人群起源
瓦剌【衛拉特，英文Oirat】最初居住在八河地區（葉尼塞河的八條支流地區）。人數衆多，統治若幹部落，各有自己的名稱。
唐朝時期，又稱瓦爾剌噶，太學流通，杜柯太傅多次說服瓦剌歸順唐朝，後來瓦剌與唐朝征戰多年，未征服各少數部落。他們原來居住在巴爾喀什湖東南面，包括現新疆北部、蒙古人民共和國西部以及中西伯利亞和西西伯利亞南部的廣大地區。元朝時稱斡亦剌（漢文史籍又作斡亦剌惕、外剌、外剌歹，均系蒙語oirad異譯），明朝人稱瓦剌，清代作衛拉特或衛喇特。（其一部分是額魯特）。該人群自稱是衛拉特。
元朝時開始南下，定居于阿爾泰山麓至色楞格河下遊的廣闊草原的西北部，并改狩獵經濟為畜牧經濟，兼營部分農業；後來南下，成為以準噶爾盆地為中心的天山北方的主要人群；而且一部分南進西域中部即今巴州，這是新疆巴音郭楞蒙古自治州的曆史來源之一。瓦剌曾有四大部，早期是四萬戶，簡稱“四”（蒙古語Dörben，都爾本）。
瓦剌興起之戰
曆史上蒙古高原上的民族是由兩個基本部分組成的。古代兩分為“草原百姓”和“林中百姓”（即不裡牙惕、斡亦剌惕）。到後來為東部蒙古（中央蒙古）和西部蒙古（以瓦剌為主）。“瓦剌”的意思是“森林之民”或“鄰近者”。厄魯特（蒙古語：ᠥᠭᠡᠯᠡᠳ，西裡爾字母：Өөлд）本是瓦剌的一部（厄魯特），但在清朝文獻中也用來泛指瓦剌。
瓦剌人在當時通常自稱衛拉特人而非蒙古（本部）人，在1640年9月蒙古喀爾喀部和衛拉特的領導們制定的《蒙古—衛拉特法典》條款就稱雙方為“蒙古和衛拉特”。制定這一法典的目的，在于鞏固封建主對勞動人民的統治，調整喀爾喀三部與衛拉特（厄魯特）四部之間的關系，建立共同抵禦外族勢力的同盟。
相關的是：順治三年(1646)，作為衛拉特盟主的固始汗帶領衛拉特各部首領二十二人聯名 歸順清朝。很快喀爾喀蒙古也歸順清朝。
部落構成
前期主要部落有準噶爾（綽羅斯部）、杜爾伯特、土爾扈特，15世紀初和碩特進西域加入瓦剌又做盟主，後并稱四衛拉特。還有輝特等小部。
諸部落大體是平等關系。前期魁首部落是準噶爾。明代中期或也先死後之後的某個時期開始，盟主部落是和碩特，因為其首領是蒙古黃金家族的，其它部落是依附于蒙古本部而來的蒙古族。後來準噶爾部落的噶爾丹奪取盟主地位。盟主并非汗王，隻有召集權，非集權。
元代瓦剌
當時（至少在前期）雙方都認為瓦剌人和蒙古（本部）人還是并列關系，于是斡亦剌貴族與成吉思汗系建立世代通婚關系，男尚公主，女适皇胃，可謂“世聯戚碗”，權勢顯赫。正如拉施特哀丁所指出的那樣，他們“保持相互嫁娶姑娘的關系，并成為按達—忽答”。這不僅對斡亦剌社會産生很大影響，而且也是成吉思汗家族統治策略的重要組成部分。“元朝嶺北地區的蒙古人、色目人、漢人的總數當在400萬人以上。”其他人口則分布在貝加爾湖、中亞及漠南。14世紀時，随着元朝皇室衰微，瓦剌遂乘機擴大實力，吞并諸部，積極參予各派系紛争。1414年，明成祖統兵北征西部蒙古，與瓦剌戰于忽蘭忽失溫（今蒙古國烏蘭巴托東），瓦剌敗向明朝内附稱臣。
明代瓦剌
瓦剌興起
明初對鞑靼用兵，使瓦剌首領猛可帖木兒乘時而起。明成祖朱棣即皇帝位後，即派使臣告谕瓦剌部。瓦剌諸部為同控制着汗位的東部蒙古貴族分庭抗禮，并進而稱雄于漠北，一面結好于明廷，遣使向明廷貢馬。一面又積極同東部蒙古統治集團進行鬥争。永樂六年（1408）馬哈木等遣使向明朝貢馬請封。七年，其首領馬哈木、太平、把秃孛羅分受明封為順甯王、賢義王、安樂王。三王中馬哈木勢力最強。為争奪蒙古汗位，瓦剌與鞑靼部頻繁争戰，勢力各有消長。
