上部
自從魔晶島的曆險之後兩年，小星和阿左等人都回到了現代的地球，在阿左居住的城市中平靜的生活着另一方面，小星和阿左的老朋友阿爾法博士在小星所帶來的火星科技的啟發下，研制出了一台名叫火焰戰士的巨大機器人，用以保護地球，對抗未來有可能到來的外星人入侵。
機器人
在了阿左和小星居住的城鎮上中大肆破壞，人類對這個怪物束手無策。火焰戰士出擊迎戰，然而就在火焰戰士即将取勝的瞬間，突然因為不明原因癱瘓。為了救小星，阿左受傷暈倒。眼看阿左要遭遇不測，小星勇敢地沖了上去與火焰戰士合為一體。經過一番奮戰，火焰戰士擊敗了來犯的機器人。興奮不已的小星原本打算把自己駕駛火焰戰士的消息告訴阿左，但是為了保護阿左不會因此受到傷害，小星答應博士對所有人保守有關他和火焰戰士的一切秘密，包括對阿左在内。
阿左
在不明真相的情況下嘲笑小星是膽小鬼，但是卻對火焰戰士崇拜至極。受了委屈的小星心中無比矛盾，幾次話已經到了嘴邊，但想起博士對他的囑托，還是把秘密藏在心裡。邪惡的機器人接二連三的進犯阿左和小星居住的城市，小星也秘密地駕駛着火焰戰士一次次地将入侵的怪物機器人打退。而不知情的阿左卻把火焰戰士當成英雄來崇拜，更加讓小星感到無所适從。一方面要保護阿左居住的城市，另一方面卻不得不隐藏自己駕駛火焰戰士的秘密，小星的心理承受着雙重的壓力。
魔力水晶
——億萬年前來到地球的魔力水晶在漫長的歲月中已經融入了地球并成為了維系地球生命的源泉。而在阿左他們居住的這座城市的地下，正是遠古時代的魔晶島。如果儲藏在地下的魔力水晶被魔狼一夥奪走，地球就會因為能量的流失而變成一顆荒蕪的死亡行星。明白了這一切的小星和阿左感受到了自己肩頭的重擔。
當小星等人費盡辛苦終于攻進魔狼在地球上基地後才發現，原來在地球上指揮軍團戰鬥的其實并非魔狼本人，而是他安排在地球上的替身。真正的魔狼正潛伏在地球的衛星軌道上策劃着一起足以毀滅全人類的陰謀。巨大的隕石向着地球直沖過來，小星毅然決然地駕駛着火焰戰士擋在了隕石和地球之間。慘烈的戰鬥之後，危機解除了，小星卻沒有回來……
下部
自從小星和魔狼在太空中的最後一戰已經過去了2個月。2個月中，小星音信全無。變得郁郁寡歡的阿左也成為了一名小學五年級的學生。同時，他也成為了火焰戰士2号的駕駛員。
一天，阿左的學校上轉來了一個沉默寡言的女孩子。這名叫艾美的女孩子似乎并不喜歡與人交往。但是她似乎對阿左卻十分感興趣，并主動與阿左接近。阿左被艾美的神秘氣質所打動，漸漸敞開了心扉，擺脫了往日的陰影。直到有一天，艾美告訴阿左——其實她的真實身份是機器人，由80年後的已經年近93歲的阿左
博士制造并派往過去，協助阿左和阿爾法博士救回小星。
2個月前的戰鬥中魔狼的晶體動力爐在爆炸時發生能量聚合反應，巨大的能量産生一個空間裂縫。這兩年間，小星一直在異位空間中漂流。為了救出小星，隻能依靠即将到來的太陽耀斑爆發時産生的巨大能量。如果一旦失敗，就隻能等待一百三十年後下次太陽耀斑再次爆發。
經過精心的準備之後，阿左和博士在千鈞一發之際利用傳輸裝置将小星救回，令人感動的重逢時刻到來了。
對曆史
93歲的阿左博士對艾美的記憶文件夾進行了加密。随着日子一天天過去，艾美的記憶文件夾被逐個解密。一天，艾美告訴阿左，新的敵人就要出現了。但是，敵人是誰？為何而來？他們身在何處？這些卻依然處于保密的範圍……
阿左和小星的身邊開始出現一些不可思議的事件，若非提前的準備和艾美在緊要關頭的幫助，阿左等人可能早已遭遇不測。而對于艾美近乎冷酷的行事風格和并不十分配合态度，阿左漸漸對她産生了一些微詞。
自從離開了魔狼之後，莫多糾集了一幫宇宙中的亡命之徒再次打上了魔晶的主意。原本，莫多打算用不引人注意的方式幹掉可能會威脅到自己的阿左和小星，但是艾美這個計算外人物的出現卻打亂了莫多的計劃，使得他不得不硬着頭皮從正面對阿左等人發動進攻。大戰爆發，城市變成戰場。
交戰之後，小星和阿左失敗了。他們也見識到了原始物質（魔晶）的強大力量——創造世界。阿左、博士、美華（珠珠）被流放到了一個個平行世界，但随後阿左被早有準備的艾美救出。
而在真實世界，莫多和手下發生矛盾，伽瑪趁機放出被莫多囚禁的小星。兩人開始各自為戰，向莫多發
動反擊。
阿左在尋找美華（珠珠）的蹤迹時不慎落入了莫多精心設下的陷阱，危在旦夕之時，艾美以自己從未來帶來的資料文件夾為代價換回了阿左。而小星和伽瑪的聯手也被莫多的手下擊敗，伽瑪被莫多流放，兩台火焰戰士全部損壞，小星和阿左失去反抗的力量，躲藏起來。
莫多對艾美的能力和她體内攜帶的未來記錄很感興趣，打算強行破解艾美的記憶，借以掌控未來，但是最後關頭，他卻發現這一切都是艾美在90歲的阿左指揮下設置的陷阱，莫多大敗……艾美為莫多開出選擇：是魚死網破，還是懸崖勒馬？
