概述
参与基因表达调控的因子，它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作用。编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的靶序列(基因)不在同一染色体上。反式作用因子有两个重要的功能结构域:DNA结合结构域和转录活化结构域，它们是其发挥转录调控功能的必需结构，此外还包含有连接区。反式作用因子可被诱导合成，其活性也受多种因素的调节。
结构
同一类序列特异性的反式作用因子由多基因家族所编码，它们具有特定的蛋白质结构(如上述的锌指结构、碱性亮氨酸拉链、螺旋-环-螺旋基元等)和蛋白质结构上的同源性，因而构成反式作用因子家族，如类固醇激素受体家族、AP1家族等。
主要包括：
1.DNA结合域：a.螺旋-转角-螺旋；b.锌指结构；c.亮氨酸拉链；d.螺旋-突环-螺旋。
2.转录激活域：与其他转录因子相互作用的结构成分。常见的转录激活结构域有富含谷氨酰胺结构域，富含脯氨酸结构域及酸性α螺旋结构域。
随着表观遗传学的发展，研究发现除了蛋白，DNA、RNA也有调控功能，所以现在也称反式调控元件，主要有miRNA，转录因子等。
分类
①通用转录因子。普遍存在的转录因子，具有识别启动子原件功能的基本转录因子。
②组织特异性转录因子：与基因表达的组织特异性有很大关系，能识别增强子或沉默子的转录调节因子。
③诱导性反式作用因子：活性能被特异的诱导因子所诱导，不需要通过DNA-蛋白质相互作用就参与转录调控的共调解因子。