與明恭順
八年，明成祖北征，鞑靼勢衰，瓦剌乘機南下。十年，攻殺鞑靼的本雅失裡，進而南下攻明。十二年，明成祖北征瓦剌，直至土剌河（今蒙古人民共和國境内的圖拉河）。翌年，馬哈木等貢馬謝罪。不久馬哈木死，傳子脫懽。自此瓦剌與明交好，對仁宣非常恭順。瓦剌人也能長期在明朝居住，在漠北諸部中唯有瓦剌可以在明朝求得弓刀火铳鋼羽等物，故瓦剌是遊牧諸部中實力恢複最快的部族，為日後瓦剌實質統一漠北諸部打下基礎。還派長子也先深入東察合台汗國，與歪思汗進行多次較量，以确保西境安全。
征戰四方
法國曆史學家勒内·格魯塞的《草原帝國》：“明朝偉大的永樂皇帝所貫徹的政策，即為了打倒忽必烈家族而扶持年輕的發展中的衛拉特勢力，是在他死後才見效的。”但明宣宗放棄戰略機遇，“自仁宗不勤遠略,宣宗承之。”宣德五年瓦剌首領脫歡密遣麥克零部落迎元皇室後裔脫脫不花，宣德七年(1432)，甘肅總兵官都督劉廣奏：“初，鞑靼脫脫不花等二十餘戶既降複叛，今在鐵門關西，請發兵掩捕。”⑩奏報中沒有說明脫脫不花既降複叛的原因，但從後來事态發展來看，可能是受脫歡之邀，從鐵門關西投奔瓦剌②，宣德八年立脫脫不花為可汗，自為丞相。
宣德九年（1434），脫懽襲殺鞑靼部的阿魯台，脫歡以脫脫不花汗的名義統一安樂王、賢義王及和甯王所部，并聯姻忠順王、兀良哈三衛，逐漸侵蝕明朝邊界。
正統四年（1439）脫懽死，子也先嗣，稱太師淮王。至此，瓦剌勢力極盛。明英宗君臣志在重新振興。朱祁鎮在正統三年亦集乃之戰、正統六年豐州之戰、正統九年以克列蘇之戰、正統十四年土木之變所發動的四次大規模北伐。在第四次北伐中明英宗因情報系統失靈戰敗被俘。
土木之變
忽蘭忽失溫之戰後至也先統治初期，瓦剌與明廷關系一直是比較密切的。明正統十四年（1449）二月，蒙古族瓦剌部落首領也先欲為兒求親遣使2000餘人貢馬，詐稱3000人，向明朝政府邀賞，由于宦官王振不肯多給賞賜，堅持按實際人數給賞，同時因為發現使團企圖以次充好，貢馬質量參差不齊，因此減去馬價五分之四，沒能滿足他們的要求，之後也先使團就制造釁端。并于這年七月，統率各部，分四路大舉向内地騷擾。據蒙古史料《蒙古源流》記載：托歡太師之子額森（即也先）……遵其父遺言殺蒙郭勒津之蒙克拜。本日帶領都沁·都爾本二部落行兵于漢地。都沁·都爾本蒙語意為“四十四”，實謂四十四萬戶，按照蒙古戰時的四抽一，基本在十萬左右。明朝從諜者口中得知鞑靼瓦剌兵分四路：第一路為主力，也先帶兵九萬餘進犯大同，後來也先又于十月四日在自身部隊損失萬餘人之後又從草原調動三萬蒙古兵從順聖川對自身兵力進行補充；第二路為疑兵，脫脫不花帶兵三萬餘經古北口寇遼東，意在海西女真；第三路為伏馬，阿剌知院帶兵三萬餘（一說兩萬）經居庸關寇宣府；第四路為疑兵，骁将阿樂出進犯甘肅、鎮夷。“兵鋒甚銳，大同兵失利，塞外城堡，所至陷沒”。大同參将吳浩戰死于貓兒莊。明遣驸馬都尉井源等四将各率兵萬人禦敵。明英宗在宦官王振慫恿下率兵親征，并一再聽信王振讒言，多次贻誤戰機，也先誘明軍至大同，破其前鋒。接着，又聚軍于土木堡，殲滅明軍主力，俘明英宗以去，史稱為土木之變。同年十月，也先進圍北京，企圖迫明廷訂城下之盟。但因北京軍民英勇奮戰，也先計劃未能實現。由于傷亡慘重，加上兵士厭戰，内部矛盾重重。也先希望嫁妹與明朝和親被拒，1450年也先被迫将明英宗送還，雙方重新恢複正常通貢互市關系 。
瓦剌帝國
