曆史沿革
1958年2月，昌吉州合作幹部學校創辦。
1959年9月，自治區人委批準轉建為新疆維吾爾自治區昌吉農業學校。
1976年5月至1978年，創辦昌吉州共産主義勞動大學。
1988年2月，新疆昌吉農業學校更名為新疆維吾爾自治區農業學校，
2000年6月，新疆維吾爾自治區人民政府批準升格為新疆農業職業技術學院。
2006年7月，自治區人民政府決定，新疆農業職業技術學院牽頭組建新疆第一産業職教園區，并任理事長單位。12月，學院入選首批28所“國家示範性高等職業院校建設計劃”。
2008年8月，自治區人民政府決定，新疆農業職業技術學院與新疆維吾爾自治區農業幹部學校合并，組建新疆農業職業技術學院（新疆農業技師培訓學院）。
2009年9月，學院國家示範性高等職業院校建設項目順利通過國家教育部、财政部驗收。
2014年7月，被教育部評為全國畢業生就業典型經驗高校。
2017年8月，學院入選為教育部第二批現代學徒制試點單位。
2019年7月，被教育部認定為國家優質專科高等職業院校。
2019年10月，通過教育部現代學徒制第二批試點單位驗收。
2019年12月，被教育部、财政部列入第三類高水平學校建設單位（C檔）。
辦學條件
院系設置
學院設有生物科技分院、園林及食品科技分院、動物科技分院、經濟貿易分院、工程分院、信息技術分院、國際合作分院等13個分院，開設有57個專業。n
師資力量
學院有教職工800餘人，其中專任教師406人。聘請來自正大公司、中糧集團、英特爾等國内外企業的專業技術骨幹430人為兼職教師。
學院有國家級教學團隊3個，自治區級教學團隊8個；國家級教學名師2人，全國教書育人楷模1人，自治區級教學名師5人，全國農業職業教育名師6人，自治區教學能手3人，自治區思想政治理論課學科帶頭人1人，自治區思想政治理論課學科骨幹教師1人。
國家級教學團隊（3個）：養牛技術課程教學團隊、果樹生産技術課程教學團隊（高俊萍）、種子生産與經營專業教學團隊（王海波）
教學建設
學院共建成國家精品資源共享課程3門、自治區級精品課程13門、院級精品課程50門，開發工學結合教材21部。有國家級重點專業8個，自治區級特色專業7個。
國家級重點專業：園藝技術、食品加工技術、種子生産與經營、畜牧獸醫
自治區級特色專業：水利工程、計算機網絡技術、農産品加工與質量檢測、動物醫學教育部支持提升專業服務産業能力重
建設專業：動物防疫與檢疫、水利工程
自治區支持高等職業學校提升專業服務能力建設項目：農業裝備應用技術
自治區畜牧廳重點支持建設專業：現代馬産業技術
自治區級精品課程：植物與植物生理、果樹栽培課程、家畜解剖與生理、植物與植物生理
隊伍建設：2020年4月，入選首批高等職業學校“雙師型”教師隊伍建設典型案例名單。
交流合作
學院面向全國19個省招生和就業。在享有國内名牌産品的大中型企業中（如“屯河集團”、“德隆集團”、“特變集團”、“華西集團”“西域集團”、“新天集團”、“泰昆集團”等）建立了廣泛而穩定的就業基地，畢業生就業率達95%以上。
多年來，我院與上述區内外知名的企業單位建立了廣泛而穩定的“産、學、研”合作關系，并簽訂了長期的辦學與用人協議，畢業生已出現供不應求的現象。
2003年學院又提出由政府牽頭、企業參與、學院實施、多方受益的辦學新模式，将徹底打通學生就業通道。
學院積極開展國際交流與合作，主動與國際教育接軌，先後接待歐、美、英及東南亞地區十九個國家的代表團和知名學者來院訪問和講學，派出30餘位領導和教師赴國外考察和進修。
2001年9月，與以色列合作，由以色列投資400萬美元雙方共同建設中以旱區農業示範中心。
