劇情簡介
擁有用肉眼看見“菌”能力的少年澤木直保 和青梅竹馬結城螢 進入農業大學 所發生一連串的趣事，透過直保和其他人物的互動可以了解許多跟菌相關的
知識，也因為直保的特殊能力而招惹許多事情，這次的動畫中完全再現了原作裡登場的100種以上細菌，一氣呵成的熱鬧的細菌 軍團"釀"活動集結了CG技術的優勢，描繪了非常壯烈的視覺效果。2D，3D，寫實等特效，在每集動畫中的片尾都有“菌劇場”，本作清新可愛，搞笑的同時也輕松的介紹了很多科普知識，各種“菌”不僅造型超萌，而且有自己的思想，還可以說話，有的口氣還十分狂妄：“小心我釀了你！”。
今年，大學新鮮人澤木惣右衛門直保（坂口大助 配音）進入農業大學農學部，開始了全新的大學生活。其貌不揚的直保有一個天大的秘密，他能夠看見存在于空氣中的“菌”，甚至能夠徒手抓住菌以及與其對話，這樣的超能力對于農業專業的直保來說，無疑是如虎添翼，但是，麻煩也随之而來。
作為直保的親梅竹馬，直保的秘密無疑為家中經營釀酒行業的結城螢（齋賀觀月 配音）創造了不少的便利。同時，外表意外老成的學長美裡熏（小西克幸）和各方面都圓滾滾的川濱拓馬（杉山紀彰 配音）都對直保産生了濃厚的興趣。在嶄新的校園裡，直保和各式各樣的菌在一起的生活就這樣開始了。
人物簡介
澤木惣右衛門直保（沢木 惣右衛門 直保（さわき そうえもん ただやす） ）
聲優：阪口大助n
主人翁，農大農學部一年級生，種曲店（又稱做豆芽店）的次子，擁有看見“菌”的能力。能與空氣中的“菌”進行對話外，也可以徒手抓住空氣中的“菌”。n
結城螢（結城 蛍（ゆうき けい） ）
聲優：齋賀光希n
直保的青梅竹馬好友，農大農學部一年級生，是釀酒場老闆的兒子，和火落菌n
（食果糖乳杆菌、Lactobacillus fructivorans）有着深仇大恨。n
川濱拓馬（川浜 拓馬（かわはま たくま））
聲優：杉山紀彰n
農大農學部二年級生，和美裡同寝，對蟲有詳細研究。n
美裡薰（美裡 薫（みさと かおる））
聲優：小西克幸n
農大農學部二年級生，住在學校宿舍内，喜歡喝酒。n
長谷川遙（長谷川 遙（はせがわ はるか））
聲優：大原沙耶香n
樹慶藏老師的研究生，能力很強同時家裡還非常有錢，個性也非常現實，給人一種高高在上難以相處的感覺，不過和直保他們相處下來已經慢慢開始改變。n
樹慶藏（樹 慶蔵（いつき けいぞう））
聲優：西村知道n
農大的農學部教授，和直保的爺爺是舊識，受托照顧直保。n
及川葉月（及川 葉月（おいかわ はづき））
聲優：神田朱未n
農大農學部一年級生，專長除菌，潔癖非常的嚴重會随手攜帶清潔用品。n
武藤葵（武藤 葵（むとう あおい））
聲優：能登麻美子n
農大農學部三年級生，也是樹研究室唯一的讨論發表會生，外形亮麗深受農大男生們的歡迎但卻曾遇上愛情騙子。n
設定解說
第1集
米曲菌（oryzae）：廣泛應用于食品、飼料、生産曲酸、釀酒等發酵工業。
乳酸乳球菌：乳球菌的模式種，乳球菌發現于乳制品和植物産品。
德氏乳杆菌保加利亞亞種：乳杆菌的模式種。乳杆菌廣泛分布于環境，特别是動物、蔬菜和食品。
醋化醋酸杆菌：常見于腐爛的水果、蔬菜、酸果汁、醋和飲料酒中，是制造食醋的主要菌種。