也先與脫脫不花一向不相睦。脫脫不花名義上雖然是汗，但實際權力卻操在也先手裡。也先自恃勢強，垂涎汗位，欲立己姊子“為太子”，脫脫不花拒之，雙方發生激烈戰争。脫脫不花初與弟阿噶多爾濟聯兵，彼此實力大緻相當，難分勝負。後因兄弟内讧，阿噶多爾濟叛投也先。脫脫不花勢孤被敗，遁入兀良哈。脫脫不花死後，也先自稱“天聖大可汗”，建号“添元”，以次子阿失帖木兒為太師，這是所謂瓦剌帝國（衛拉特帝國）。
衰落分散
鞑靼與明朝和好之後，内部矛盾開始激化。脫脫不花汗試圖擺脫傀儡地位，他不立與也先姐所生的兒子為太子，另立他子。脫脫不花汗與也先之間的矛盾激化。也先拉攏和利用脫脫不花汗弟阿噶巴爾津濟農，向他許諾打敗脫脫不花汗後讓其即位，邀其共擊脫脫不花汗。景泰二年底，脫脫不花汗率先出兵征讨也先，中途而返，也先和阿噶巴爾津濟農追擊，打敗脫脫不花汗，脫脫不花汗率數十人逃走，也先盡收其妻妾、太子及部屬。脫脫不花汗逃至兀良哈地方，被其已休前妻之父沙不丹（清代譯為徹蔔登）擒殺。也先随後誘殺阿噶巴爾津濟農，“凡故元頭目苗裔無不見殺。”
也先父子兼并瓦剌各部，加強了對西部蒙古的管理，并得到明朝的支持，從而打敗阿魯台，統一了東蒙古，實現了整個蒙古地區的短暫統一。其勢力所及，西起中亞，東接朝鮮，北連西伯利亞南端，南臨明邊，緻使“漠北東西萬裡，無敢與之抗者”，形成了空前龐大的遊牧帝國。土木堡之變一度威脅到明朝的安危，由于也先發動戰争隻是為互市貿易，一旦恢複與明朝的通貢互市，雙方很快就相安無事了。
蒙古文史籍中稱作也先汗，全稱“大元田盛（天聖）大可汗”，建年号“添元”。景泰四年十月，也先遣使向明廷告知自己即位，并緻書明朝廷說：“往者元受天命，今已得其位。盡有其國土、人民、傳國玉寶。宜順天道，遣使臣和好，庶兩家共享太平。”也先以此說明他已重建元朝，希望得到明朝的承認。也先在準備即帝位前夕時還欲以良馬、貂鼠皮、玉石等，向明廷換取“黃紫大紅織金九龍緞匹、黃紅彩緞衣服、金壺、金碗”等元朝皇帝禦用之物，作為稱帝時之用。傳國玉玺是明朝的死穴朱元璋時為了追殺掌管玉玺的故元太子，有時連大軍到手的土地都可以不要，這時也先竟然堂而皇之的寫信告訴明朝皇帝他掌握了傳國玉玺要登基成為元朝皇帝，明廷當然是拒不承認其為元朝可汗，回書中稱作瓦剌可汗。經濟學上古代蒙古高原經濟基礎撐起不一個龐大帝國特别是人口暴漲後的時期，政權建立後無不是往南發展，曆史上也證明了嶺北諸王叛亂時中書省隻要切斷嶺北與内地的聯系諸王就被迫投降。失去明朝支持的也先在内憂外患下被殺。
也先與其弟死後，瓦剌部落分散，逐漸衰落，内部事态鮮為人所知。但對外則西侵謝米列契地，并沿錫爾河洗劫了塔什幹等城；向東争奪哈密，一度攻入肅州城，以求開拓東西方通道。一部分瓦剌人則向青海、甘州等地陸續轉移。也先之後約一百五十年，哈剌忽喇興起。
哈剌忽喇與馬哈木、脫懽，也先祖孫一樣，亦出身于準噶爾部。約與其同時，還有和碩特部首領拜巴噶斯。二人先後為瓦剌四部盟主。此時瓦剌的分布地在額爾齊斯河左岸低窪地帶，其牧場地可宜達伊賽克湖，俄羅斯記載明朝向瓦剌部落收稅。清朝，瓦剌分為準噶爾（綽羅斯、厄魯特）、和碩特、土爾扈特、杜爾伯特四部（見厄魯特蒙古）。
明末清代
明末到清代，是瓦剌曆史的新時期。固始汗是衛拉特盟主，為了遠交近攻（減輕沙俄和喀爾喀蒙古的攻擊壓力），1635年遣使歸順後金，1646年他與衛拉特各首領22人聯名奉表貢，進一步歸入清朝的主權版圖。
土爾扈特部
