曆史沿革
229年，三國東吳時期南京港已成為“江道萬裡，通涉五洲，朝貢商旅之所往來”的通海港口。n
元代，南京港是南糧北運起運港口之一。n
明代，南京港為都城門戶港，鄭和在南京港起錨，開啟了七下西洋，是鄭和下西洋的基地港。n
近代，為帝國主義争奪控制的重點港。n
1858年，清政府和英法聯軍簽訂《天津條約》将南京定為通商口岸。n
1882年，招商局在南京下關設置了第一座輪船碼頭。n
1897年，清政府批準開南京為通商口岸。n
1912年，津浦鐵路通車後，南京港以水陸中轉為主。解放前夕，南京港區的長江兩岸還是自然土坡，碼頭簡陋零散，無統一管理機構。戰争導緻南京港設施遭到嚴重破壞，南京港基本處于癱瘓狀态。n
1954年，南京市成立了南京港務局統管了港區兩岸的有關碼頭、倉庫。n
1963年，南京市興建機械化煤碼頭”兩台翻車機”（火車皮整箱翻卸），标志着南京港步入機械化港口行列。n
1965年，南京港先後兩期工程竣工投産。n
1978年，南京市油港開業，南京港成為中國内河最大油港。n
1984年，南京市新生圩外貿港區建成，南京港成為中國内河最大的外貿港口，标志着南京港由傳統的以能源中轉為主的内河港向開放型多功能江海型主樞紐港口轉變。n
1987年，中美合資的南京國際集裝箱裝卸有限公司成立。n
1990年南京港惠甯碼頭有限公司成立，南京港成為我國内河最先進的專業化散貨裝卸港口。
2002年底，南京港商品汽車滾裝泊位正式投入使用。n
2004年3月，南京港龍潭集裝箱港區試投産 。n
2016年4月7日，南京港與宜賓港投資合作協議簽字儀式暨“宜賓—南京”集裝箱直航快班首航儀式在宜賓港舉行。n
2018年5月8日，長江南京以下12.5米深水航道二期工程試運行，對中國内外船舶開放航行
深水航道
如今長江航道10.5米的維護水深已貫通南京，可滿足3萬噸級海輪全天候通航以及5萬噸級海輪乘潮通過的要求。南京港已建和在建的重點外貿港區碼頭都按照兼顧5萬噸級水工結構來設計，并預留了航道整治後對碼頭進行升等的馀地。但受鎮江尹公洲航道制約，南京港尚未實現3萬噸級海輪全天候通航，造成大型海輪進江不能直達南京，增加了航運物流成本，影響港口深水岸線資源的高效利用以及港口綜合運輸優勢的充分發揮，制約了包括南京在内的地區經濟發展。
長江下遊12.5米深水航道上延南京的工程正在加緊準備，方案已經省交通運輸廳上報國家交通運輸部。如工程完成，第四代集裝箱船和5萬噸級海輪将全天候直達南京，7萬噸級散貨船乘潮減載能直達南京。南京港将向現代化海港邁進。南京港将真正成為江海連運的樞紐。為服務中西部做出更大貢獻。
自然條件
風況：常風向東北，年平均風速2.6米/秒，強風向西北，最大風速25米/秒，瞬時極大風速39.9米/秒。夏秋二季的熱帶氣旋（台風）對港區有一定影響。
降水：年最大降雨量1612.3毫米，年最小降雨量567.6毫米，年平均降水量1001.8毫米，年平均降雨天數120天，日降雨量大于和等于中雨的天數年平均為29.4天。
霧況：年平均霧日32天，霧日以2、4、8月居多，一般為輻射霧，持續時間不長。
氣溫：年平均氣溫15.4℃，曆史最高氣溫43℃，最低氣溫－14℃。
冰況：年平均降雪日9天，最大積雪厚度51厘米。
屬長江感潮段。曆年最高水位10.22米，最低水位1.54米，年平均水位5.31米（吳淞零點為基準）；枯水期平均潮差0.7～0.9米，洪水期平均潮差0.3～0.5米，最大潮差1.56米，最小潮差0.1米。
轄區範圍
北岸上自驷馬河河口，下至儀征泗源溝，全長 110 公裡 ；南岸上自慈湖河口，下至大道河，全長 98 公裡 。自然岸線長 208 公裡 。
性質功能
交通部、江蘇省 1995 年聯合批複的《南京港總體布局規劃》明确南京港的性質功能是：南京港地處江蘇省省會及鐵路、公路運輸主幹線與長江水運主通道的交彙處，是長江三角洲及長江沿線地區主樞紐港之一，是南京市和南京市為中心的區域經濟發展的基礎。
南京港将立足華東地區和長江流域、面向世界，成為現代化、多功能的江海型主樞紐港；并與上海國際航運中心協同發展，成為中國國家長江航運中心和國家現代物流中心。
腹地範圍
直接腹地：南京及安徽省滁州地區。
間接腹地：水陸中轉腹地：津浦線、滬甯線、甯皖贛線鐵路沿線地區。江海中轉腹地：長 江沿線的重慶市、四川省、湖南省、湖北省、江西省、安徽省、江蘇省的沿江地區。
岸線利用
根據 1995 年交通部及江蘇省聯合審批的《南京港總體布局規劃》，結合所掌握的建設項目情況，估計南京港轄區範圍内尚馀宜港岸線約 44 公裡 ，其中：深水岸線約 14 公裡 ，主要包括龍譚 7.5 公裡 ；西壩 4 公裡 ；儀征等 2.5 公裡 。
體制改革
目前南京港務管理局已實行政企分開，設立了南京市港口管理局，與市交通局合署辦公，在市交通局增設港口管理處，按照《港口法》規定，具體履行行業管理職能，南京港務管理局在分離行政職能後，整體更名 為南京港口集團公司，保留國有資産投資主體功能， 2003 年底前完成資産剝離工作，改制成為多元投資主體的有限責任公司。
助航信息
航道：長江下遊從南京到長江口為通海航道，目前龍爪岩至燕子矶航道維護水深-10.5米，寬大于200米，航道轉彎半徑遠遠大于5倍通航船舶的船長。滿載淡吃水水深-9.70米以下的海船可常年通航。因受南京長江大橋淨空高度和航道水深限制，大橋以上5000噸級船可到蕪湖，在中洪水位時可達九江、武漢；3000噸級船可到武漢、城陵矶。 港區有航行标志82處，包括過河浮标15處，船浮60處，沿岸标志7處。另外還有5組橋涵标。
錨地：共有八處，分别是梅中錨地、梅子州錨地、上元門錨地、新生圩錨地、栖霞山錨地、鳥漁州錨地、儀征錨地和聯檢錨地。
