早年經曆
家中孩子除他外還有一個異卵的雙胞胎哥哥（藤木真人）。因為父親工作調動的關系，5歲時全家搬到神戶，之後又搬到橫濱，最後在千葉縣佐倉市定居。高二時受到BOWY樂團布袋寅泰的影響，與同學組成樂團，開始玩音樂。同年被選為校草“佐倉先生”。
1992年，藤木直人在千葉縣立佐倉高中畢業後複讀一年，考入日本早稻田大學理工學部。主修情報工學。
1993年，藤木直人參加了《MEN’SNON-NO》雜志的征選活動，雖然活動不幸落選，不過卻被一家唱片公司看中，後将他引薦給CUBEGroup這家經紀公司。
1997年藤木完成了大學的學業，以優異的成績畢業。
個人簡介
人物個性
溫文有禮處事謙虛，腼腆害羞，容易緊張，略為内向。脾氣極好待人溫柔，很有包容力，為出節目去西班牙時，當地一個司機載過他之後就不願意再載其它工作人員，同事說幾年來從未見他生氣（因為脾氣好顔好還三高結果被一起主持節目的上田晉也說他完美得像個怪胎）。
工作努力愛死撐的同時，生活方式較閑散不拘小節。看待事物灑脫，但原則方面很固執。開車時被人說拿起駕駛方向盤就會變一個人，雖然是安全駕駛型，但看到人違反交通規則或超車時會很生氣（終于生氣了……）。喜歡看書看紀錄片（雖然是個演員但在出道前卻沒怎麼看過電視劇，電影也是看歐美的比較多，所以演技比較内斂深沉不太像日式一般的張揚風格），好奇心強有求知欲。處事低調，愛笑少言。
有點恐高症，曾表示對高處不拿手，但為了女友會克服這點。私下裡有點愛撒嬌，對家人和私事保護嚴密。小事情上經常脫線天然呆，有去銀行走錯門，去釣魚結果釣到别人的鈎的經曆。對感情很專一，但卻是被動型不擅表白，曾暗戀女生卻不好意思告白結果等鼓起勇氣後卻發現對方在一個月前交了男友。高中時在電車上被人告白，雖然朋友都覺得對方不适合他但他還是同意交往，後來因為女方過于外向愛玩，兩人性格不合，大學時女方去了國外與他分手。
年輕時因為處在個性外向體育優秀擅長交際的哥哥之下，因而比較自卑内向認生，在社交方面有點障礙，小時候甚至害羞到不敢和外婆打電話。但因為總被周圍人拿來和哥哥對比，所以也養成了不服輸好強的個性。早年内向老實且不擅長體育，因而不受女生歡迎，有過從未在情人節收到巧克力的“悲慘曆史”。
高中時開始沉迷音樂并開始學習吉它，加上跟哥哥入讀不同高中學習的文理專業也不一樣，于是受哥哥的影響減少，性格也開始變得開朗，于高二被選為校草“佐倉先生”，大學時因容貌出衆成為附近各校學生口中的話題人物。因為外型氣質很精英，所以總被其它人認為是萬能型并常被高标準要求，時常因此困擾，實質是默默努力型，并且不希望别人因為一兩個角色就給自己貼上标簽。
婚姻狀況
已婚（大學畢業時與小6歲的學妹在聯誼會上結識，交往9年後于05年12月27日入籍低調成婚，并為了不搶當時正在拍攝的《小早川伸木之戀》的風頭在電視劇發表會之後才宣布婚訊。
（2006年12月中旬第一個孩子誕生，2010年5月第二個孩子出生。）
演藝經曆
1997年，藤木直人主演了許多深夜時段的戲劇節目，開始讓他受到各方的注目。
1998年，他在大河日劇《德川慶喜》中飾演德川慶喜的心腹侍者村田幸三郎一角，從而邁出了他電視劇表演之路的第一步。7月份在反町隆史主演的日劇《麻辣教師GTO》中藤木徹底改頭換面，塑造了一個玩世不恭、調皮搗蛋的問題學生冴島龍二。
在電視劇《你以為你是誰》中藤木飾演了一個外在優秀，實則非常惹人厭的男子高衫真紀。
1999年7月，藤木直人終于交出了他在音樂事業上的第一張成績單——發行了他的首張單曲《世界盡頭~theendoftheworld》并展開校園演唱的巡回演出；2000年2月，舉辦了個人首場巡回演唱會。
2000年8月日劇《喪服之約》在日本NHK電視台播放，這是由藤木直人擔當主演的第一部連續劇。在劇中，藤木飾演了一位一心想為女友複仇的男子。對于從未出演過大反派的藤木來說這是一個挑戰。
2001年4月出演了富士月九《戀愛革命》。
劇中藤木飾演的須賀英一郎以玩世不恭的态度在愛情漩渦中恣意遊走。之後便一連串接下多部戲劇的演出，也創下連續擔綱演出4季日劇的紀錄。
10月在富士台日劇《西洋古董洋果子店》中飾演了天才蛋糕師傅小野裕介。