17世紀30年代，瓦剌的一支土爾扈特部因為與準噶爾部沖突，西遷進入伏爾加河流域，在烏拉爾河與伏爾加河之間建立了著名的卡爾梅克蒙古部落。
和碩特部
17世紀30年代，和碩特部部分民衆跟着土爾扈特部西遷進入伏爾加河流域，部分留居烏魯木齊周圍和塔爾巴哈台地區，由固始汗的大哥（後由大侄子鄂齊爾圖汗）領導，幾乎同時，固始汗一支的4萬民衆東進青藏高原。
固始汗原遊牧于天山北麓，後受到準噶爾部的排擠，轉移至天山南麓發展。後來，他的部落國一度返回天山北麓，因此與俄羅斯力量沖突：崇祯三年（1630）遣使去烏法與俄國地方當局接觸，七年與俄國沖突。
1637年，固始汗率軍進入青海，滅卻圖汗，控制青海區域，和碩特汗國開始建立。1640年又發兵西康，滅苯教政權的頓月多吉。此後，他佯稱接到達賴旨意返回青海，實則在1641年突襲西藏，并于1642年攻占西藏當時的王國首都日喀則，滅噶舉派的藏巴汗政權（噶瑪王朝）。
1642年，固始汗和五世達賴、四世班撣，決定和在東北盛京（沈陽）建立的清朝早期政權進一步建立聯系，派遣伊拉古克三呼圖克圖為代表，前往，次年到達盛京，清太宗皇太極立即率領親王、貝勒、大臣等出城迎接。
1646年他與衛拉特各首領22人聯名奉表貢，進一步歸入清朝的主權版圖。
1705年拉藏汗時期是要求清朝介入管理西藏内部事務，是進入清朝的具體管理版圖。
1717年，準噶爾汗國軍隊發動突然襲擊，南下翻越昆侖山脈，攻入拉薩，殺死了和碩特汗國最後一任君主拉藏汗，和碩特汗國滅亡。——1718年清朝由青海出兵入藏，全軍覆沒；1720年，清朝第二次出兵，趕走準噶爾軍，清朝在拉薩設立駐藏大臣。
準噶爾部
在哈薩克草原東北方的塔爾巴哈台地區，瓦剌的另一支綽羅斯人首領巴圖爾洪台吉（譯：勇士皇太子）也建立了一個政權并連續兩次擊退俄國的侵略，迫使俄國承認了自己的獨立并與之建立了外交關系，兩國互通貿易。在1643年，巴圖爾領導了一次偉大的遠征，進入并占領了七河流域地區，迫使大多數大玉茲部落氏族向他臣服。1648年，巴圖爾珲台吉授命喇嘛咱雅班第達将過去的蒙文改造而制定成“托沁”文字，作為準噶爾部的文字。
1653年巴圖爾洪台吉死後，他的長子僧格即位，但其衆兄弟不服，起兵反叛，内戰爆發，至十七世紀六十年代，僧格才平定了叛亂，但在1671年，他就被自己的兩個哥哥——車臣和卓特巴巴圖爾暗殺，他的三個兒子都年小，汗位難以得到延續。葛爾丹當時在拉薩熬茶，平時“不甚學梵書，顧時時取短槍摸弄”，得訊後征得老師——五世達賴喇嘛的同意還俗潛回伊犁，在和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的援助下，擒殺了車臣，并将卓特巴巴圖爾趕往青海，使國家恢複安定，他自己成為準噶爾汗國的新一代大汗，稱為“博碩克圖汗”，并娶固始汗的女兒（一說孫女）阿奴，阿海兩姐妹為可敦（妃子）。但是阿海原來應該嫁給僧格的長子策旺阿拉布坦為妻的，随着時間的推移，僧格的三個兒子都已長大成人，尤其長子策妄阿拉布坦更是英武不凡，按準噶爾法律，策妄阿拉布坦才應是合法的汗位繼承人，噶爾丹為使自己的權利不至于旁落，便逐漸打壓策妄阿拉布坦，在1688年，暗殺了他的弟弟索諾布阿拉布坦，這使策妄阿拉布坦感到自身安全難以保障，便在7名僧格舊臣的陪同下，率5000部衆，以少勝多，擊退追兵逃至博爾塔拉河一代休養生息。由于他的即位是建立在和碩特首領鄂齊爾圖車臣汗的幫助之上，汗國實際上有一半的領土在鄂齊爾圖車臣汗的控制之下，為了鞏固自己的權利，噶爾丹經過多年戰争，擊敗了鄂齊爾圖車臣汗，使汗國内部形成了以他為首的綽羅斯家族的一統天下。
