處罰
處罰犯本罪的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑；緻人重傷、死亡或者使航空器遭受嚴重破壞的，處死刑。n
對于劫持航空器的犯罪分子，本條設置了2個量刑檔次，即分别情節一般和情節特别嚴重不同情況予以分别處罰：
其一，情節一般的，處10年以上有期徒刑或者無期徒刑；其二，緻人重傷、死亡或者使航空器遭受嚴重破壞或者情節特别嚴重的，處死刑。n
從本條規定可以看出，對劫持航空器罪的處罰總體上體現了重罰精神，具體說主要體現在兩個方面：n
（一）是将最低刑期規定為10年，也就是說隻要實施了劫持航空器的行為，無論是否造成後果，最低都将被判處10年有期徒刑（除了具有刑法總則規定的減輕、免除處罰情節的），這在我國的刑罰體例中是少見的。n
（二）是劫持航空器造成嚴重後果的，隻規定了死刑一個刑種，沒有絲毫的選擇餘地。我們認為，對于劫持航空器的行為予以重罰，符合罪刑相适應的基本原則，作為懲戒這種犯罪的手段和實現對犯罪後果的某種補償是十分必要的。n
需要指出的是，情節輕重是依法懲治劫持航空器犯罪分子的重要依據，認定情節輕重，應從犯罪的動機和目的，劫持的具體行為方式，所造成的危害後果等方面進行全面的分析認定。應處死刑的劫持航空器行為，除了緻人重傷、死亡或者使航空器遭受嚴重破壞的以外，還有情節特别嚴重的。所謂情節特别嚴重，主要是指雖未造成緻人重傷，死亡或者使航空器遭受嚴重破壞的後果，但犯罪手段惡劣，造成特别嚴重的政治影響或造成其他重大損失的等等，如以暴力或暴力威脅拒捕的；在航空器處于危險的狀況下，仍強迫飛行、拒絕迫降的；降落于非預定的降落地，羁留航空器上的人員，以待回贖或讓其做違反其意志的服務，使航空器改變飛行計劃的；意圖毀棄或損壞航空器或其所裝載的設備而使用炸藥或縱火器具，并引起爆炸或火災的等等。
認定
（一）劫持航空器罪的既遂與未遂
區分本罪的既遂與未遂，關鍵的是合理确定區分标準。關于這個問題，刑法學界存在着以下不同意見：
1.着手說。認為劫持航空器的犯罪屬于行為犯，隻要行為人一開始着手實施劫持行為，無論該行為持續時間長短，無論把航空器劫持到哪裡，均構成劫持航空器罪的既遂。隻有在特殊情況下，如罪犯已将犯罪工具帶入航空器内，在準備開始着手實施劫持行為就被抓獲，因而未能實施劫持行為的，才構成該罪的未遂。
2.目的說。認為犯罪人劫持航空器的目的一般是要外逃，因此，行為人在着手實施劫持行為後，把航空器劫持到了他指定的地點，劫機外逃取得了成功，才算該罪的既遂；如果未能使航空器劫持到預定的降落地，就是該罪的未遂。
3.離境說。認為行為人着手實施劫持行為後，被劫持的航空器飛出了本國的領域以外，即飛出了國境線的，構成該罪的犯罪既遂；否則就是未遂。
4.控制說。認為行為人着手實施劫持行為後，已經實際控制了該航空器的，為該罪的既遂，未能控制該航空器的，為未遂。
控制說較為合理：首先，控制說的主張符合國際和國内立法的精神。《海牙公約》第1條明确規定：在飛行中的航空器内的任何人，如果用暴力或用暴力威脅，或采用任何其他恐吓方式，非法劫持或控制該航空器，或企圖采取任何這種行為，或是犯有或企圖犯有任何這種行為的人的從犯，都是犯了作為公約的對象的犯罪。依據公約規定，國際法是将劫持航空器的犯罪劃分為罪犯和嫌疑犯兩種的。而嫌疑犯是一種犯罪性質不确定的人犯，其中包括劫持航空器的預備犯和未遂犯，也包含在航空器内構成其他犯罪的罪犯，且不論是罪犯或嫌疑犯都存在着共同犯罪形式。
顯然，國際公約是以犯罪分子是否劫持或控制該航空器作為既遂與未遂标準的，而不是以犯罪分子的犯罪目的是否達到或被劫持的航空器是否飛出國境線作為标準的。本條也明确規定：以暴力、脅迫或其他方法劫持航空器的構成劫持航空器罪。因此，犯罪分子在着手實施劫持行為，并已達到非法劫持或控制該航空器的程度，就具備了犯罪構成的全部要件，應是劫持航空器罪的犯罪既遂；如果犯罪分子在着手實施劫持行為後，因其意志以外的原因未能達到非法劫持或控制該航空器的程度，就應認定為未完成犯罪而構成本罪的未遂。
其次，采用控制說為劃分既遂與未遂的标準，更能反映劫持航空器罪的本質特征。國際公約中規定的危害民用航空安全的犯罪，不僅包括非法劫持航空器的犯罪，而且包括其他危害民用航空安全的犯罪。其他危害民用航空器安全的犯罪，雖然也危及了飛行的安全，但卻不完全有其非法劫持的性質。而犯罪分子一旦實施了劫持行為，并實際控制了被劫持的航空器，就對該航空器以及旅客生命、财産安全以及公共安全造成了實際的威脅或破壞，這也正是劫持航空器罪的本質特征所在。因此，将犯罪人實際控制該航空器作為犯罪既遂的标準挺合适的。至于着手說、目的說或離境說，作為劃分本罪既遂與未遂的标準，不符合法律的規定和本罪的本質特征，因此是不可取的。