2002年出演日劇《初體驗》，憑此劇獲得第32回日劇學院賞最佳男配角。
2003年主演了TBS電視台新版《高校教師》。11月8日主演的電影《G@me》上映，憑借該片獲得了第27屆日本電影奧斯卡獎新人獎。
2004年主演了根據日本暢銷小說《解夏》改編的富士台月九劇《給深愛的你》，飾演即将失明的攝影師安昙俊介。
2005年作為特别演出的藤木直人出演了當年的熱門劇《一公升的眼淚》，飾演了女主人公的主治醫生水野宏。2005年4月開始擔任日本NTV談話類節目《灑落主義》的主持人。
2006年初，與相戀9年的女友新婚不久的藤木直人一改以往溫柔精英形象，擔綱主演喜劇《辣妹掌門人》，片尾曲更是采用了他發售的新單碟《Hey！Friends》做主打歌曲，7月進行了自己第十次的巡回演唱會。
2007年夏天的《螢之光》，藤木直人所飾演的高野誠一部長得到了很多日劇迷們的喜愛，被觀衆昵稱為“不囧”（同日文發音“部長”的意思）。
2008年踏上了第一個舞台劇《冬之絵空》的舞台。
2009年，藤木直人迎來了歌手方面的10周年紀念。5月13日發行了單曲《CRIMEOFLOVE》，6月10日發行了新專輯《∞Octave》，對音樂一直很執着的他也非常感謝粉絲對他的厚愛。
6月12日開始了全日本巡演“NaohitoFujikiLiveTourver9.0～10COUNTTOUR～”。
而同年在演員方面，更是4月的春天擔任兩部不同電視台制作的連載電視劇的主演。在朝日電視台制作的紀念松本清張誕辰100周年特别劇《夜光的階梯》中，他颠複以往好男人形象，飾演了利用周遭女性攀上事業頂峰得野心美容師——佐山道夫。
在日本電視台4月初開播的深夜喜劇《面探型男》中，挑戰從面店店員變成偵探搞怪的角色。
2010年，1月與榮倉奈奈等合作富士台日劇《決定不哭的日子》，7月與绫濑遙合作劇集《螢之光2》。
2011年，與松下奈緒合作《CONTROL犯罪心理搜查》，飾演天才心理學者南雲準。
4月參演富士電視台春季月九劇《請一定要幸福》。
10月與深田恭子時隔12年再度合作TBS電視台日劇《專業主婦偵探》。
2012年，1月參演NHK大河劇《平清盛》。
6月9日與绫濑遙主演的電影版《螢之光》上映。
7月4日藤木直人推出專輯《forty》來紀念自己即将到來的40歲生日。除了發布專輯，在自己生日7月19日當天，藤木直人還在琦玉拉開自己《NaohitoFujikiLiveTourver10.0～不惑INROCK’N’ROLL!!～》巡回演唱會的序幕。
10月與木村拓哉合作富士台月九劇《PRICELESS》。
2013年，藤木直人出道17年首次挑戰配音工作，在1月上映的動畫電影《HUNTER×HUNTER绯色的幻影》中為大反派面影配音。
3月與宮澤理惠主演NHK劇《神之船》。
4月主演春季日劇《最後的灰姑娘》，該劇創下了民放台日劇新紀錄。收視率連續七集持續上升。播出的最終回收視率17.8%，瞬間最高收視20.9%。
10月與米倉涼子主演日劇《Doctor-X》第2季中飾演一個利用一切手段“向上爬”的冷酷的外科醫近藤忍。該劇創下當季日劇的最高紀錄—26.9%。瞬間最高收視達31.4%。全話的平均收視23.0%，排在2008年至2013年的民放劇的第三位。
2014年，10月與永作博美合作NHK劇《與自己告别》。
同月參演富士電視台開局55周年紀念電視劇《信長協奏曲》，飾演天才軍師竹中半兵衛。
2015年，4月參演了富士台日劇《内心波折》。
同年藤木直人迎來出道20周年，7月15日發售迷你專輯《1989》。專輯名《1989》表達了他的心聲：“無法忘記1989年初次接觸吉他的心情”。
人物評價
藤木直人身上所散發出來的男人魅力，遠不是時下年輕俊俏的男明星所能媲美的。（新浪娛樂評）
《螢之光》打開了一扇叫做藤木直人的門。藤木直人飾演男主角高野誠一，以毒舌、溫柔、睿智、寬容的形象深入人心。
溫柔，是藤木直人最具殺傷力的利器。藤木直人式的溫柔，很大程度上是理性使然。早稻田大學理工部出身，頭腦沒話說，是明晰的理性派。巨蟹座的性格又給這份理性增加了平衡感，不是盛氣淩人、好為人師，而是愛好安靜，心境平和。（新民晚報評）