準噶爾汗國是準噶爾部（衛拉特蒙古的一支）的首領噶爾丹1676年打敗衛拉特盟主鄂齊爾圖汗之後、把松散的聯盟體制步步改變為集權的政權體制、把準噶爾首領的台吉地位上升為汗王地位、于1678年正式建立的一個汗國。因為1635年衛拉特盟主固始汗遣使歸順後金（清朝）、及1646年衛拉特各部首領聯名歸順清朝，所以它也改變了衛拉特與清朝的主從關系，史籍說噶爾丹對抗清朝是叛亂。
葛爾丹将它的權威強加在了全部瓦剌部落之上，這當然不是靠着巴圖爾洪台吉的餘威，而是葛爾丹當時擁有的十萬紀律嚴明的部隊。十七世紀後半葉，最後一位對塔裡木盆地諸城市具有主宰能力的察合台統治者是伊斯馬因汗。伊斯馬因汗與白山派和卓首領希達雅圖刺發生了争執，最後希達雅圖刺和卓被從喀什格裡亞趕了出去。希達雅圖刺和卓于是向葛爾丹尋求支援，葛爾丹在1678年入侵了塔裡木盆地取代了新疆最後的察合台統治者伊斯馬因汗，在1678-1680年強占了喀什格裡亞，在1681年間并了吐魯番和哈密，最終吞并了全部殘存的莫豁勒汗國的領土。同時瓦剌軍還在1681年和1695年之間大批入侵了錫爾河地區，攻占并搶劫了塔什幹北部的賽夷城。
1688年瓦剌人戰勝了喀爾喀蒙古人并在東蒙古落腳之後，1690年，葛爾丹仿效成吉思汗，開始進攻中國的清帝國。據史料記載，當時葛爾丹兵強馬壯，青海以西，蔥嶺以東，天山南北，不論何部落，一聞準噶爾兵來，莫不舉家奔逃。葛爾丹略施小計，讓喀爾喀土謝圖汗殺害了衛拉特人，于是興兵東征，與土謝圖汗等喀爾喀四部塵戰3日，大敗喀爾喀。當時恰好張鵬隔出使俄羅斯，他見到喀爾喀的“潰卒步滿山谷，行五晝夜不絕”。喀爾喀慘敗，清朝以舉國内附的條件幫助喀爾喀。後來喀爾喀大敗準噶爾的名将策淩（拖雷的後代）當時還不到20歲，背着祖母，也單騎扣關請降。
康熙派尚書阿爾尼帶滿洲兵接應喀爾喀蒙古，并監視葛爾丹。阿爾尼尾随葛爾丹至烏爾會河，違背了康熙不許開戰的命令，帶領滿洲、科爾沁、喀爾喀騎兵襲擊準噶爾。葛爾丹軍中的俄羅斯使節目睹了烏爾會之戰，他描述說，伯碩克圖汗的戰士先用槍打，再用箭射，最後派騎兵襲擊清兵側翼，将清軍擊敗。由于喀爾喀騎兵不守紀律，面對葛爾丹故意留下的子女金帛，紛紛争搶，以至陣形大亂，被葛爾丹打敗。葛爾丹一方面看到清軍不堪一擊，另一方面受到達賴喇嘛使者的鼓勵，于是繼續南下。同時，康熙派裕親王福全為左路軍，恭親王常甯為右路軍，征讨葛爾丹。右路軍與葛爾丹相遇與烏珠穆沁，清兵再次慘敗，葛爾丹乘勝進至薩裡克河邊，距京師不足600裡，中外震動，京師戒嚴。
清朝版圖
崇祯九年(1635)，衛拉特盟主固始汗遣使至盛京貢馬匹、方物。【注意：和碩特部首領固始汗及其祖父、父親、及其大侄子主鄂齊爾圖汗，都是前後相繼的衛拉特盟主，固始汗遣使表示歸順後金，就代表衛拉特歸順清朝。固始汗為什麼歸順後金？這個時期沙俄在西北侵略衛拉特區域，彼此沖突，而東方的喀爾喀蒙古與衛拉特也沖突，1636年喀爾喀攻打衛拉特，所以固始汗使用遠交近攻的方法以保護衛拉特】
順治三年(1646)，固始汗與衛拉特各部首領二十二人聯名奉表貢，清廷賜以甲胄弓矢，命其統轄諸部。——确定了主權關系，青藏高原和新疆等地 正式納入清朝的主權版圖（1635年還沒有“命其統轄”，沒有這種形式上的确認性授權關系）。