嗜堿芽孢杆菌：分布于土壤、水、空氣以及動物腸道等處，最喜歡氨，公共廁所裡有不少。
納豆芽孢杆菌：用于制造納豆
釀酒酵母菌：又稱麫包酵母或者出芽酵母，傳統上用于制作面包和饅頭等食品及釀酒，在現代分子和細胞生物學中用作真核模式生物，其作用相當于原核的模式生物大腸杆菌。
紅色毛廯菌：一種人源的皮廯菌，引起常見的皮膚淺部真菌病，如手廯、足廯、頭廯等。
火落菌：會使酒混濁發臭的菌，釀酒業的天敵。
産黃青黴（chrysogenum）：廣泛分布于空氣、土壤及黴腐有機物上，是著名的青黴素生産菌。青黴素是臨床治療敏感菌感染的首選藥。
第2集
地黴菌：會使牛奶腐壞的菌。
本根黴：它能生成多種有機酸，主要是乳酸、延胡索酸、琥珀酸等，對白酒風味有重要的作用。
黑曲黴：屬半知菌亞門真菌。菌落初白色，後變黑。分生孢子頭褐黑色放射狀，分生孢子梗長短不一。頂囊球形，雙層小梗。分生孢子褐色球形。能引緻水分較高的糧食黴變。
高大毛黴：毛黴Mucorales的一種。和曲黴相似，繁殖力強。在培養基内部蔓延，生成白色或灰黑色蜘蛛絲樣的菌絲，産生黑色孢子，發育适溫35℃左右。可用于液态發酵制備果膠酶。
白色念珠菌：廣泛存在于自然界，也存在于正常人口腔、上呼吸道、腸道及陰道粘膜上。通常并不緻病，當機體抵抗力降低或有其它誘因時可引起甲床炎、甲溝炎、鵝口瘡、支氣管炎、肺炎、陰道炎、膀胱炎、内心膜炎及腦膜炎等。
鍊格孢菌：愛好塑料。經常會讓隐形眼睛模糊。
毛樣枝孢：黑黴的一種。
松茸菌：松茸菌營養豐富，具有較高的藥用價值，它的經濟價值也很高，國際市場每噸鮮松茸菌售價高達3—5萬美元。
冬蟲夏草菌：寄生于一種學術名為鱗翅目蝙蝠科昆蟲蟲草蝙蝠幼蟲上的子座或蝙蝠科其它種别昆蟲幼蟲上的子座及幼蟲屍體上，他們的複合體成為冬蟲夏草。
腐敗菌：能使食物變酸變質，産生毒素。
第3集
鼻病菌：分類上屬小RNA病毒科，現發現有144個血清型，新型還在不斷地被發現，是普通感冒最重要的病原體，約有50%的上呼吸感染是由該病毒引起。
一株戊糖片球菌：用于腌制蔬菜，韓國泡菜裡每1克就有8億個。耐鹽性很強，可以做出獨特的風格。植物乳酸菌。
嗜鹽片球菌：可在鹽化環境裡調理味增跟醬油熬制過程中的味道，植物性乳酸菌。
泡盛曲黴：将澱粉糖化的能力和檸檬酸發酵的酵力很強，能夠防治有害菌，活躍在溫暖的地方造酒。
第4集
0-157：腸管出血性大腸菌。會引起腸出血性腹瀉，約2%—7%的病人會發展成溶血性尿毒綜合征，兒童與老人最容易出現後一種情況。緻病性大腸杆菌通過污染飲水、食品、醫用水體引起疾病暴發流行，病情嚴重者，可危急生命。
第5集
粘菌：又稱變形菌，介于動物和植物之間的一種生物，其營養體能做變形蟲運動，吞食固體食物，與原生動物的變形蟲很相似。但在生殖時産生具纖維素細胞壁的孢子，這是植物的性狀。其原質團呈粘稠狀，無定形，有黃、紅、粉色、灰色等各種鮮豔的顔色。
6号酵母：又稱新政酵母，發酵力強，微香且溫和，最适合清淡的酒。于昭和10年（1935年）被日本釀造協會加入協會酵母，來源于新政造酒。
8号酵母：協會6号酵母的變種，現在已不供應，來源于日本釀造協會。