（二）本罪與其他危害民用航空安全犯罪的界限
根據有關國際公約的規定，危害民用航空安全或秩序的犯罪包括三類：
一是空中劫持罪，又稱非法劫持航空器罪、劫機罪，與我國的劫持航空器罪相同。該罪是在1963年的《東京公約》規定的犯罪。
二是危害國際民用航空安全罪。就一般意義而言，劫持本身也是一種危害民用航空安全的犯罪，但是鑒于空中劫持的嚴重性，1970年的《海牙公約》已将其規定為一種獨立的國際犯罪。所以，危害民用航空安全罪，實際上是除劫持航空器以外的其他危害國際民用航空安全的行為。
根據《蒙特利爾公約》及其議定書的規定，危害國際民用航空安全罪在客觀上包括下列犯罪行為：
1.對飛行中的航空器内的人實施可能危及航空器安全的暴力行為；
2.破壞或損壞使用中的航空器而使其不能飛行或危及其飛行安全的行為；
3.在使用中的航空器内放置具有破壞或損壞該航空器而使其無法飛行或危及飛行安全的行為；
4.破壞或損壞航行設備或妨礙其操作以至危及飛行中的航空器安全的行為；
5.在國際機場上實施足以危害民用航空安全的暴力行為；
6.傳送明知虛假的、可能危及飛行中的航空器安全的情報的行為；
7.上述行為的未遂行為；
8.教唆、共謀或幫助上述犯罪的行為。
三是妨害國際航空罪，即指除前兩類罪以外的其他破壞國際航空秩序的犯罪行為，諸如在飛行中的航空器内實施還尚不至危及到該航空器安全的暴力（謀殺行為、傷害行為、綁架、劫持人質）的行為，嚴重妨害機組人員正常活動的行為等。這類犯罪，雖然不直接危及到航空器的安全，但是也直接破壞了國際民用航空的正常秩序，因而也是一種破壞國際民用航空秩序的犯罪。
我國的劫持航空器罪與上述第一種犯罪相同，而不包括後兩類犯罪。那麼出現了後兩類犯罪行為後如何處理？我們認為，對于不是出于劫持的目的，故意或過失損壞使用中的航空器或航行設備，以緻航空器不能飛行或可能危及飛行安全的，應分别适用新刑法第116條、117條的破壞交通工具罪和破壞交通設施罪，而不宜認定為劫持航空器罪。對于出于非法占有為目的，在飛行航空器内以暴力或以暴力相威脅手段搶劫财物的，不論是否緻人重傷、死亡，因航空交通的特殊情形，都可能危及飛行安全，因此，應認定為搶劫罪，并适用法第263條第1款第2項之規定從重處罰。
（三）本罪的管轄權問題
1987年6月23日全國人大常委會通過《關于對中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行行使刑事管轄權的決定》規定：對于中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行，中華人民共和國在所承擔條約義務的範圍内，行使刑事管轄權。我國刑法第9條規定：對于中華人民共和國締結或者參加的國際條約所規定的罪行，中華人民共和國在所承擔條約義務的範圍内行使刑事管轄權的，适用本法。
我國先後加入了《東京公約》、《海牙公約》和《蒙特利爾公約》。《東京公約》的規定主要是以所謂旗幟法為依據的，也就是說，管轄權由航空器登記國行使。但《海牙公約》、《蒙特利爾公約》均規定了普遍管轄原則，要求締約國對公約規定的罪犯或起訴或引渡。
普遍管轄原則，亦稱世界主義原則，是指對于某些危及人類安全的國際犯罪，不論犯罪人國籍如何以及犯罪地何在，也不論侵犯了何國利益，世界各國均對其具有管轄權。對于劫持航空器罪，我國及其他各締約國均可以根據國際公約規定，不論犯罪行為或者犯罪結果發生在何地，也不論犯罪人國籍如何，隻要犯罪人在本國境内，就可以對其行使刑事司法管轄權，并依照本國法律予以懲治。應當強調的是，根據三個國際公約規定的原則和基本精神及我國刑法規定，凡劫持我國航空器進入他國的，我國仍對犯罪分子具有刑事司法管轄權，有關國際或地區的司法當局應根據有關國際公約的引渡條款予以配合。
所以，對于本罪的罪犯，在下列情形下，我國有權行使管轄權，
1.在我國登記的航空器内犯本罪；
2.在裡面發生犯罪的航空器，在我國領土上降落而嫌疑犯還在該航空器内；
3.在租來時不帶機組的航空器内犯有罪行而租機人在我國有主要營業地，或無主要營業地而有永久住所。
我國對罪犯實施管轄權，就應依照我國刑法的有關規定予以懲處，即根據本條規定定罪量刑。根據上述公約，即便不屬于前述的三種情形，如果犯本罪的嫌疑犯進入我國境内，我國不予引渡時，也應行使管轄權，依我國刑法的有關規定予以懲處。