學術研究
科研平台
截至2018年12月，學院設有15個研究中心。
研究中心：農機化研究所、設施農業研究所、現代馬産業研究中心、集約化畜牧研究中心、農業機械研究所、新疆特色果樹應用技術研究中心、中亞農業經濟貿易研究中心、新疆電子商務研究中心、節水技術研究中心、聯合生命科學科研中心、新疆特色農産品産地技術孵化研究中心等
科研成果
2017年，學院立項院級科研課題57項，其中科技類25項，社科類32項，重點課題共計22項，占立項課題總數的39%。全年申報農業部部門預算項目、自治區自然科學基金、自治區社科基金、自治區農業科技推廣與服務項目等校外科研項目50餘項，獲批立項省部級課題4項，地廳級課題12項，橫向課題3項，獲得經費資助共計270餘萬元。2017年學院教師公開發表學術論文180餘篇，其中核心期刊47篇，出版專著9本，申請軟件著作登記5個，申請并授權實用新型專利10個，申報國家發明專利1項，選育新品系3個。
2018年，學院與呼圖壁縣當地甜葉菊種植專業合作社共同開展甜葉菊育苗和栽培技術研究項目1項，自主培育西甜瓜、辣椒、黃瓜3個新品種，授權實用新型專利21項，推廣先進的養殖和種植技術2項，立項自治區農業科技推廣與服務項目課題3項，基層農技推廣體系改革與建設補助項目1項。
新疆維吾爾自治區第十屆哲學社會科學獎：新疆錫伯族傳統弓箭文化倫理思想及現代價值（優秀獎）
新疆維吾爾自治區第十二屆哲學社會科學獎：清代奇台地區屯墾事業的發展及影響 （三等獎）
學術資源
館藏資源
根據2021年1月學院官網信息顯示，新疆農業職業技術學院圖書館館藏圖書95萬冊，館藏紙本文獻23.5萬冊。紙質圖書以大農業類為主，兼有經濟類、社科類、建築類、計算機類、自然科學類和綜合類圖書。有“清華同方知網（北京）技術有限公司“CNKI系列全中文數據庫”（期刊、博、碩士生論文）”、萬方數據股份有限公司“成果、專利數據庫”、“數字化期刊全文數據庫”、“中國數字圖書館全中文電子圖書數據庫”和“愛迪克森視頻數據庫”等電子圖書、電子數據庫資源達到71.4餘萬冊。nn
文化傳統
學校标識
校歌
《夢起飛的地方》
瀚海漠漠，絲路悠長。數輩耕耘，卓立一方。
莘莘學子，濟濟一堂。滋蘭樹蕙，桃李芬芳。
開拓，開拓，新疆農職院，是英才輩出的地方。
拼搏，拼搏，新疆農職院，是夢起飛的地方。
天山巍巍，屯河水漾。綠洲茵茵，庭州煌煌。
崇德笃行，務實敬業。自強不息，追求卓越。
創新，創新，新疆農職院是培養高技能人才的地。
拼搏，拼搏，新疆農職院，是夢起飛的地方。
精神文化
校訓
崇德、笃行n
校徽
标志形象為三株禾苗，盡顯農業特色，亦諧音學院核心文化“和”。
《道德經》言“道生一，一生二，二生三，三生萬物”，“三”有生發之意，蘊含着無限活力；《論語》雲“三人行必有我師”。
“三”傳達的是學院人與人之間的和睦和諧。三株禾苗成交叉狀，有草木蔥茏、競相生長之勢，同時寓意各民族之間血脈相連、共同繁榮。禾苗紮根大地，寓意學院紮根新疆、建設新疆的曆史使命。
标志上方為水滴造型，營造出“潤物細無聲”的意境。雨露潤禾苗的視覺形象，體現着關懷、博愛、奉獻，既突出了學院農業特色，又是對校訓“潤德砺能，和以至善”的體現。
标志藍色部分猶如學院操場跑道，綠色部分猶如奔跑的學生，寓意學院學子立足起點、目标遠大、奮力拼搏标志整體更寓意了“十年樹木，百年樹人”的教學思想。n
學院領導
所獲榮譽
2021年7月，該校“職業教育旱區現代農業示範性虛拟仿真實訓基地 ”入選教育部職業教育示範性虛拟仿真實訓基地培育項目公示名單。