因此，噶爾丹對抗清朝，在關系上是叛亂。衛拉特裡面的準噶爾部首領噶爾丹打敗盟主鄂齊爾圖汗之後、步步把衛拉特聯盟改變為準噶爾汗國，就改變了衛拉特對清朝的關系，所以史籍說噶爾丹是叛亂。
瓦剌領袖
和碩特部
準噶爾部
土爾扈特部
滿漢進駐
康熙三征噶爾丹-八旗滿洲和漢人綠營兵民駐紮巴裡坤—烏魯木齊—喀喇烏蘇一帶，和碩特為主變為漢人為主。乾隆征服準噶爾汗國，進一步遷綠營兵駐守開墾。
清朝征服準噶爾，從内地遷移多個民族的兵民去駐守，最早奉命遷入伊犁地區、開啟伊犁屯兵之始的是曾經參與西北平叛的（漢人）綠營兵。乾隆二十五年（1760）年，100名負責保護首批維吾爾移民的綠營兵被安置在清水河屯田，乾隆二十六年至三十四年（1761-1769年），又陸續從内地抽調綠營兵2500名，分駐綏定、瞻德、廣仁、拱宸、熙春、塔爾奇六城及其周圍地方，由伊犁鎮總兵統轄。至此“伊犁地極西徼，又為将軍帥庭，故較之烏魯木齊駐兵尤多。有滿洲、蒙古八旗兵，有綠營屯兵，有錫伯、索倫、察哈爾、厄魯特等兵，環衛森嚴，所以靖邊圉而資控馭，最為整肅”。
又成為（蒙古族為主的）伊犁四營。此外，伊犁駐防還有人數更多的八旗滿洲官兵。乾隆二十九年（1764年）-三十五年（1770年），分三批遷入伊犁的八旗官兵總數為6454名，這些官兵連同眷屬、近兩萬人被分配到以惠遠城為中心的“伊犁九城”中安置，即位于伊犁河北岸的惠遠城（今老城）、惠甯城（今巴彥岱）、綏定城（今霍城縣）、廣仁城（今蘆草溝鄉）、瞻德城（今清水河鎮）、拱宸城（今霍爾果斯）、塔勒奇（今霍城縣東南）、熙春城（今漢賓鄉）和甯遠城（今伊甯市）。伊犁四營和八旗滿洲共有一萬多官兵和近四萬眷屬。
将軍駐惠遠城(在今霍城縣南)，統領新疆軍政事務。其下都統、參贊和辦事、領隊大臣，分駐全疆各地。在行政事務管理方面，清王朝采取“因地制宜”、“因俗施治”的方針。在維吾爾族聚居比較集中的南疆地區，依舊實行“伯克制度”，但廢除了伯克世襲，并把任命伯克的權力緊緊掌握在清廷手中。在土爾扈特蒙古和較早歸屬清朝的哈密、吐魯番地區的維吾爾族中，實行劄薩克制，封王賜爵，令其自行管理。在漢族聚居較為集中的巴裡坤、古城(今奇台)、烏魯木齊及其以西直至喀喇烏蘇一帶，則實行州縣制度。各級伯克、劄薩克、知州、知縣，均在各地駐紮大臣的領導下，管理當地的民政事務。
曆史地位
瓦剌人推進了中國多民族國家的發展，和碩特汗國的貢獻尤為突出。
流行于西北的達坂名稱就源于瓦剌語。烏魯木齊等等地名就是來源于衛拉特語，烏魯木齊地帶是和碩特部的長期遊牧區。
固始汗在今塔城地區等廣大地帶作衛拉特聯盟的首領時，就自願歸屬于清朝的前身——後金，後來從烏魯木齊周圍的很大地帶帶領4萬和碩特人去青藏高原，建立和碩特汗國，再次自願歸屬于清朝，推進了清朝多民族國家的發展，就是推進了中國多民族國家的發展，當代在青海省海西州德令哈市建有固始汗紀念公園。
自治政區
概論
瓦剌（衛拉特）人在現代主要是分布在中國西北。在新疆-青海的各蒙古自治州或縣，此“蒙古”就是指衛拉特蒙古人。在俄國的兩個區域，他們也是自治族群。
曆史來源：瓦剌人在一個很長時期曾在今新疆北部和中部居人口的絕大多數（東疆即哈密和吐魯番有少量維吾爾人）：清代康熙後期或噶爾丹時期，在北疆和中疆的衛拉特四部共二十萬戶，六十多萬人 ；而乾隆二十六年即西元1761年，西域被統計的維吾爾人口是59581戶、208390口，若考慮各種情況，在25萬上下 ，他們基本上在南疆六城。乾隆征服準噶爾汗國時期正值瓦剌人群痘症流行而病死4成、又戰死3成和外逃2成，人口劇降，原瓦剌區域千裡荒蕪 ，此後，清庭設伊犁将軍管制西域，遷移漢人滿族人等來駐守和屯墾瓦剌區域并從喀什等遷移東進少量維吾爾農民來種地 （後來哈薩克人來遊牧），現代該區域漢人和哈薩克人占大多數。衛拉特人還是曆史主體，設置多個蒙古自治州或縣。