10号酵母：又稱明利小川酵母，适合低溫長期的酒醅且酸味少，具有高度纖細的吟釀香。于昭和52年（1977年）加入，來源于明利酒類。
協會酵母：由日本釀造協會公布的酵母名稱。可使沒有獨家酵母的釀酒商也可釀造出酒質很好的酒。
第6集
腸炎弧菌：1950年大阪發生了“食用子魚中毒事件”，原因在于商店賣的子魚魚幹。最終藤野恒三郎教授首次發現了這種菌。廣泛分布于海洋與鹽湖中的嗜鹽性細菌，是引起食源性疾病的主要病原之一。
El Tor型霍亂菌：于1884年發現，是霍亂弧菌的一種。能産生溶血素，具有溶血性。El Tor弧菌對外界抵抗力較強，對營養要求甚低，故可在水中存貨較長時間。
赤痢菌：兼性厭氧菌，其最适合生長的溫度為37—38℃。也是一種腸道緻病菌，會造成腸胃炎的疾病發生，大部分的病原菌都是在較暖的氣候下，由人類的糞便、動物、環境—尤其是水中分離出來。被醫學家志賀潔發現，别稱志賀氏菌。
、志賀領單胞菌：Plesiomonasshigelloides類志賀f領單胞菌。
沙門氏菌：一類能運動、無芽孢革蘭氏陰性杆菌，好氧或兼性厭氧，在許多培養基上生長良好，适溫37℃。沙門氏菌污染的飲水可導緻腸胃炎或傷寒暴發流行。其在天然水體中存活時間較短，大部分于7日内死亡，在極低溫的土壤與水體中則能存活數年。
第7集
表皮葡萄球菌：保護着人類的皮膚，靠皮膚中的油脂生存，并使皮膚呈弱酸性以阻止其他有害菌的繁衍。
類白喉菌：類白喉杆菌及表皮葡萄球菌為腋臭患者腋窩皮膚的主要菌種。
糠秕馬拉色菌：頭皮屑的原因菌。寄居于人體皮膚和毛幹的最表層。因不接觸組織細胞，很少引起宿主細胞反應。
第8集
座瘡丙酸杆菌：會分解毛孔中的油脂産生脂肪酸，是造成青春痘的主要細菌。
斷發毛廯菌：斷發毛廯菌是頭廯最主要的病原菌之一。
枯草菌：附着在幹枯腐爛掉的草上。
納豆杆菌：納豆菌是日本傳統食品納豆的主要發酵菌種，早期被命名為Bacillus natto。但累積數十年的微生物鑒定研究結果顯示其應歸類于Bacillus subtilis枯草杆菌菌種，是不産生毒素且對人體沒有病原性的安全菌株（GRAS）。
第9集
廣泛産堿菌：以腋下和指間作為攻占目标。
棉花枯萎病菌：屬鐮刀菌屬尖孢鐮刀菌種的萎焉專化型，可引發棉花枯萎病。
第10集
（無新菌）
第11集
（無新菌）
動畫音樂
片頭曲《カリキュラム》
歌：依布サラサ
作詞：依布サラサ
作曲：Anders Hellgren&davld Myhr
編曲：松田嶽二
片尾曲《Rocket》
歌：POLYSICS
作詞：Hiroyuki Hayashi
作曲：Hiroyuki Hayashi/Fumi
編曲：POLYSICS
關聯作品
原作漫畫
《農大菌物語》是由日本漫畫家石川雅之作畫的漫畫作品。作品以肉眼能夠看到菌類的主人公為中心，描繪校園裡富有個性的農大生的日常生活。
動畫系列第二季
《萌菌物語Returns》是由白組、Telecom Animation Film共同制作的電視動畫作品，于2012年7月5日播放，全11話。
真人電視劇
《農大菌物語》是岩本晶導演的電視劇作品，于2010年07月08日開播，全11話。
