概述
大腸菌群指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌，這些細菌在生化及血清學方面并非完全一緻，一般認為該菌群細菌可包括大腸埃希氏菌、枸椽酸杆菌、産氣克雷白氏菌和陰溝腸杆菌等。大腸菌群是作為糞便污染指标菌提出來的，主要是以該菌群的檢出情況來表示食品中有否糞便污染。
大腸菌群數的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。糞便是人類腸道排洩物，其中有健康人糞便，也有腸道患者或帶菌者的糞便，所以糞便内除一般正常細菌外，同時也會有一些腸道緻病菌存在（如沙門氏菌、志賀氏菌等），因而食品中有糞便污染，則可以推測該食品中存在着腸道緻病菌污染的可能性，潛伏着食物中毒和流行病的威脅，必須看作對人體健康具有潛在的危險性。
檢驗方法
由于大腸菌群指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關的細菌，即需氧及兼性厭氧、在37℃能分解乳糖産酸産氣的革蘭氏陰性無芽孢杆菌。因此大腸菌群的檢測一般都是按照它的定義進行。中國采用的進出口食品大腸菌群檢測方法主要有國家标準和原國家商檢局制定的行業标準。兩個标準方法在檢測程序上略有不同。
國家标準
國家标準采用三步法，即乳糖發酵試驗、分離培養和證實試驗。
乳糖發酵試驗：樣品稀釋後，選擇三個稀釋度，每個稀釋度接種三管乳糖膽鹽發酵管。36±1℃培養48±2h，觀察是否産氣。
分離培養：将産氣發酵管培養物轉種于伊紅美藍瓊脂平闆上，36±1℃培養18-24h，觀察菌落形态。
證實試驗：挑取平闆上的可疑菌落，進行革蘭氏染色觀察。同時接種乳糖發酵管36±1℃培養24±2h，觀察産氣情況。
報告：根據證實為大腸杆菌陽性的管數，查MPN最大可能數表，報告每100mL（g）大腸菌群的MPN值。具體操作參見GB4789.3—94《中華人民共和國國家标準食品衛生微生物學檢驗大腸菌群測定》
原國家商檢局制定的行業标準
原國家商檢局制定的行業标準采用美國FDA的标準方法，用于對出口食品中的大腸杆菌進行檢測。
推測試驗：樣品稀釋後，選擇三個稀釋度，每個稀釋度接種三管LST肉湯。36±1℃培養48±2h，觀察是否産氣。
證實試驗：将産氣管培養物接種煌綠乳糖膽鹽（BGLB）肉湯管中，36±1℃培養48±2h，觀察是否産氣。以BGLB産氣為陽性。查MPN表，報告1mL(g)樣品中大腸菌群的MPN值。
具體操作參見SN0169—92《中華人民共和國進出口商品檢驗行業标準出口食品中大腸菌群、糞大腸菌群和大腸杆菌檢驗方法》
檢驗常用抑菌劑
大腸菌群檢驗中常用的抑菌劑有膽鹽、十二烷基硫酸鈉、洗衣粉、煌綠、龍膽紫、孔雀綠等。抑菌劑的主要作用是抑制其他雜菌，特别是革蘭氏陽性菌的生長。
中國國家标準中乳糖膽鹽發酵管利用膽鹽作為抑菌劑，行業标準中LST肉湯利用十二烷基硫酸鈉作為抑菌劑，BGLB肉湯利用煌綠和膽鹽作為抑菌劑。
抑菌劑雖可抑制樣品中的一些雜菌，而有利于大腸菌群細菌的生長和挑選，但對大腸菌群中的某些菌株有時也産生一些抑制作用。有些抑菌劑用量甚微，稱量時稍有誤差，即可對抑菌作用産生影響，因此抑菌劑的添加應嚴格按照标準方法進行。
水質參數
作為水質參數的原因
①在人糞中大量存在，因此在為人糞所污染的水體中容易測到；
②檢驗方法比較簡便；
③對氯的抵抗力相似于緻病的腸道細菌。可以認為：消滅了大腸菌群，緻病腸道細菌也已消滅，水可供飲用。
水質檢驗
①發酵法。以不同量水樣接種于規定數目的含有不同量标準培養基的發酵管中，在37℃經24h培養後，如發酵管産酸産氣、顯微鏡檢驗又為革蘭氏陰性無芽孢杆菌，則為陽性反應。根據培養和陽性的發酵管數目，按統計學原理即可得出大腸菌群數（每升或每100mL中的個數）。
②濾膜法。水樣通過濾膜過濾，因膜的孔徑很小，大腸菌群截留在膜上。将濾膜移到遠藤氏培養基上，在37℃經24h培養後直接數典型菌落數，即得結果。由于濾膜要具有标準的孔徑，以及操作上所需的技術要求較難掌握，濾膜法的使用還不普遍。兩種方法所得結果不可比較。
1976年中國頒布的生活飲用水水質标準規定，每升水中大腸菌群不超過3個。
作用
第一點，屏障功能，簡單的從字面來理解，就是一種保護性功能。腸道内的菌群可以與大腸黏膜，非常緊密的結合在一起，構成一個天然的腸道生物屏障，可以将一些緻病菌和毒素病毒局限于腸腔，避免通過血液進入機體，産生炎症反應。
第二點，可以發揮免疫調節的功能，簡單的說就是可以增加人體的抵抗力，讓機體做到少生病，少吃藥。
第三點，可以發揮代謝和營養的功能，大腸的菌群可以參與到腸道的膽鹽吸收，進而會影響到肝髒内膽固醇的代謝，而膽固醇如果代謝不好，人體就會發生脂肪肝，這是最常見的一個例子。同時，這些菌群還可以參與到多種維生素和微量元素的合成、吸收當中。