巴音郭楞蒙古自治州
新疆巴音郭楞蒙古自治州的自治主體就是瓦剌（衛拉特蒙古）人，其中，和靜縣是瓦剌的土爾扈特部為主，和碩縣是和碩特人為主的（和碩特部長期遊牧在烏魯木齊等地，烏魯木齊在瓦剌語意為“優美的牧場”）。
現新疆中部巴州面積2萬多平方公裡的巴音布魯克草原曆史上長期是輝特部的遊牧區。
博爾塔拉蒙古自治州
新疆博爾塔拉蒙古自治州，自治的主體族群是瓦剌（或衛拉特蒙古）裡面的多部落人群，包括部分準噶爾部的殘存後裔。
和布克賽爾蒙古自治縣
曆史：塔城地區在明代和清代早期是和碩特部的遊牧領地，在鄂齊爾圖汗時期被準噶爾部的噶爾丹奪去，乾隆征服準噶爾汗國之後，哈薩克人東進來遊牧（哈薩克汗國君主請求乾隆皇帝允許），同時還有一些瓦剌人在當地生活。現代成立和布克賽爾蒙古自治縣。
禾木喀納斯蒙古族鄉
地處阿爾泰山脈西南麓、準噶爾盆地北沿的布爾津縣有禾木喀納斯蒙古族鄉，是219國道的西北部起點。布爾津隸屬阿勒泰地區，古稱蒙古西部草原。宋朝後，布爾津一帶歸鐵木真統有，是成吉思汗三子窩闊台的封地。明代屬衛拉特部首領管轄。
海西蒙古族藏族自治州
青海蒙古的主體是瓦剌人的和碩特部。
曆史來源：明代，一些蒙古人在此遊牧。明末清初，固始汗帶領和碩特部去青藏高原建立和碩特汗國，因為其孫子羅蔔藏丹津之亂，青海瓦剌（青海蒙古）衰落，藏族人大批進入相關區域，現代建立海西蒙古族藏族自治州，是和碩特部後裔為主體的。
河南蒙古族自治縣
固始汗後人察罕丹津在青海有領地，在清代受封為黃河南親王，反對羅蔔藏丹津之亂，其牧地一直穩定，現代建立（青海省黃南藏族自治州的）河南蒙古族自治縣。
肅北蒙古族自治縣
甘肅省酒泉市肅北蒙古族自治縣的蒙古族的來源：
明末，成吉思汗胞弟哈布圖哈薩爾的後裔、原居于新疆的和碩特蒙古部首領顧實汗，率衆自迪化（今烏魯木齊）出發，經哈密南下進人青海，占領青藏部分地區，經過近20年的經營，形成了包括青海、西藏和四川西部、甘肅部分地區在内的以厄魯特蒙古貴族為統治者的遊牧集團。甘肅西部地區遂成其勢力範圍，沿祁連山一帶草原和嘉峪關以西的大片草原都被厄魯特蒙古人所利用。
清世宗雍正元年（1723年），顧實汗的孫子羅布藏丹津的反清被平息後，清朝廷仿照在内蒙古實行的劄薩克制度，将青海厄魯特蒙古編為29旗（青海蒙古），固定了他們的活動範圍。後來，由于民族糾紛釀成的戰亂和蒙古貴族的内讧，原駐牧于青海柴達木地區的和碩特蒙古人，逐步遷徙到了甘肅西部的南山一帶，形成了一些新的部落，成為今天甘肅唯一的蒙古族自治縣——肅北縣蒙古族的主體。
在明末進人黃河西套的厄魯特蒙古人，于清聖祖康熙二十五年（1686年）駐牧于阿拉善（曆史上曾歸甘肅管轄，後成為内蒙古的阿拉善左右二旗）。清康熙初年，因到西藏晉谒達賴喇嘛而滞留在嘉峪關外的土爾扈特蒙古人，定居于額濟納河流域（也曾歸甘肅管轄，後成為内蒙古的額濟納旗）。
内蒙古阿拉善盟
現代的阿拉善盟在内蒙古自治區，因此屬于蒙古族自治範圍，但這裡的蒙古族是衛拉特蒙古人，清朝康熙時來自今甘肅省肅北蒙古族自治縣境内。清朝時期，阿拉善區域歸甘肅管轄，後成為内蒙古的阿拉善左右二旗；額濟納河流域也曾歸甘肅管轄，後成為内蒙古的額濟納旗。
