主要劇情
玄慈方丈在該書中雖然出場次數很少，但在故事結構中扮演重要角色。
玄慈出身少林寺，熟練各類少林武功，在四十歲上見獵心喜，練成百多年來未曾有人練成的「大金剛掌」，可見玄慈是百年一遇的天才，内力純走剛猛路子。
曾聽信慕容博的讒言，擔當「帶頭大哥」，帶着丐幫幫主「劍髯」汪劍通、智光大師、趙錢孫、「萬勝刀」王維義老英雄，「地絕劍」黃山鶴雲道長、山西大同府「鐵塔」方大雄三哥和江西「杜氏三雄」等二十一人名宋朝武林高手攻擊“偷襲少林寺的契丹武士”。
豈知所謂的“契丹武士”隻不過是遼國珊軍總教頭蕭遠山，和妻子兒子一起前去嶽父嶽母家赴宴而已。蕭遠山武功卓絕，隻以一己之力就能把二十一人殺剩四人，宋朝武林高手中有人頭顱四肢橫飛，有人活生生被撕開，玄慈方丈奮力應戰蕭遠山，最後仍不敵被蕭遠山踢中穴道。
戰後隻有玄慈和汪劍通、智光和趙錢孫活了下來（智光被打飛到了樹上，趙錢孫吓暈了過去，玄慈及汪劍通被踢中穴道），蕭遠山的妻子卻不幸身亡，此役群雄的厮殺，史稱「雁門關大戰」，後來知道了情況，以為蕭遠山夫婦都已經死亡的玄慈，後悔莫及、萬念俱灰，他将蕭遠山的兒子蕭峰送到少室山下農家喬三槐夫婦處，讓他們養育蕭峰長大。
後來與葉二娘有了私情，葉二娘生下一子，被潛伏在少林寺蕭遠山奪走，放在少林寺的菜園裡，此子便是虛竹。
蕭峰在知道自己契丹身份後，決意找到當時殺害父母的人。
在菩提院與達摩院首座玄難和戒律院首座玄寂發現擅闖少林寺的丐幫幫主喬峰和假扮止清的阿朱，并立刻圍捕二人，使出「大金剛掌」阻攔，喬峰以銅鏡擋架，其掌力雖未擊中阿朱且減去十之六七，但這淩厲之極的勁力仍然使她幾乎喪命。
武林人士甯願各自死在蕭峰手下，也不肯供出當年的「帶頭大哥」是誰，直到蕭峰被騙誤殺妻子阿朱後，方才痛心罷手，不肯追究。
此後，虛竹對戰鸠摩智時，因使出逍遙派武功，雖護寺成功，但違反戒律，适時丐幫率衆上山與少林派争取武林盟主之位。
之後玄慈須行責打及廢除虛竹武功、驅逐出少林寺，而在執行杖責時，掀開虛竹僧衣，露出背上九點香疤，葉二娘因此認出親子，蕭遠山适時出現，說出虛竹乃是葉二娘、玄慈之子
蕭遠山在落崖後潛伏少林寺，并報仇搶走虛竹，使其二十四年内不知父母；而葉二娘也因此傷心欲絕，從此行惡專偷他人孩子。
事實真相大明後，因果連連相扣，玄慈與葉二娘一同自盡。
角色能力
武功
●「袈裟伏魔功」：
少林七十二絕技之一，以袈裟拂物，将身邊所有的氣流鼓動，用以傷人或者自保。
●「般若掌」：
少林七十二絕技之一，同時也是佛門最精奧的掌法，施展出來虎虎生風，剛猛有餘，練将下去，永無窮盡，掌力越練越強，招數愈練愈純，那是學無止境。
●「大金剛掌」：
少林七十二絕技之一，寺中往往要過百年才有人煉成，極為難練，好在練功訣竅和密譜都在藏經閣中存放，所以并未失傳。
此掌法威猛異常，能夠隔空打出淩厲之極的掌力，威力不遜「降龍十八掌」。
評價
有情
在人世間難分難舍，做下種種惡行。然而，人都會做錯事，但是作為一個修煉人，對自己做錯的事是一個什麼态度，是決定着他的修煉層次的。有時候，當要一個人放下名利情時，那比要他去死還難。而玄慈方丈在天下群雄面前，認下兒子虛竹和二娘，那是真比要了他的命還難受。但是，作為修煉者，玄慈放下了自己尊貴的身份，勇敢的承認了自己的錯誤，接受寺規的制裁，不愧為少林寺一代高僧。
玄慈與神山，并稱“降龍伏虎”兩羅漢。
玄慈是本書一個關鍵角色，但戲份卻并不多，見其德高望重，智方行圓，侃侃而談，機鋒過人，确有一代高僧風範。
無情
一段對話有情不代表就真的有情。當然，在玄慈承認虛竹是自己孩子的時候，他是有情的，他終于放不開人間親情和愛情。
但是在這之前，和這之後，他是無情的。所以他才會在葉二娘懷孕後離開葉二娘，并且二十多年不和她聯系；所以他才會在受刑之後立刻自殺，不管不顧葉二娘和虛竹的感覺。除了對妻子孩子的無情，對世人朋友玄慈一樣無情。蕭遠山在大肆殺戮知情人的時候，玄慈沒有理由不知道這些事情，更沒有理由不知道這些事情的原因。但是他沒有站出來告訴蕭峰自己是帶頭大哥，沒有讓蕭峰來找自己報仇，而是放任那些自己昔日的生死之交被蕭遠山殺戮。但他所做的一切，隻為維護少林的清譽，哪怕是犧牲一切也在所不惜。
新版
在新修訂版中，上天台山找智光之前，途中還遇到五位老者和蕭峰各對一掌，其中那位遲姓老人就是「帶頭大哥」玄慈。也因此試出殺死玄苦的并非蕭峰。蕭峰出現後，玄慈曾想死在蕭峰掌下，并暗示了自己正是當年的帶頭大哥！新版可謂完善了玄慈的正面形象。
