簡介
故事由前一部的《萌學園4時空戰役》拉開序幕，誇克族繼續與暗黑族展開一場戰争，最終萌騎士成功的守護了誇克族的家園，宇宙和平。2013年5月15日開拍，于2013年6月29日于東森幼幼台播出。
現在萌學園已歸位，重新回到地球。陶喜兒也發現了自己魔法，起初還不相信，但是通過亮晶晶的勸說，決定試一試。現在各位萌騎士也回到了萌學園，隻有艾格尼絲和帝蒂娜還沒有找到。現在各位萌騎士魔法還未恢複。
有别于以往，萌學園5的播出方法是雙集連播，也将有童星參與演出。同時，《萌學園5異界對決》在優酷，土豆等衆多視頻網站聯合播出。
現況
瑪雅身上出現駛卷使，其實是歐趴治療時出現的。蜜諾娃是精靈之鑰，萌騎士就決定将蜜諾娃藏在誇特諾，可結果還是被黑魔王發現，但是并沒有成功抓走蜜諾娃，相反卻抓走瑪雅。
另一邊，潼恩扮成蜜諾娃，帶上追蹤器，被卧底帝蒂卡抓走，但是被發現并被關入畫中，已經啟動定位儀，謎亞星、焰王和羅博高教授一起找到黑魔王的密室，成功救走陶喜兒和潼恩，卻因為黑魔王抓住瑪雅回到密室，所以帝蒂卡和帝蒂娜并沒有被救走，羅博高教授去保護她們，而謎亞星留在密室待命，将假的帝蒂娜救出，卻再被黑魔王抓住，和帝蒂卡一起被關入飄渺空間.....謎亞星已經帶帝蒂卡回到萌學院并再次成為智之星，并擁有新的魔法。
羅博高教授懷疑達諾是卧底，達諾因此非常憤怒，在25集因為被誤會之後，傑西和達諾又被艾瑞克和羅博高攻擊，傑西帶着達諾到黑魔王那裡。[原本傑西才是真正的卧底。]達諾于26集才願意和黑魔王合作。
達諾長老和傑西同意解開極光封印，同時确認帝蒂娜和瑪雅分别是誇克之鑰命定之人及極光之鑰命定之人。在萌學園歐趴等人得知輻能防護器的成分，加入去憂石後進而做出盾牌，與黑魔王正面對決，此時，極光封印被解開......(第26集)由瑪雅傳輸裡面輻能傳輸給達諾，達諾利用黑魔王鬥篷上的漏洞，把輻能傳輸給黑魔王，然後與黑魔王同歸于盡，随後瑪雅、傑西、達諾和黑魔王與極光之地一同消失。
陰森女公爵複活，控制瑪雅和傑西。奈亞公主及蜜諾娃使者圖騰消失，正式卸任。(第27集)阿琺暗黑族的身份被識破，陰森女王帶領其手下去了地球，來到了清潔溜溜（第28集）
因陰森女王說清潔溜溜很無聊，阿琺跟陰森女王說有一個地方很大又好玩，也就是誇特諾基地。之後陰森女王就聽阿琺的意見去了誇特諾基地。到了誇特諾基地後，開始亮晶晶阿姨想和她鬥争，之後因陰森女王她亂拍糖果機，後來亮晶晶阿姨就跟她說道理。阿琺就跟陰森女王說要占領誇特諾，然後戰争開始。
随後艾瑞克、潼恩、大甜甜老師也跟這來了，然後三個都被陰森女王中了枯葉印記，就控制了。但有一次，因陰森女王打到了潼恩，月之星的能量出來後被陰森女王給吸走了。因潼恩很不服氣，就搶了過來。預言書預言月之星即将誕生。随後潼恩就是新任的月之星并枯葉印記也消失了，她和艾瑞克一起回去。因大甜甜老師在潼恩和暗黑族的魔法爆炸起白煙後，阿琺抓住了大甜甜老師，所以大甜甜老師不能回去萌學園。（第29集）