阿拉善蒙古族主要由和碩特、額濟納土爾扈特兩部分構成。
阿拉善和碩特蒙古人：為成吉思汗之弟哈布圖哈薩爾的後裔，現主要集中在阿拉善左旗和阿拉善右旗。明崇祯十年（1637年），和碩特部首領圖魯拜琥（固始汗）率領大部分庶民離開了烏斯季卡緬諾戈爾斯克一帶，遊牧于青海。經過不斷發展壯大，到了清初，固始汗之孫分别統治着青海、西藏以及賀蘭山以西的廣大地區。康熙十六年（1677年），固始汗之孫和羅理率和碩特餘部自新疆遷徙，途徑青海大草灘，移牧阿拉善地區，并向清政府奏請歸順。康熙皇帝将和羅理部按四十九旗之例，編置佐領，正式設置阿拉善和碩特旗，屬獨立旗，直屬理藩院，冊封和羅理為多羅貝勒，授劄薩克印，其子孫因戰功卓著被清廷冊封為額驸，世襲罔替。經過九代十王的治理，直至1949年9月23日，阿拉善和碩特旗宣告和平解放，建立人民政府。
額濟納土爾扈特蒙古人：為成吉思汗時期客列亦惕部首領王罕的後裔。17世紀初，土爾扈特部西遷至伊濟勒（伏爾加）河下遊，建立了土爾扈特汗國。康熙三十七年（1698年），阿玉奇汗族弟納紮爾瑪穆特之子阿喇布珠爾率部赴西藏禮佛，5年後，歸路被阻，請求内附。康熙四十三年（1704年），清政府封阿喇布珠爾為固山貝子，并允許其部遊牧于黨河、色爾騰、馬海一帶（今甘肅省肅北蒙古族自治縣境内），後輾轉遷徙至額濟納綠洲。乾隆十八年（1753年），清政府授予羅蔔藏達爾紮劄薩克印，正式建立了額濟納舊土爾扈特旗。經過十三位王爺的世襲（文物有額濟納旗王爺府），于1949年9月27日，額濟納舊土爾扈特旗宣告和平解放，建立人民政府。
杜爾伯特蒙古族自治縣
瓦剌四大部落之一的杜爾伯特部一支東遷于大興安嶺地區，後建立杜爾伯特旗，現代有黑龍江的杜爾伯特蒙古族自治縣。
阿爾泰共和國
阿爾泰地區曾長期處于衛拉特人準噶爾部的統治之下，阿爾泰人舊時一直稱其為“阿爾泰衛拉特人”。 1679年準噶爾部與清朝開戰，準噶爾部兵敗，一部分蒙古準噶爾人退到這裡，并融入了一些居住在阿爾泰地區的其他部落，演變成了今天的阿爾泰人。清朝勝利後，該地區被清朝管轄，當地的準噶爾人被編入阿拉坦淖爾烏梁海二旗，他們就是阿爾泰人的前輩。1864年10月7日清廷被迫同沙俄簽訂了《中俄勘分西北界約記》(又稱《塔城條約》)，駐牧于上述地區的衛拉特各部落 "随地歸為俄國"。
蘇聯十月革命後，于1922年6月1日在阿爾泰人的土地上建立了衛拉特自治州，1948年1月7日改為戈爾諾—阿爾泰自治州，1992年改名為俄羅斯聯邦阿爾泰共和國。阿爾泰人早期操衛拉特語，由于受到突厥人的影響，後來改操阿爾泰語系的突厥語族吉爾吉斯—奇普恰克語，可以和維吾爾人、哈薩克人進行語言交流，但是他們不信仰伊斯蘭教，而信奉原始薩滿教，有部分人在俄羅斯人的影響下改信東正教。
阿爾泰共和國面積9.29萬平方公裡，俄羅斯族60.4%，阿爾泰族31%（2002年統計全俄共有阿爾泰人6萬7千餘人）。
卡爾梅克自治共和國
17世紀30年代，因為準噶爾部的壓迫，土爾扈特部（和部分和碩特部民衆）西遷進入伏爾加河流域，建立土爾扈特汗國，1771年俄國女沙皇葉卡特琳娜二世下令取消這個汗國，成立了卡爾梅克管理處，這個瓦剌人為主體的區域，1920年建立卡爾梅克自治州，1935年改為卡爾梅克自治共和國，至今還是此名。
附：外蒙的烏布蘇省
外蒙古西部是瓦剌長期的曆史舊地，現稱烏布蘇省，主體人群就是衛拉特人，其中，杜爾伯特人為主。沒設自治制度，列為附錄。
