格區分開來，否則勢必造成對一些渎職犯罪的定性不準。那麼何謂司法工作人員呢？
我國《刑法》第九十四條明确規定：司法工作人員是指有偵查、檢察、審判、監管職責的工作人員。
僅從表述上看，似乎很容易與行政執法工作人員加以區别。但在司法實踐中，當公安機關工作人員渎職犯罪時，卻很容易因對犯罪主體的認識錯誤而導緻定性錯誤。
立案标準
根據最高人民檢察院《關于渎職侵權犯罪案件立案标準的規定》（高檢發釋字〔2006〕2号），徇私舞弊不移交刑事案件，涉嫌下列情形之一的，應予立案：nn1.對依法可能判處3年以上有期徒刑、無期徒刑、死刑的犯罪案件不移交的；nn2.不移交刑事案件涉及3人次以上的；nn3.司法機關提出意見後，無正當理由仍然不予移交的；nn4.以罰代刑，放縱犯罪嫌疑人，緻使犯罪嫌疑人繼續進行違法犯罪活動的；nn5.行政執法部門主管領導阻止移交的；nn6.隐瞞、毀滅證據，僞造材料，改變刑事案件性質的；nn7.直接負責的主管人員和其他直接責任人員為牟取本單位私利而不移交刑事案件，情節嚴重的；nn8.其他情節嚴重的情形。
